На поиски более удобных земель вторично был послан „Сантьяго“. От северного берега Гуадалканала моряки пошли к острову Малаите, населенному воинственными „индейцами“, затем открыли также весьма негостеприимный остров Сан-Кристобаль. В начале июня „Сантьяго“ возвратился к месту стоянки кораблей у берегов Гуадалканала. 18 июня „Капитана“ и „Альмиранта“ покинули Пуэрто-де-ла-Крус — бухту, где корабли простояли сорок четыре дня. 1 июля оба судна отдали якорь в одной из гаваней на южном берегу острова Сан-Кристобаль. Высадившись у большого селения, изголодавшиеся моряки немедленно приступили к „заготовке“ съестных припасов, применяя при этом оружие. Островитяне стремглав бежали в лес, несколько человек были убиты в неравном бою с испанцами. В третий раз был послан на рекогносцировку „Сантьяго“. Разведчики дошли до „края земли“ — островков, лежащих к востоку от острова Сан-Кристобаль.
Таким образом, Менданья и его спутники открыли почти всю южную группу Соломоновых островов — острова Санта-Исабель, Малаиту, Гуадалканал и Сан-Кристобаль В этой группе остался неоткрытым только небольшой остров Реннел к юго-западу от Сан-Кристобаля.
В августе в лагере началось брожение. Менданья не желал возвращаться в Кальяо, и у него нашлись сторонники, правда, немногочисленные. Он предложил немедленно направиться дальше на поиски земли, где можно было обосноваться. В случае если бы не удалось найти такую землю на дистанции 150 лиг, следовало возвратиться к берегам Гуадалканала и заложить там поселение.
Это предложение было отвергнуто. Все согласились с тем, что надлежит как можно скорее покинуть Сан-Кристобаль и взять обратный курс. Гальего полагал, что следует пересечь экватор, подняться до 15–20° северной широты и затем маршрутом Урданеты проследовать к берегам Калифорнии.
11 августа корабли покинули гавань. Начался самый тяжкий этап путешествия — многомесячный обратный переход через Южное море. 6 сентября корабли пересекли экватор и вступили в воды северного полушария. Спустя одиннадцать дней был открыт небольшой атолл в группе Маршалловых островов (по всей вероятности, атолл Наму). Изголодавшиеся моряки бросились к селению (жители его предусмотрительно бежали прочь), но поживились здесь лишь гнилыми плодами пандануса. В качестве живого трофея захвачен был тощий петух. Любопытно, что на этом забытом Богом островке найдено было ржавое железное долото Очевидно, незадолго до экспедиции Менданьи здесь побывали какие-то испанские мореплаватели.
Затем корабли направились на северо-северо-восток. 2 октября открыт был одинокий необитаемый островок — Уэйк. Ни воды, ни плодов обнаружить тут не удалось, Менданья урезал дневные рационы: каждому члену экипажа вне зависимости от его звания выдавалась кружка протухшей воды и полфунта сухарей.
17 октября после полудня начался жестокий шторм.
Во время шторма корабли разлучились. Оба корабля следовали, однако, одним и тем же курсом на восток, примерно вдоль 28° северной широты. На „Капитане“, как отмечает Катойра, люди совсем приуныли. Матросам и солдатам казалось, что никогда не удастся дойти до Калифорнии, и они потребовали, чтобы Менданья повернул назад к Соломоновым островам. Это требование Менданья категорически отверг. Объявился новый враг — цинга. У людей распухали руки и ноги, из кровоточащих десен выпадали зубы. От цинги и голода многие слепли. Миновал ноябрь, но никаких признаков земли не было видно. На „Альмиранте“ допивали последние капли воды; Ортега тяжело заболел, и потрепанный бурями корабль вел Сармьенто. Его вахта была бессменной, ибо почти вся команда выбыла из строя.
12 декабря с „Капитаны“ заметили в море большое бревно; оно
До Кальяо оставалось 2 тысячи миль, а местные власти, не получив соответствующих указаний свыше, категорически отказались отпустить средства и материалы для ремонта кораблей.
Когда 4 апреля Менданья привел „Капитану“ и „Альмиранту“ в гавань Коринто, на побережье Никарагуа, где обычно ремонтировались казенные суда, начальник порта отказался дать взаймы необходимые для ремонта суммы, и Менданья продал и заложил все свое имущество, чтобы оплатить ремонт судов.