К величайшему огорчению сирот, он под разными предлогами начал по-своему переделывать устроенное и заповеданное старцем Серафимом. Но Саровский чудотворец, как говорилось выше, еще при жизни своей предвидел трудные времена и все надежды свои возлагал на новую начальницу. Даже имя ее предсказал, и было оно, как у Пресвятой Богородицы — Мария…
Московский митрополит Филарет, глубоко чтивший батюшку Серафима, положил конец усердию отца Иоасафа. Начальство его в обители было признано «вредным в отношении к ее миру, благочинию, хозяйству и к духовному устроению сестер». И ему было запрещено вмешиваться в любые дела Дивеевской обители, а настоятельницей монастыря была утверждена любимая и уважаемая всеми сестрами Елизавета Алексеевна Ушакова.
Она поступила в Дивеевскую обитель в 1845 г. в возрасте 26 лет. В 1862 г. приняла постриг с именем Мария и стала первой (с точки зрения церковных формальностей) игуменьей, т. к. за год до того благодаря ее усилиям община стала монастырем. Казалось бы, невелико достижение — монастырь третьего класса! Но как будто небесная благодать осенила Дивеево: на участке, купленном еще Еленой Мантуровой, был построен великолепный собор во имя Святой Троицы, какого не видел и Саров. А когда на главном куполе устанавливали крест, над ним взвились три голубя, а чуть ниже стали кружиться три журавля, улетевшие потом в сторону восхода солнца. Усердием игуменьи Марии начали очищать Святую Канавку, хотя она уже и не имела первоначальной глубины и ширины.
В восстановленной обители сестры снова начали жить по Мельничному уставу преподобного батюшки Серафима, а в честь главного храма и великого подвижника земли Русской монастырь стал называться Свято-Троицким Серафимо-Дивеевским. Троицкий собор был летним, и в 1905 г. при матушке-игуменье Александре (Траковской) начали строить зимний собор с системой отопления. К 1916 г. его достроили, но освятить из-за случившейся Октябрьской революции не успели.
В ноябре 1917 г. все монастырские хутора были разграблены, новая власть объявила монахинь тунеядками и организовала их в артели. Некоторых насельниц ежемесячно угоняли на тяжелые принудительные работы, оставшихся расселили по округе, но они тайно собирались на службу и молитвенного правила не оставляли.
Первыми новомученицами Дивеевскими стали блаженные Евдокия, Мария и две Дарьи. Они жили в ближнем селе, а потом к ним явились чекисты и потребовали выдать дезертира, которого сестры будто бы приютили. Представители новой власти выволокли из дома блаженную Дуню и стали топтать ее ногами и хлестать бичами. Избивали они и других сестер, но те все переносили с христианским смирением. И Божия Матерь не оставила их, дав им милость не чувствовать боли. На места ударов садились голуби, но палачи продолжали бить по птицам небесным. А когда подвижниц повели на смерть, многие явственно видели, как с небес сошли блистательные венцы и почили на окровавленных головах сестер.
Новомучениц расстреляли 18 августа — накануне праздника Преображения Господня. И хотя могилу охраняли, чтобы священник не пришел отпеть их, от нее 40 дней исходило благоухание. В настоящее время на могиле установлено Распятие с рисованным на нем образом Иисуса Христа.
Перед окончательным закрытием Серафимо-Дивеевской обители в ней, как вспоминала матушка Серафима Булгакова, летними ночами 1927 г. ухали совы, чего раньше никогда не бывало. Монастырь разогнали за неделю: последняя всенощная в нем была отслужена на праздник Воздвижения Креста Господня в больничной церкви на Канавке. Здесь же сестры прощались, кланяясь друг другу в ноги и плача. На улицу их не выкинули, но условия поставили такие, что сама уйдешь: монашескую одежду не носить, в артельных мастерских иконы снять, вместо них повесить портреты В. И. Ленина.
В тот год в Дивееве жили в ссылке два владыки: епископ Серафим Звездинский и архиепископ Зиновий Тамбовский. И они сказали сестрам: «Монашество с вас не снимаем: хоть и в миру, а монашество свое берегите. Теперь каждой из вас поднесена чаша, и кто как примет ее: кто только к губам поднесет, кто лишь отхлебнет, а кто и до дна выпьет».
Через некоторое время обоих пастырей, мать-игуменью и старших сестер арестовали и выслали, остальные сестры расселились по округе. Иконы из монастырских храмов были собраны и свалены в церкви Рождества Христова. Одно Распятие, когда-то написанное для горнего места Троицкого собора, оказалось для него малым и стояло в правом приделе. От него совершались исцеления, и Святой Крест прослыл чудотворным. Но в дверь небольшой Рождественской церкви он не проходил, и десница Спасителя была святотатственно отпилена. Однажды в пятницу на Страстной неделе несколько комиссаров пришли за Распятием, чтобы справлять «красную пасху». Вошли они в церковь Рождества Христова и обомлели: безрукий крест стоит на паперти, на отпиленном месте кровь запеклась, а на полу бурые подтеки. Весть об этом сразу же облетела все Дивеево: люди толпились под окнами церкви, влезали друг другу на плечи, чтобы заглянуть в окно…