31 января 1935 года Пузицкий был переведен в особый резерв ГУГБ в связи с откомандированием на работу помощником начальника Разведывательного управления РККА. Вместе с ним на работу в военную разведку была переведена целая группа опытных чекистов-разведчиков. Однако проработали они там не долго. Уже через год по предложению наркома Ворошилова Политбюро приняло решение освободить бывших чекистов от работы в военной разведке и направить их в распоряжение кадров НКВД.
Пузицкого направили на работу комиссаром строительства канала Волга-Москва (город Дмитров). 9 мая 1937 год он был арестован по обвинению в принадлежности к «троцкистско-зиновьевскому блоку», осужден Особым совещанием к высшей мере наказания и 20 июня того же года расстрелян.
Полностью реабилитирован посмертно в 1956 году.
Имя выдающегося чекиста-разведчика Сергея Васильевича Пузицкого занесено на Мемориальную доску Службы внешней разведки Российской Федерации.
Охотник за шифрами Василий Пудин
В апреле 1921 года в отдельном вагоне под усиленной охраной в Москву были доставлены архивы революционного военного трибунала расформированной после разгрома войск Врангеля 9-й армии и войск Донской области. Среди сопровождавших документы людей находился и Василий Иванович Пудин, помощник коменданта реввоентрибунала. Эта поездка оказалась для него судьбоносной.
Василий Пудин родился 9 февраля 1901 года в деревне Клусово Ольговской волости Дмитровского уезда Московской губернии в крестьянской семье. В 1913 году окончил трехклассную сельскую школу. Трудовую деятельность начал в 15 лет батраком. В 1916–1918 годах работал ломовым извозчиком в Дмитрове и в Москве, затем чернорабочим в московском авиапарке. В 1919 году вступил добровольцем в Красную Армию, участвовал в Гражданской войне, сражался с белыми на Кавказском фронте.
В 1921 году московский горком партии направил Василия Пудина, прибывшего в Москву с документами 9-й армии, на работу в столичную ЧК. В середине 1922 года он был переведен в контрразведывательный отдел ГПУ, возглавляемый Артузовым. Молодой контрразведчик активно привлекался к оперативным мероприятиям отдела, проявил незаурядные храбрость и находчивость. Особо отличился при реализации операции «Синдикат-2».
В конце 1923 года по рекомендации Артузова Пудин был направлен по линии внешней разведки в Харбин. Ему предстояло работать против белогвардейцев и их японских покровителей.
После поражения царской России в 1906 году в войне с Японией, японцы почувствовали себя хозяевами положения в Китае. В 1911 году на территории трех китайских северо-восточных провинций они создали марионеточное правительство генерала Чжан Цзолиня. Благодаря поддержке японцев этот бывший главарь хунхузской банды, воевавший на стороне Японии во время Русско-японской войны, стал фактически неограниченным диктатором Маньчжурии. Он совсем не считался с центральным правительством Китая, и японцы делали в его провинциях что хотели. В Мукдене, Чанчуне, Харбине, Хайларе они создали свои резидентуры и развернули работу по Китаю, а позже – против Дальневосточной республики и Советского Союза. Разведывательная сеть японцев была укомплектована опытными офицерами русского отдела генштаба Японии. В агентурной сети широко использовались русские белоэмигранты, бежавшие от советской власти колчаковцы и семеновцы.
Харбин в те годы состоял из нескольких обособленных по национальному составу и в то же время тесно связанных между собой городских районов. Западные европейцы и русские, японцы и китайцы держались в нем особняком. Пудину удалось установить обширные связи в среде белогвардейцев, приобрести ценную агентуру. Однако проникнуть с ее помощью в секреты японцев было непросто, поскольку среди них были сильны предубеждения в отношении всех европейцев и в первую очередь – выходцев из России. И все-таки Пудин сумел найти уязвимые места уроженцев Страны восходящего солнца и подобрать к ним ключи. В процессе работы он установил, что некоторые японские дипломаты и криптографы готовы продавать известные им шифры, так как были уверены в невозможности их расшифровки европейцами. Приобретенные разведчиком через агентуру шифры позволили советской резидентуре читать все имевшиеся в ее распоряжении документы МИДа, военного министерства и торговой миссии Японии.