26 мая корабли вышли из Реалехо и 26 июля прибыли в Кальяо. Экспедиция в Южное море закончилась. Итоги этой экспедиции в весьма малой степени соответствовали ожиданиям ее организаторов. Не удалось найти сокровищ царя Соломона, не было на новооткрытых островах золота, серебра, жемчуга и алмазов. А Менданье хорошо было известно, что все земли, где не удалось открыть драгоценных металлов, числились в коронных реестрах как никчемные.
„На мой взгляд, — писал королю в марте 1569 года Хуан де Ороско (чиновник, которому поручено было опросить Менданью и его спутников), — и сообразно тому отчету, который я получил (от Менданьи), острова, открытые на западе, имеют весьма ничтожное значение… ибо в ходе сих открытий не было найдено даже признаков пряностей, золота и серебра и иных источников дохода, а населяют те острова голые дикари…“
Секретные карты Соломоновых островов были надежно упрятаны в архивные тайники.
А между тем этот „бесплодный“ поход на Соломоновы острова был великим географическим подвигом. 16–17 тысяч миль прошли корабли экспедиции Южным морем, в водах, которые до той поры не посещали европейские мореплаватели. Открыт был новый путь, пересекающий почти весь Тихий океан в приэкваториальных водах южного полушария, открыты острова и архипелаги в западной, наиболее отдаленной от европейских и перуанских гаваней, части Южного моря. Ведь от Соломоновых островов рукой подать было не только до Новой Гвинеи, Филиппин и Малайского архипелага, но и до большой земли, которую суждено было тридцать с лишним лет спустя открыть голландским мореплавателям и которая ныне носит название Австралия.
Вторично эти острова удалось открыть лишь через двести лет, причем слава этого открытия досталась не испанским мореплавателям, а французу Бугенвилю и англичанину Картерету.
Менданью не обескуражил плачевный финал экспедиции на Соломоновы острова. Возвратившись в Перу, он немедленно разработал план новой экспедиции. Ему все еще казалось, что этот далекий, населенный воинственными островитянами архипелаг можно превратить в цветущую колонию Испании. Менданья полагал, что на Соломоновы острова надо перебросить несколько сот колонистов (мужчин и женщин, земледельцев и ремесленников) и с их помощью заложить на Гуадалканале и Сан-Кристобале города и расчистить под плантации непроходимые джунгли.
В 1574 году, спустя пять лет после возвращения экспедиции в Перу, испанские власти в Мадриде утвердили проект Менданьи. Ему было отпущено десять тысяч дукатов и разрешено снарядить флотилию для перевозки на Соломоновы острова пятисот переселенцев, скота и необходимого инвентаря. Он должен был в течение шести лет построить три укрепленных городка. Менданья покинул Испанию и направился в Перу, где надеялся сразу же снарядить флотилию В начале 1577 года он прибыл в Панаму. Панама лежала в десяти днях пути от перуанских гаваней, и Менданья был убежден, что в середине или, в крайнем случае, в конце того же 1577 года он отправится к Соломоновым островам. Но он ошибся в своих расчетах.
Принимая к исполнению инструкции из центра, вице-короли и губернаторы колоний проводили в жизнь только те указания, которые были им выгодны.
Хотя проект Менданьи был утвержден королем и, хотя сам король обещал ему титул маркиза, все это не помешало Панамскому губернатору бросить Менданью в тюрьму, а вице-королю Перу задержать на восемнадцать лет (!) снаряжение второй экспедиции в Южное море.
К проектам Менданьи в Испании и в Перу вернулись лишь в 1594 году. В 1588 году у берегов Англии погибла испанская „Непобедимая армада“, Испания уже не была великой морской державой, и Менданья решительно ничего не добился бы, если бы на его счастье Соломоновыми островами не заинтересовался новый вице-король маркиз Каньете. Очень быстро удалось снарядить четыре корабля — два больших „Сан-Херонимо“ и „Санта-Исабель“ и два маленьких „Сан-Фелипе“ и „Санта-Каталина“. На них отправились в плавание триста семьдесят восемь человек — матросы и солдаты с женами и детьми.
Главным кормчим экспедиции назначен был молодой моряк, португалец родом, Педро Фернандес де Кирос (1565–1614), которому спустя несколько лет суждено было совершить очень важные открытия в южных морях. Киросу принадлежит и самое обстоятельное описание второй экспедиции Менданьи.