Наступил 1937 год. Михаил Плисецкий был репрессирован и расстрелян. Мать будущей балерины была арестована через год после мужа и отправлена в Бутырскую тюрьму вместе с младшим сыном. Затем ее выслали в Казахстан, в Чимкент; в Москву вернуться ей удалось лишь в 1941 году, за два месяца до начала войны. Майю и ее другого брата забрали к себе тетя и дядя, Суламифь и Асаф Мессерер, видные танцовщики Большого театра.
Узнав, что Большой театр будет эвакуирован в Свердловск (ныне – Екатеринбург), Рахиль Мессерер-Плисецкая уехала с детьми в этот город. Но ни театр, ни училище в Свердловск эвакуированы не были. В течение года Майя Плисецкая не имела возможности заниматься балетом. Потом выяснили, что часть учеников осталась в Москве, и занятия в училище продолжаются. В Москву Плисецкая, не имея специального пропуска, пробиралась тайком. К тому времени, когда надо было сдавать выпускной экзамен, она уже выступала на сцене филиала в нескольких сольных партиях. Экзамен был сдан на «отлично». И 1 апреля 1943 года Плисецкую приняли в труппу Большого театра.
Сперва ее зачислили в кордебалет. Постепенно ей стали давать интересный для нее репертуар. Она стала первой исполнительницей партии феи Осени в «Золушке». Рубен Симонов, возглавлявший Театр имени Вахтангова, звал ее в свой театр. Но как раз тогда она получила партию Раймонды. Это выступление Плисецкой дало всем понять, что в театре появилась новая претендентка на звание прима-балерины.
Ее «послужной список» рос не по дням, а по часам. 27 апреля 1947 года Майя Плисецкая впервые танцевала партию Одетты-Одиллии в «Лебедином озере», и этот балет Чайковского стал одним из главных в ее творческой биографии. В 1948 году Плисецкая исполнила роль Заремы в «Бахчисарайском фонтане», в 1949 году – партию Царь-девицы в «Коньке-Горбунке», поставленном Александром Горским. Впереди у нее был другой «Конек-Горбунок»… В 1950 году прибавилась партия Китри в «Дон Кихоте». В 1951 году, когда отмечали 175-летие со дня основания Большого театра, Майя Плисецкая стала заслуженной артисткой РСФСР.
В 1954 году в Большом театре прошла премьера балета «Сказ о каменном цветке» С.С. Прокофьева в постановке Леонида Лавровского – Плисецкая исполнила партию Хозяйки Медной горы. Эту же роль она исполняла и в другой версии балета – в постановке Юрия Григоровича в 1959 году. В 1955 году Леонид Якобсон поставил на сцене филиала Большого театра балет «Шурале». Плисецкой, занятой в партии Сюимбике, пришлось вновь, только уже совсем на ином пластическом материале, продемонстрировать свое умение превращаться из девушки в птицу. В 1956 году в репертуаре Большого театра появился балет «Лауренсия». Балетмейстер Вахтанг Чабукиани предложил Плисецкой роль главной героини. В 1956 году Майя Плисецкая поднялась еще на одну ступень иерархической артистической лестницы – ей было присвоено звание народной артистки РСФСР.
Она бывала в доме Лили Брик, в прошлом музы Маяковского, и ее мужа, писателя и литературоведа В. Катаняна. Там она пропела музыкальные куски из прокофьевского балета «Золушка», а хозяева записали это на пленку. Эту пленку дали прослушать молодому композитору Родиону Щедрину, и он был изумлен: труднейшие мелодии воспроизводились совершенно точно и в соответствующих тональностях. Щедрин и Плисецкая впервые встретились лично, когда в том же доме принимали Жерара Филипа, и Щедрин играл много своей музыки.
Окончательно их свел балет «Конек-Горбунок», который в 1958 году решил поставить Большой театр. Здесь Щедрин впервые увидел Плисецкую на репетиции. Их свадебным путешествием стала поездка на машине Родиона из Москвы в Сочи через Тулу, Харьков, Ростов-на-Дону. Брак Плисецкой и Щедрина был зарегистрирован в Москве 2 октября 1958 года. Все балеты Щедрина связаны с танцем Плисецкой – и это целая балетная культура.
На титульном листе партитуры первого же балета Щедрина – «Конька-Горбунка» – стоит посвящение: «Майе Плисецкой». Роль Царь-девицы, добавившая в ее палитру юмористических красок (постановка А.И. Радунского), вошла в ее репертуар 18 сентября 1960 года. Еще три титульных листа партитур Щедрина открываются посвящением ей: «Анна Каренина» – «Майе Плисецкой, неизменно»; «Чайка» – «Майе Плисецкой, всегда»; «Дама с собачкой» – «Майе Плисецкой, вечно». Щедрин не только помогал Плисецкой создавать свой театр, но и боролся вместе с ней за ее «место под солнцем».
Плисецкой довелось участвовать в трех постановках балета «Спартак» А.И. Хачатуряна, осуществленных на сцене Большого театра. В 1958 году в версии Игоря Моисеева она танцевала Эгину, в 1962 году в постановке Леонида Якобсона – Фригию и в 1971 году – в постановке Юрия Григоровича – Эгину.