Вслед за Варфоломеевской ночью возобновилась гражданская война между католиками и гугенотами. В феврале 1573 года Генрих принял командование над армией и прибыл к Ла-Рошели. После яростного обстрела королевские войска несколько раз безуспешно пытались штурмовать крепостные стены, а потом приступили к блокаде. Тем временем эмиссары Генриха хлопотали в польском сейме о его избрании польским королём. Местная шляхта, прежде чем уступить престол французскому принцу, вытребовала у него множество новых вольностей и привилегий. Их совокупным действием власть польского короля была урезана до минимума, а дворянство получило почти неограниченное влияние на все государственные дела. В июне сейм большинством голосов избрал Генриха в короли. Узнав об этом, он поспешно заключил с осаждёнными очень выгодный для них мир и отправился в своё новое королевство. В феврале 1574 года Генрих торжественно короновался в Кракове. Его короткое царствование продолжалось 146 дней и всё было заполнено пирами и праздниками. В июне 1574 года пришло известие о смерти Карла IX. Генрих с горсткой приближённых тайно покинул Краков и бежал на родину. В сентябре он был уже во Франции.
Ещё до коронации Генрих объявил о намерении вступить в брак. В жёны он выбрал кроткую и доброжелательную Луизу де Водемон, которую до этого только раз мельком видел в 1573 году в Бламоне. 13 февраля 1575 года состоялась коронация короля, а через два дня последовало обручение с Луизой. После пышных торжеств супруги возвратились в Париж. Новый король обладал живым умом и хорошей памятью, был сметлив и умел складно говорить. Однако многочисленные недоброжелатели Генриха оставили о нём очень нелестные отзывы. Так, венецианец Жан Мишель писал: «Он настолько предан праздности, настолько наслаждения занимают его жизнь, настолько он избегает всех занятий, что это всех ставит в тупик. Большую часть своего времени король проводит в обществе дам, благоухая духами, завивая себе волосы, надевая разные серьги и кольца…» Другой современник, Зунига, сообщает, что каждый вечер Генрих устраивает праздник и что он, подобно женщине, носит серьги и коралловые браслеты, подкрашивает в чёрный цвет свои рыжие волосы, подводит брови и даже пользуется румянами. Архиепископ Франгипани также укорял Генриха праздностью. «В свои 24 года, — писал он, — король почти всё время проводит дома и очень много в кровати. Его надо сильно припугивать, чтобы заставить что-либо делать». Генрих очень мало ценил обычные развлечения дворян — турниры, фехтования, охоту. Зато удивлял своих приближённых пристрастием к детским играм, вроде бильбоке. Неумеренная страсть короля к миньонам («любимчикам») давала даже повод для непристойных подозрений. В 1578 году произошла знаменитая дуэль, известная по описаниям многих современников и позднейших романистов, в которой пали почти все миньоны короля. К смертельно раненному Келюсу Генрих приходил каждый день и обещал докторам 100 тысяч франков, если они его вылечат. Когда же он всё-таки умер, горе короля было безмерно. Он больше никогда не расставался с его волосами и тяжело вздыхал при каждом упоминании его имени. Тела погибших он велел захоронить в прекрасных мавзолеях и возвёл над ними великолепные мраморные скульптуры. У него остались тогда только два «любимчика» — Жуаез и Эпернон. Генрих осыпал их безмерными знаками своего внимания и даровал обоим титулы герцога и пэра.
Меланхолия его усилилась и с годами перешла в глубокую депрессию. В то же время появилась тяга к монастырскому уединению. В 1579 году король и королева впервые совершили паломничество по святым местам, тщетно моля о даровании им наследника. Начиная с 1583 года Генрих подолгу жил то в одной, то в другой монашеской обители. Вместе со всей братией он вставал до рассвета и присутствовал на всех службах. Пища его в эти дни была очень скудной. Пять часов в день король посвящал пению служб и четыре часа — молитвам вслух или про себя. Остаток времени был занят процессиями и слушанием проповедей. Спал он на простой соломе, отдыхая не более четырёх часов в день. Характерной чертой Генриха, очень много объясняющей его противоречивые поступки, была мнительность, переходившая всякие разумные пределы. Так, в 1583 году Генрих велел перебить всех львов, медведей и быков в королевском зверинце из-за того, что видел дурной сон: ему приснилось, что его разрывают на части и пожирают львы.