Одновременно Пудин принимал самое активное участие в вербовке агентуры, которая в течение длительного времени добывала весьма важные документальные материалы. Так, ему удалось привлечь к сотрудничеству русского эмигранта Ивана Трофимовича Иванова-Перекреста. Последний имел обширные связи среди японских военнослужащих, сотрудников жандармерии, китайцев, работавших в японских учреждениях. В 1927 году через Иванова-Перекреста Пудин получил исключительно важный японский документ – «меморандум Танаки». Как подчеркивается в официальных документах СВР России, «получение “меморандума Танаки” явилось крупнейшим достижением в работе советской внешней разведки против милитаристских устремлений Японии в период 1920-х – начала 1930-х годов». В этом документе впервые раскрывались истинные планы Японии по завоеванию мира, обозначались этапы осуществления этой задачи. В качестве «программы национального развития Японии» в меморандуме выдвигалась «необходимость вновь скрестить мечи с Россией». После разгрома милитаристской Японии в 1945 году «меморандум Танаки» фигурировал в качестве официального документа на Токийском трибунале, осудившем японских военных преступников.
За время работы в Китае и других странах Василий Пудин через агентуру и лично путем негласных выемок добыл сотни секретных документов, в том числе около 20 японских и китайских шифров.
В 1930 году Пудин возвратился в Москву и вскоре по линии внешней разведки в составе группы советников был направлен в Монголию. Принимал непосредственное участие в разгроме инспирированного японцами ламского мятежа. В 1934 году возвратился в СССР.
После непродолжительной работы в центральном аппарате разведки в 1936 году Пудин направляется в качестве заместителя резидента НКВД в Болгарию. Используя накопленный ранее опыт оперативной работы по японцам, он завербовал крупного японского дипломата, от которого за вознаграждение получил шифры МИДа Японии, которые это внешнеполитическое ведомство применяло в те годы в Европе. Это позволило в первые годы Второй мировой войны читать шифрованную переписку между Токио и Берлином и быть в курсе их планов в отношении СССР. Накануне нападения фашистской Германии на Советский Союз Пудин возвратился в Москву.
3 июля 1941 года из Москвы в Могилев была направлена оперативная разведывательно-диверсионная группа из шести чекистов во главе с капитаном госбезопасности Пудиным. Перед группой была поставлена задача: подготовиться к переходу на нелегальное положение в случае захвата города немцами. Ехали на грузовике, оборудованном небольшой радиостанцией с автономным питанием от аккумулятора машины. Только добрались до Могилева – положение дел на фронте значительно осложнилось. Гитлеровские войска обошли город с севера и с юга, захватили Смоленск, подошли к Ельне, угрожали Вязьме. Советские войска, оборонявшие Могилев, оказались в окружении. Сложная обстановка вынудила группу Пудина принять участие в оборонительных боях.
Осажденный город лишился связи с Большой землей. В распоряжении защитников Могилева была только небольшая портативная радиостанция оперативной группы Пудина. Четырнадцать дней она информировала Москву о ходе обороны. А когда продолжать сопротивление стало окончательно невозможным, окруженный гарнизон в ночь с 26 на 27 июля 1941 года пошел на прорыв, чтобы пробиться в леса и начать партизанскую войну. Группа Пудина находилась в рядах, штурмовавших вражеское кольцо.
У деревни Тишовка Василий Иванович был ранен, ему оторвало левую стопу. Местная жительница спрятала его в сарае, а на шестой день, когда у разведчика началась гангрена, отвезла Пудина в могилевскую больницу. В одном из коридоров переполненной больницы Пудин пролежал долгих пять месяцев, выдавая себя за шофера Василия Попова (согласно полученной в Москве легенде).
Гитлеровцы не оставляли в покое раненого разведчика, проводили ночные допросы, пытаясь выяснить, не лжет ли он. И только к концу пятого месяца Пудину удалось убедить гитлеровцев в своей легенде-биографии.
В конце декабря 1941 года, когда здоровье позволило разведчику самостоятельно ходить на костылях, его выписали из больницы и разрешили жить под надзором полиции в деревне Краснополье, что недалеко от Могилева.
Поселившись в деревне, Пудин начал сапожничать. Одновременно он приглядывался к окружающим его людям, изучал обстановку. Шаг за шагом создавал он подпольную боевую группу. Постепенно у Пудина стали появляться надежные верные помощники. Начались активные действия: рвались заложенные ими мины, горели вражеские машины, уничтожались немецкие солдаты и офицеры.