Сразу после возвращения в Москву Мессереру пришлось с нескольких репетиций войти в балет «Пламя Парижа», где он должен был танцевать партию Филиппа попеременно с Вахтангом Чабукиани. Потом начались репетиции балета «Светлый ручей» на музыку Дмитрия Шостаковича. Наивность сюжета Мессерера не устраивала. Гораздо больший интерес представляла для него работа над постановкой «Спящей красавицы». В своем прежнем виде балет выглядел несколько тяжеловесно и помпезно, поэтому решили обновить постановку. Новое прочтение «Спящей красавицы» вызвало бурную полемику. Противники изменений утверждали, что нельзя так вольно обращаться с шедевром хореографии, созданным Мариусом Петипа, ставшим почти эталоном. Сторонники новизны говорили, что балет должен развиваться.
Еще одним обращением Асафа Мессерера к классике стала его переделка четвертого акта балета «Лебединое озеро». До того четвертый акт оставался неизменным и включал в себя в основном пантомиму. После работы над «Спящей красавицей» Мессерер, глубоко прочувствовавший музыку Чайковского и вошедший в мир его образов, пришел к выводу, что пантомимическое решение четвертого акта не соответствует общему содержанию балета, его духу. Мессерер, будучи убежденным сторонником того, чтобы в балете все действия, чувства, состояния героев передавались языком танца, переработал этот акт балета, сделав его танцевальным, как и остальные. «Лебединое озеро» с четвертым актом, поставленным Асафом Мессерером, шло на сцене Большого театра на протяжении нескольких десятилетий.
Творческих замыслов у Мессерера было много, но работа прервалась началом Великой Отечественной войны. Осенью артисты Большого театра были эвакуированы в Куйбышев. Мессерер стал художественным руководителем балетной труппы Большого театра. В самом Куйбышеве в то время театра не было. Артистам предоставили здание клуба, Мессереру пришлось заботиться не только о постановке спектаклей, но и о бытовых условиях артистов, о транспорте, о расписании репетиций – больше всего он боялся, что в бездействии артисты потеряют форму.
Результатом напряженной работы стал показ «Лебединого озера», состоявшийся менее чем через два месяца после прибытия труппы в Куйбышев. Вскоре были возобновлены балеты «Дон Кихот», «Бахчисарайский фонтан», «Тщетная предосторожность».
Через некоторое время солистки труппы были отозваны в Москву, где начал работу филиал Большого театра. Асаф Мессерер продолжал обучать молодых исполнителей. Его любимой ученицей и сценической партнершей была молодая способная балерина Ирина Тихомирнова, которая вскоре стала женой своего учителя.
Летом 1943 года настал долгожданный миг возвращения в Москву, в стены Большого театра, где были возобновлены спектакли «Спящая красавица» и «Жизель».
В 1946 году исполнилось двадцать пять лет с начала творческой деятельности Асафа Михайловича Мессерера. С возрастом многие танцовщики технически упрощают свои партии. Мессерер танцевал, не купируя ни одного трудного движения. Для своего юбилейного спектакля он выбрал балет «Дон Кихот», с блеском и энергией молодости исполнив одну из своих любимейших партий – партию Базиля.
Несмотря на возраст, Мессерер продолжал танцевать еще несколько лет, до 1953 года. Дирекция театра не хотела отпускать его со сцены. После этого он еще несколько лет выступал в концертах, а потом полностью посвятил себя педагогической деятельности.
Несколько раз Мессерера, завоевавшего мировую славу, приглашали для постановки балетов за границей. Первой его зарубежной постановкой в 1951 году стал спектакль «Лебединое озеро» в Будапеште. Ставил он этот балет и в Софии, а также в Минске. В 1975 году Асаф Мессерер был приглашен в Варшаву для постановки балета «Коппелия».
В 1961 году Асаф Мессерер вместе с Ириной Тихомирновой был отправлен в длительную зарубежную командировку в Бельгию с необычной задачей. Он должен был организовать в этой стране хореографическое училище. Вернувшись, он продолжал свою работу в Большом театре в качестве педагога и хореографа. Он часто выезжал в качестве хореографа в составе «Большого балета», как стали называть за границей гастрольные группы Большого театра, на зарубежные гастроли. С «Большим балетом» он побывал в Соединенных Штатах Америки, Мексике, Китае, Японии, Австралии. В Австралию Мессерер и Тихомирнова были приглашены давать уроки классического танца. С той же целью в 1988 году он был приглашен в Парижскую оперу.
С началом мировых триумфов «Большого балета» повсюду возник горячий интерес к закулисной кухне танцевального мастерства. В 1960 году Асаф Мессерер скомпоновал сценический вариант урока. Его опробовали в школе, а затем поручили труппе Большого театра и стали включать в программы зарубежных турне. Успех подогревался тем, что для звезд, состав которых постоянно менялся, Асаф Мессерер подбирал наиболее выигрышные комбинации, умело усиливая блеск виртуозных движений исполнительскими качествами артистов и, наоборот, подчеркивая индивидуальность наиболее подходящими артисту па.