19 мая в 6 часов утра купцы, разносчики, ремесленники собрались на Красной площади. Бояре, придворные чины и духовенство вышли к народу и предложили избрать нового патриарха, который должен был стоять во главе временного правления и разослать грамоты для созыва советных людей из городов. Но на предложение бояр толпа закричала, что царь нужнее патриарха, а царём должен быть князь Василий Иванович Шуйский. Этому провозглашению толпы, только что ознаменовавшей свою силу убийством Дмитрия, никто не осмелился противодействовать, и Шуйский был даже не избран, а выкрикнут царём. 1 июня 1606 года он венчался на царство без малейшей пышности, будто человек, вступающий в тайный брак или стыдящийся своего ничтожества. Новый царь был маленький старик 53 лет от роду, очень некрасивый, с подслеповатыми глазами, начитанный, очень умный и очень скупой. Сразу вслед за тем был возведён на престол новый патриарх — бывший митрополит казанский Гермоген, известный своим сопротивлением неправославным поступкам Дмитрия.
Переворот, происшедший в Москве, породил новую смуту. В особенности бурный характер приняли события на Украине. Здесь никогда не было недостатка в удалых и отважных людях. Теперь же их явилось даже с избытком. Войска, собранные под Ельцом, избрали предводителем Истому Пашкова и присягнули все до единого стоять за законного царя Дмитрия. В то же время из Польши явился Иван Болотников и объявил, что виделся за границей со спасшимся Дмитрием и тот поручил ему возглавить восстание. С 1300 казаками Болотников пришёл под Кромы и наголову разгромил 5-тысячный царский отряд. С этого времени его имя стало широко известно, и множество ратных людей стали стекаться под его знамёна. Грамоты Болотникова произвели мятеж, охвативший Московскую землю подобно пожару. В Венёве, Туле, Кашире, Алексине, Калуге, Рузе, Можайске, Орле, Дорогобуже, Зубцове, Ржеве, Старице провозгласили Дмитрия. Дворяне Ляпуновы подняли именем Дмитрия всю Рязанскую землю. Возмутился Владимир со всей землёй. Во многих поволжских городах и отдалённой Астрахани провозгласили Дмитрия. Из крупных городов только Казань, Нижний Новгород, Новгород и Псков сохранили верность московскому царю. А из окраинных городов сильное усердие к Шуйскому показал Смоленск. Жители его не любили поляков и не ждали ничего хорошего от царя, посаженного ими.
Осенью 1606 года Болотников двинулся походом на Москву. Города сдавались ему один за другим. 2 декабря он был уже в селе Коломенском. К счастью для Шуйского, в армии Болотникова сделалось раздвоение. Дворяне и дети боярские, недовольные тем, что холопы и крестьяне хотят быть равными им, не видя при том Дмитрия, который мог бы разрешить между ними споры, стали убеждаться, что Болотников их обманывает, и начали отступать от него. Братья Ляпуновы первые подали этому отступлению пример, прибыли в Москву и поклонились Шуйскому, хотя и не терпели его. Болотников был разбит юным князем Михаилом Васильевичем Скопиным-Шуйским и ушёл в Калугу. Но с наступлением лета силы его опять начали увеличиваться пришедшими казаками. Явился новый самозванец, именовавший себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Фёдора Ивановича. Болотников пошёл к Туле и соединился здесь с Петром. Тогда Шуйский принял меры решительные: разосланы были строгие приказы собираться отовсюду служилым людям, монастырские и церковные вотчины должны были также выставить ратников, и таким образом собралось до 100 тысяч человек, которыми царь решился сам предводительствовать. 5 июня 1607 года на реке Восме он встретил объединённую армию мятежников. Целый день шло упорное сражение, и Шуйский одержал победу. Болотников и царевич Пётр отступили в Тулу, а Шуйский начал осаду. Некто Кровков предложил царю затопить город, запрудив реку Упу. Сначала Шуйский с боярами смеялись над этим предложением, но потом дали Кровкову полную волю. Тот велел каждому из ратных людей привезти по мешку с землёй и начал прудить реку: вода обступила город, влилась внутрь его, пресекла все сообщения жителей с окрестностями. Настал голод, и Болотников с Петром вошли в переговоры с царём, соглашаясь сдаться, если Василий обещает им помилование. Шуйский обещал пощаду. 10 октября 1607 года Тула сдалась, однако царь своё слово не сдержал. Петра повесили немедленно. Болотникова сослали в Каргополь и там утопили. Шуйский с торжеством возвратился в Москву, хотя знал уже о появлении нового самозванца.