Таким образом, Генриха нельзя было назвать деятельным и энергичным правителем. Между тем царствование, выпавшее на его долю, было одним из самых тревожных во французской истории. Религиозные распри обострялись с каждым годом. По возвращении Генрих нашёл Францию близкой к междоусобию. Надежды на то, что король сможет примирить различные партии, не оправдались. Вскоре началась новая война, в которой младший брат Генриха, Франциск, сражался на стороне гугенотов. Впрочем, боевые действия ограничились лишь незначительными схватками. Сам Генрих воевал без всякого воодушевления, тяготился неудобствами походной жизни и хотел скорее возвратиться в Париж. В 1576 году был подписан в Больё мирный договор. Франциск Валуа получил Анжу, Турень и Берри; Генрих Наваррский — Гиенну; принц Конде — Пикардию. Протестантам король предоставил свободу вероисповедания, но только не в Париже и не при королевском дворе. Кроме того, он дал им восемь крепостей, в которых они могли находить безопасное убежище. Все отнятые у гугенотов имения должны были возвратиться прежним владельцам. Этот договор можно было считать победой протестантов, которые отстояли в тяжёлой войне свои права. Протестантская республика обратилась после этого как бы в независимое государство: она имела свои религиозные уставы, своё гражданское управление, свой суд, свою армию, свою торговлю и финансы.
Уступчивость короля чрезвычайно не нравилась католической партии. Её глава герцог Генрих Гиз в 1576 года с помощью преданных сообщников начал образовывать в разных областях Франции тайные общества защитников католической веры (Католическую лигу). В Париже было сосредоточено главное начальство над ними под именем центрального комитета. При содействии приходских священников лига неимоверно разрослась, а вместе с ней выросло до опасных пределов могущество самого Гиза. Вскоре он мог рассчитывать, что, встав во главе религиозного движения, сможет без всякого труда свергнуть Генриха III и занять его место. Благодаря бумагам, найденным в 1577 году у курьера, умершего в Лионе на пути в Рим, король узнал о существовании лиги и догадался о настоящих намерениях своего противника. Однако Генрих понимал, что гонения на Гизов возбудят против него половину королевства. Поэтому он именным указом подтвердил образование лиги и провозгласил себя её главой. Эдикт, подписанный в Больё, был отменён, религиозная война возобновилась. Вскоре католики добились некоторого успеха под Бержераком. Поэтому мир, заключённый в 1577 году в Пуатье, был гораздо менее благоприятен для гугенотов.