Федор Лопухов очень высоко оценил новую постановку Леонида Якобсона: «Наконец-то на смену режиссерам пришел балетмейстер, на сцену мастерам пантомимных сцен – поэт танца», – восклицал он после просмотра репетиций «Шурале». За балет «Шурале» сам балетмейстер и исполнители главных партий получили Сталинскую премию, что, однако, не помешало некоторым представителям «общественности» обвинить Якобсона в натурализме и кощунственной модернизированности, называя автора врагом советской хореографии. Успех спектакля у публики был огромный. И вдруг… Одна из центральных газет напечатала статью А. Андреева (характерный танцовщик и бездарный хореограф Кировского театра): «Космополит в балете». Эта кличка была дана Якобсону, он-де и враг советского балета, и отщепенец, и космополит.
Вскоре после этого Леонид Якобсон во второй раз был уволен из театра. Его постановка, как ни странно, осталась в репертуаре, а сам балетмейстер не мог даже войти в театр.
Мало чья балетмейстерская судьба была так тесно увязана со сменой руководства страны. С приходом к власти Хрущева, спустя шесть лет после изгнания, Леонид Якобсон вернулся в труппу Кировского театра, которой теперь руководил Федор Лопухов, очень его ценивший. Он предложил Якобсону поставить балет «Спартак». «Спартак» в то время уже имел музыку и либретто, но лежал «на полке», так и не поставленный Игорем Моисеевым.
За десять дней Леонид Якобсон должен был пересмотреть либретто, прослушать музыку Арама Хачатуряна и приступить к репетициям. Ни либретто, ни музыка Якобсона не удовлетворили – первое показалось слишком скучным и схематичным, второе – слишком затянутым. Хачатурян же пошел на конфликт – он не мог стерпеть вмешательства в свою работу и уж тем более – критики, и не разрешал сократить партитуру, написанную на довольно рыхлое либретто. Оба, и Хачатурян и Якобсон, обладали взрывными темпераментами, их спор вылился в настоящую драку посреди Невского проспекта, после которой отношения между композитором и балетмейстером много лет оставались враждебными.
«Спартак», задуманный Якобсоном, нарушал все привычные традиции. Впервые в истории отечественного балетного театра он построил целый балет на основе «свободной пластики», одев исполнителей в туники и сандалии. «Сцены из римской жизни» – так сам хореограф определил жанр балета. Его увлекла задача воссоздать в движущейся пластике античность на пороге краха, еще поражающую избыточной роскошью, но уже тронутую тлением, внутренне омертвелую, циничную. Дух античности доносило необычайное пластическое решение спектакля. Отказавшись от классического танца с непременными для него выворотностью ног, позициями и пуантами, хореограф сочинил собственный танцевальный язык, подсказанный только его поистине неистощимой фантазией и редкостной музыкальностью.
Премьера состоялась 27 декабря 1956 года и по тем временам была одним из счастливейших событий балетной жизни России. Затем, когда через двенадцать лет Григорович поставил в Москве своего «Спартака», общим мнением этот балет был признан выше постановки Якобсона.
«Спартак» принес Якобсону ошеломляющий успех. За ним последовали новые спектакли – «Двенадцать», «Страна чудес» и «Клоп». Но попытка Якобсона воплотить на балетной сцене образы Маяковского и Блока смутила театральных чиновников – все три постановки были исключены из репертуара по приказу вышестоящих инстанций. Балет «Двенадцать» по поэме Александра Блока был запрещен из-за неясности финала; окончательное запрещение вызвал Иисус Христос с красным знаменем в руках.
Выбора не было – он продолжал ставить миниатюры.
В 1969 году Леонид Якобсон стал инициатором создания и художественным руководителем ленинградской труппы «Хореографические миниатюры», название которой повторяет название спектакля, поставленного Якобсоном в театре Кирова в 1958 году. Этот спектакль был экранизирован в 1960 году, а затем был награжден призом «Золотая нимфа» в Монте-Карло, за что Якобсон получил диплом Парижского университета танца.
Репетиции в новом театре начались не сразу – не скоро нашлось подходящее помещение, не было возможности приступить к работе из-за проволочек с документами и санкциями. Первый год в истории труппы был самым сложным. Но за этот год Леонид Якобсон сумел подготовить три отделения – маленькие жанровые балеты («Цирк», «Свадебный кортеж» и «Негритянский концерт»), миниатюры по скульптурам Родена и классическое отделение под названием «Классицизм-Романтизм». В течение двух лет балетмейстер, изголодавшийся по творчеству, сумел создать абсолютно новый и обширный репертуар. В это время родился его знаменитый «Экзерсис XX века» на музыку Иоганна Себастьяна Баха.
В его труппе не было места кордебалету – он планировал создание коллектива солистов, которые выступают в различных жанрах.