С перенесением российской столицы в Санкт-Петербург и последовавшим при императрице Екатерины II отнятием у монастырей имений и крестьян хозяйство Чудовой обители стало приходить в упадок, число братий уменьшаться, кладовые опустели и нижние службы остались без употребления. Долгое время они пустовали, и лишь иногда в них складывали дрова и всякую монастырскую рухлядь. Чудов монастырь сделался беднейшим в Москве, хотя по значению своему всегда стоял высоко. Русские императоры, посещая «первопрестольную», после поклонения святыням Успенского собора, всегда шли в Чудов монастырь к святителю Алексею, а потом проходили в малый Николаевский дворец, до 1817 г. являвшийся местопребыванием его настоятелей. В 1818 г. здесь останавливался будущий император Николай I со своей молодой супругой. Здесь она родила сына – будущего императора Александра II, после чего дом был причислен к Дворцовому ведомству. Крестили новорожденного в Алексеевской церкви, причем прямо из купели положили на раку святителя Алексея.
Из братий Чудова монастыря немало было угодивших Богу святостью своей жизни, но между ними случались и «плевелы». По некоторым сведениям, в монастыре в 1600–1605 гг. проживал чернец Григорий Отрепьев – впоследствии самозванец Лжедмитрий. Отсюда он будто бы бежал с двумя сообщниками – иноками Варлаамом и Мисаилом – и потом объявился в Польше.
Находясь в центре Москвы, Чудов монастырь нередко был местом заключения лиц, известных в русской истории. В нем до самой смерти (до 1392 г.) томился Тверской епископ Евфимий (Вислен), обвиненный в беззакониях. В 1441 г. в монастырь заключили митрополита Исидора, участвовавшего во Флорентийском соборе и подписавшего унию[75]
. В 1504 г. святитель Геннадий (о котором говорилось выше) был оклеветан перед великим князем Василием; из Новгорода его вызвали в Москву, и он отказался от управления епархией. Местом своего уединения бывший настоятель избрал свой Чудов монастырь, где и скончался в 1515 г. В начале XVII в обители был силой подстрижен в иночество царь В. И. Шуйский, а позже боярин Кирилл Нарышкин – дед Петра I.Во время владычества в Москве поляков в обители в жестоком заключении томился патриарх Гермоген, скончавшийся голодной смертью… Под сводами монастырских храмов лишили сана мятежного протопопа Аввакума, а позднее и его главного противника – могущественного патриарха Никона. Перед отправкой в Боровск в Чудовом монастыре пытались вернуть в лоно православной церкви неистовую боярыню Прасковью Морозову…
Вошедшие в 1812 г. в Кремль французы разместили в покоях Чудова монастыря штаб Наполеона и командование Старой гвардии, а в алтаре Архангельского храма маршал Даву устроил себе спальню.
Чудов монастырь, как митрополичий, был усыпальницей русских святителей и знатных бояр. А в начале ХХ в. в нем упокоился великий князь Сергей Александрович, с 1881 г. бывший генерал-губернатором Москвы. Он погиб 4 февраля 1905 г. от взрыва бомбы, брошенной эсером И. П. Каляевым.
Великая княгиня Елизавета Федоровна тотчас прибыла на место гибели и распорядилась положить останки буквально разорванного на куски мужа на носилки и перенести их в Алексеевский храм, где их положили близ раки святителя Алексея. Затем останки положили в гроб и перенесли в Андреевский храм монастыря, где они и находились до сооружения усыпальницы.
Проект усыпальницы великого князя Сергея Александровича разрабатывали академик В. П. Загорский и архитектор П. В. Жуковский (сын поэта). Она была сооружена в нижнем покое Чудова монастыря, и когда начали возводить храм-усыпальницу, эти палаты имели вид сараев с земляными насыпными полами, избитыми кирпичными стенами и сомкнутыми сводами.
Для дневного освещения усыпальницы был сделан оконный пролет на Царскую площадь; для входа в храм из Николаевского дворца пробили дверной проем. По окончании работ, 4 июля 1906 г., храм-усыпальница был освящен во имя преподобного Сергия Радонежского, и в тот же день гроб с останками великого князя Сергея Александровича торжественно перенесли в него и поставили в склеп, который потом закрыли и отверстие в полу заделали.
Но великолепная усыпальница, ставшая неотъемлемой частью Чудова монастыря, была уничтожена вместе с самой обителью. В октябре 1917 г. стены Малого Николаевского дворца были пробиты снарядами тяжелых артиллерийских орудий, которые красноармейцы установили на Воробьевых горах. Когда в Кремль переехало Советское правительство, Чудов монастырь закрыли, а монахов вывезли из Москвы. В 1929 г. монастырь взорвали, причем уничтожали его так поспешно, что реставраторы даже не успели сделать полные замеры обители и сфотографировать монастырские фрески и росписи. На руинах древнейшего Архангельского храма им удалось собрать только два десятка мелких осколков со следами росписи XVII в.
На месте монастыря в 1930-е гг. по проекту архитектора И. И. Рерберга было построено здание Кремлевской комендатуры, а затем (когда разрушили еще и Вознесенскую девичью обитель) – здание Школы красных командиров им. ВЦИК.