Церковь, хоть и деревянную, святитель Алексей украсил святыми иконами, снабдил драгоценной церковной утварью и всем необходимым; даровал обители много сел, домов, озер и завещал после смерти похоронить себя в ней – за алтарем. Но по совету епископов и великого князя святителя Алексея после смерти погребли в Благовещенском приделе – с правой стороны Архангельской церкви, посчитав неприличным похоронить митрополита вне церкви, хотя он по смирению своему и завещал другое.
Через 60 лет после его смерти верх церкви обрушился, и великий князь Василий Васильевич повелел соорудить новый каменный храм, и когда рабочие начали копать рвы для его основания, то нашли святителя Алексея нетленными – даже ризы, в которых он был погребен, оказались целыми. Святые мощей перенесли в выстроенную вскоре 3-этажную каменную церковь, которая была чуть меньше прежней, но тоже с приделом во имя Благовещения Пресвятой Богородицы.
В новой церкви мощи этого святого угодника Божьего пребывали почти 60 лет, пока не была устроена церковь во имя самого святителя Алексея. Устроить такой храм решил архимандрит Геннадий (по прозванию Гонзов), бывший тогда настоятелем монастыря. Он заложил каменную церковь с трапезой при ней, а также 2-этажный корпус с братскими кельями. Во время возведения этой церкви отец Геннадий был поставлен архиепископом Великого Новгорода, но, отправляясь туда, он поручил продолжить строительство двум вельможам – родным братьям Дмитрию и Геронтию (по другим сведениям – Сергию), прибывшим из Греции с царевной Софьей и прозывавшимся Траханиотами. Однако и сам святитель Геннадий, будучи уже в Великом Новгороде, продолжал заботиться об окончании строительства церкви и присылал немало средств.
Когда строительство церкви во имя святителя Алексея было завершено, в нее перенесли раку с его святыми мощами и поставили ее у стены с правой стороны. Эта церковь просуществовала около 200 лет, а в 1680 г. усердием настоятеля Чудова монастыря архимандрита Адриана (впоследствии патриарха всея Руси) вместо нее были заложены две новые церкви – под одной кровлей, но на другом месте. Одна церковь сооружалась во имя святителя Алексея, другая – во имя Благовещения Пресвятой Богородицы вместо придела, бывшего при Архангельской церкви. Новое здание почти все было вынесено за монастырь и только своей северной стороной примыкало к нему. Когда строительство обеих церквей было окончено, в них перенесли многоцелебные мощи святителя Алексея и поместили их в середине под аркой – в стене, разделяющей обе церкви[74]
.В 1501 г. каменная Архангельская церковь была разобрана и устроена заново, причем и весь монастырь тогда стал перестраиваться. Впоследствии храм этот еще несколько раз был возобновляем, но при этом всегда сохранялся древний наружный вид его. Внутри стены храма были расписаны изображениями чудес архистратига Михаила и некоторыми событиями из Священной истории. Пятиярусный иконостас его напоминал иконостас кремлевского Успенского собора, для которого он в свое время и послужил образцом.
Чудов монастырь отличался от других обителей особыми обычаями, которые потом утвердил патриарх Адриан. Чтобы иноки обители упражнялись в подвиге безмолвия, он распорядился закрывать монастырские ворота в понедельник, среду и пятницу. А чтобы иноки заботились о своем спасении и богомыслии (в особенности во время богослужений), устроил особые входы в церковь: для мужчин – в Алексеевскую, для женщин – в Благовещенскую.
В 1744 г. по указу императрицы Елизаветы Петровны в Чудовом монастыре была учреждена кафедра Московского архиерея, и с тех пор он стал называться кафедральным. После 1812 г. в монастыре долгое время размещалась Духовная консистория; потом здесь расположились Епархиальное попечительство и Духовный цензурный комитет. Со временем все эти учреждения получили свои помещения, а освободившиеся места позволили увеличить число братских келий.
Все русские князья и цари, начиная с Дмитрия Донского, чтили и посещали эту обитель, чтобы поклониться святому угоднику Алексию, и делали в него богатые вклады и пожертвования. Так что до утверждения штатов в 1764 г. Чудов монастырь был очень богат, имел много земельных угодий и около 18 000 крепостных крестьян. Число монастырской братии доходило до 300 человек; для прокормления насельников и паломников обитель имела со своих угодий большие запасы. Для хранения их нужны были большие погреба, «капустная и истопничья палаты», а также помещения для устройства кузницы, слесарной мастерской и других хозяйственных построек. Для всего этого были отведены нижние палаты монастыря, размещавшиеся под храмом святого чудотворца Алексия, митрополита Всероссийского. Храм этот свой окончательный вид обрел только в 1680–1686 гг., хотя возведение его началось еще при царе Федоре Иоанновиче.