Но уже вскоре его возвращают на военную службу: в 1798 г. популярный в армии Ж.В. Моро с его боевым опытом назначается генерал-инспектором пехоты. В следующем году он оказывается в рядах Итальянской армии, став заместителем ее главнокомандующего генерала Шерера. Вскоре Моро занимает его место: французы на севере Италии терпели поражения от русско-австрийских войск генерал-фельдмаршала А.В. Суворова-Рымникского. Особенно печальными для французов были суворовские победы у города Нови и на реке Адда.
Моро не смог противостоять полководческому гению Суворова. Не сумев соединиться с войсками генерала Макдональда, он отступил с армией в приморскую Ривьеру, где был заменен генералом Жубером. После гибели Жубера вновь встал во главе Итальянской армией, которую отвел в Геную.
Во время государственного переворота 18 брюмера (9 ноября 1799 г.), совершенного Наполеоном Бонапартом, стал одним из самых деятельных его участников. Взял под домашний арест членов Директории Гойе и генерала Мулена. Затем во главе 300 верных ему солдат окружил Люксембургский дворец, обеспечив тем самым полный успех переворота.
В «награду» дивизионный генерал Жан Виктор Моро в том же ноябре назначается командующим 120-тысячной Рейнской армией, состоявшей из 1, 2, 3 и 4-го корпусов. В этой должности он впервые заслужил откровенное неудовольствие Наполеона, фактически отказавшись выполнить его рискованный план вторжения в Германии, суливший большие выгоды для воюющей Франции.
Наполеон в то время не мог снять дивизионного генерала с должности, так как его положение в Париже было «недостаточно прочным, чтобы идти на открытый разрыв с человеком, который имел многочисленных сторонников в армии и которому только не хватало энергии, чтобы занять мое место». Это действительно было так: генерал Жан Виктор Моро мог поспорить по популярности с самим корсиканцем – генералом Наполеоном Бонапартом. И тот чувствовал это, не решаясь на резкие действия в отношении судьбы неуживчивого Моро.
Из этой ситуации Наполеон вышел так: он составил новый план войны с таким сильным противником, каким являлась Австрия. По этому плану Рейнская армия оказалась на вторых ролях, что, естественно, популярности Моро не прибавляло. Но он решил искать удачу и славу в наступлении: 26 апреля 1800 г. его войска перешли Рейн по Брейзахскому, Базельскому и Шафгаузенскому мостам. Австрийцы узрели в начальных действиях армии Моро большую для себя опасность.
Во главе Рейнской армии полководец Моро разбивает австрийские войска у деревни Гогенлинден. В этом сражении 3 декабря 1800 г. 60-тысячная французская армия, имея 100 орудий, наголову разбивает 70-тысячную австрийскую, которой командовал эрцгерцог Иоганн.
Сражение проходило так. Моро занимал позицию на небольшой поляне и в лесу у Гогенлиндена. Австрийцы, зная о своем превосходстве, особенно в артиллерии, пятью отдельными колоннами шла на соединение к Гогенлиндену. Эрцгерцог Иоганн вел себя излишне самоуверенно: атака его войск на деревню была решительно отбита. Одновременно генерал Моро, не теряя нити управления своей армией, разбил одну за другой подходившие к месту сражения вражеские походные колонны.
Сражение у Гогенлиндена отличалось жестокостью и кровопролитием. Австрийцы потеряли в тот день 7 тысяч убитыми и ранеными, 12 тысяч их попало в плен. Трофеями победителей стали 87 орудий. Виктория прославила имя полководца Жана Виктора Моро.
Но перед этим он одержал над австрийцами еще одну победу, у Гохштедта. 9 июня того же 1800 г. 60 тысяч французов под его командованием разбили 70-тысячные австрийские войска, которыми командовал генерал барон фон Край. Моро решительно переправился через полноводный Дунай, намереваясь отрезать неприятеля от их базы, и таким маневром вынудил его оставить важный город Ульм.
Во время Гохштедтского сражения, длившегося долгих 18 часов, французам удалось закрепиться на левом речном берегу, в результате чего оборонять Ульм австрийцам было бессмысленно. Потери сторон оказались невелики. Победители пленили 5 тысяч австрийцев, а их трофеями стали 20 орудий.
Третье викторией генерала Жана Виктора Моро на Рейне стало взятие после ряда майских боев Месскирхена, который австрийцам пришлось оставить. В течение двух недель Моро одержал победы еще при Эмгене и Бибербахе. Австрийская армия генерала Края, чтобы избежать полного разгрома, начала отступление к Ульму. Париж рукоплескал победам Рейнской армии.
Однако на юге, в Италии, ситуация для французов складывалась неудачно. Моро был вынужден отправить туда из состава Рейнской армии 18 тысяч человек под командованием генерала Монсея. Но вскоре австро-французская война победно завершилась, поскольку победа при Гогенлиндене оказалась в ней решающей. 15 июля воюющие стороны заключили Парсдорфское перемирие.