Ввиду того, что съестные припасы истощились, Хабаров 22 апреля того же года поплыл назад и вскоре встретился с казаком Чечигиным, вернувшимся из Якутска с порохом, свинцом и вспомогательным отрядом, состоявшим из 27 казаков и 110 промышленников. Оказалось, что Чечигин выслал вперед для разведывания, где находится Хабаров, небольшой отряд с И. Нагибой во главе, но этот отряд так и не встретился с Хабаровым. Казаки хотели плыть вниз для поисков пропавших товарищей, но Ерофей Хабаров воспротивился их желанию и принял решение продолжать свой путь вверх по Амуру. Это движение назад возбудило неудовольствие среди казаков, желавших докончить завоевание Приамурского края приведением в подданство царю гиляков, живших по нижнему течению Амура, и 1 августа 1652 г. в отряде Хабарова произошел раскол, 136 человек под предводительством Полякова поплыли назад. Они явились в гиляцкую землю, в которой начали действовать очень удачно. Е. Хабаров поплыл вслед за ними.
30 сентября он появился у выстроенного ими острожка и начал его обстреливать. Тогда Поляков с остальными бунтовщиками сдался, чтобы «не учинить позор Царскому Величеству и славу недобру и укор», заручившись предварительно обещанием Хабарова не наказывать их. Однако, как только они очутились в его власти, вожаки были заключены в оковы, а остальные подверглись побоям и истязаниям. Покончив с бунтовщиками, Ерофей Хабаров опять двинулся вверх по реке. Около устьев Зеи он встретился 6 августа 1653 г. с дворянином Дмитрием Ивановичем Зиновьевым, присланным из Москвы с золотыми для раздачи Хабарову и его соратникам. Вместе с тем Зиновьеву было поручено расследовать о злоупотреблениях Хабарова, слух о которых дошел до Москвы. Допрошены были его служилые люди, которые показали, что Хабаров посылал ложные донесения в Якутск и много приукрашивал в своих рассказах о Даурии и Маньчжурии, или, как ее называли, – Богдойской земле, чтобы побудить правительство к их завоеванию.
Поселений Е. Хабаров не возводил, острожки же, в которых зимовал, при отъезде обыкновенно сжигал. Отношения Ерофея Павловича к подчиненным также не были дружелюбны. Не говоря уже о ссудах, данных им при снаряжении в поход, он и на Амуре старался обогатиться за их счет. Так, данное ему воеводой оружие, серпы и косы, он продавал им по дорогой цене, и почти весь отряд был у него в кабале. То, что при сношениях с туземцами Хабаров не забывал о своей пользе, видно из росписи вещам, ему принадлежавшим: он приобрел большое количество собольих, лисьих и других шуб, кафтанов и т. п. Большая часть его имущества перешла в руки Зиновьева, с которым у Хабарова начались недоразумения с самого его приезда.
Началось с того, что Зиновьев потребовал, чтобы Е. Хабаров сдал ему дела, но не показал ему царской грамоты, как он того требовал. Зиновьев не стеснялся с Хабаровым и бил его. Чтобы избавиться от побоев, Ерофей Павлович делал ему подарки и таким образом передал ему много своих вещей. Остальное Зиновьев взял сам.
Сдав свою должность О. Степанову, Хабаров летом 1654 г. отправился в Москву и подал жалобу на Зиновьева. Начался сыск.
Ерофей Хабаров был в это время в очень стесненном положении.
Наконец осенью 1655 г. дело Хабарова с Зиновьевым закончилось в пользу первого: имущество, отнятое у него Зиновьевым, было ему возращено, сам же он был сделан сыном боярским и послан в Сибирь управлять Усть-Кутской волостью.
В 1667 г. он приехал по делу в Тобольск и 15 ноября подал воеводе П.И. Годунову челобитную, в которой просил снова разрешить ему снарядить на свои средства 100 человек и с ними идти на Амур в Даурской земле. Однако в Даурские земли Хабарова не пустили, хоть он и просился – «для городовых и острожных поставок и для поселения и хлебныя пахоты». Видно, сил в нем много еще оставалось, раз рассчитывал взяться за такую работу. А потом навсегда пропал…
История освоения русскими людьми территории Приамурья насчитывает менее двух столетий. Потомки должны помнить эпоху первооткрывателей новых земель, к которым относится и Ерофей Хабаров – завоеватель земель на Амуре.
Л.С. Ценковский: выдающийся ботаник, основатель бактериологии