В IV в. на месте погребения Симона Канаита была построена церковь в его имя, а в VI в. учение Христово уже широко распространилось по Абхазии. К XI в. весь абхазский берег Черного моря был покрыт цветущими храмами и монастырями. Но когда страну завоевали турки, абхазы приняли ислам, и многие христианские храмы были разрушены. Однако могилу святого Симона Канаита местные жители всегда почитали.
Мысль о создании православного монастыря на берегу Черного моря возникла в правительстве России еще в начале XIX в. — тотчас после вступления Абхазии в подданство России. Но тогда заботы русских властей были всецело поглощены тревожным состоянием края, постоянными враждебными вспышками горцев и нападением их на мирных жителей. Только после успешного прекращения военных действий царское правительство смогло заняться мирным освоением края и распространением среди абхазцев веры Христовой, тем более что и сами они еще живо помнили себя христианами. Прибывшие со Святой горы делегаты были снабжены весьма обстоятельной инструкцией, согласно которой они и должны были выбрать место для будущей обители.
1. Место должно быть просторное и красивое.
2. Чтобы оно имело самый здоровый климат, о чем следует узнать у местных жителей, но особенно в статистическом комитете, потому что жители и привыкнуть успели, с детства живя в том климате и не подвергаясь злокачественной кавказской лихорадке.
3. Должно быть обилие воды во всякое время года, и воды хорошей, на которой можно было бы устроить мельницу.
4. Земля чтоб была плодородная и для хлебопашества, и для садоводства.
5. Лес строевой и дровяной.
6. Камень для зданий или вместо него глина для кирпича.
7. Так как реки на Кавказе обилуют рыбой, то иметь это в виду, как предмет необходимый для монастыря… и не 60 человек, а чтобы достаточно и на 600 человек, если Матери Божьей угодно будет умножить монашество…
После осмотра многих мест (в Бедия, Драндах, долине реки Псху и др.) монахи остановили внимание на развалинах Анакопии — у древнего храма святого апостола Симона Канаита, располагавшегося на берегу реки Псыртсхи. И 27 ноября 1875 г. последовало распоряжение императора Александра III об отведении 327 десятин земли, передаче вновь устраиваемому монастырю развалин храма и башни, оставшейся от генуэзцев, о предоставлении будущей братии права ловли рыбы в реке Псыртсхи и т. д.
Местность, предназначенная для устроения монастыря, была дикой и пустынной. Монахам понадобилось много труда и времени, чтобы расчистить непроходимые заросли, срыть каменистые холмы, засыпать пропасти, освоить обширные земельные владения для разведения полезных растений и выращивания новых для Абхазии культур. Ранней весной 1876 г. братии заложили сразу 4 каменных здания с храмом и школой для абхазских мальчиков. Благодаря неусыпным трудам иноков и искусству отца Иерона к 1 октября 1876 г. монастырские здания и храм были построены.
Первый храм иноки посвятили Покрову Пресвятой Богородицы и собирались торжественно освятить его 17 октября 1876 г. Ожидалось, что в празднике будет участвовать много народа, поэтому братии сделали большие запасы продуктов для трапезы. Но не было у них свежей рыбы, и достать было неоткуда. И вот 14 октября совершилось чудо: около монастыря волны выбросили на берег столько рыбы, что монахи набрали ее более 14 пудов и восприняли это чудо за особое попечение Божьей Матери об их обители.
Однако еще во время возведения первого храма и зданий Ново-Афонской обители началась война турок против балканских народов, а осенью 1876 г. среди горцев-мусульман вспыхнули враждебные против России настроения. В случае объявления войны Турции можно было ожидать высадки турецких войск в Абхазии, поэтому решено было удалить братию в кутаисскую губернию — в Гелатский монастырь, а также вывезти из обители всю церковную утварь и движимое имущество.
С тяжелым сердцем расставались иноки со своей новой обителью, которую успели полюбить всей душой и на устроение которой положили много труда и материальных средств. Монастырская школа для абхазских мальчиков. была закрыта; учеников распустили по домам, снабдив одеждой, бельем и другими необходимыми вещами. Присматривать за обителью оставили четырех человек, которые продолжали совершать церковные службы до самого дня объявления войны с Турцией — 7 апреля 1877 г. А на другой день и им было приказано оставить обитель, передав ключи от нее и заготовленный строительный материал местным жителям, чтобы они хранили их во все время войны.
В конце апреля турецкие корабли подошли к берегам Абхазии; со шлюпок на берег высадились 400 человек, и 28 апреля здания новопостроенного Симоно-Канаитского монастыря были разрушены и сожжены. Через несколько дней турки сначала обстреляли Сухуми, а потом зажгли город в нескольких местах. 13 мая русские вынуждены были сжечь Цебельдинское укрепление, в котором погибло и все монастырское имущество.