Первый монастырь Санкт-Петербурга расположен у впадения Чёрной речки (Монастырки) в Неву. Впервые он упомянут в записке «О начале Невского монастыря» в июле 1710 года, когда царь Пётр I, осмотрев место близ Чёрной речки, повелел основать здесь монастырь в память о победе в 1240 году войска Александра Ярославича Невского над шведами.
20 февраля 1712 года Пётр I назначил первым архимандритом обители администратора духовных дел столицы Феодосия (Яновского), «дабы начинал на осмотренном месте строить монастырь». Средства на строительство давали состоятельный валдайский Иверский Святоезерский мужской монастырь, приписанный в 1712 года с вотчинами и доходами к новой обители, а также имения Александро-Невского монастыря в Олонецком крае. Земельные владения строящегося монастыря включали 5 тыс. кв. саженей на обоих берегах Невы.
Официальной датой основания Александро-Невского монастыря принято считать день освящения первой деревянной Благовещенской церкви — 25 марта 1713 года (разобрана в августе 1787 г.), хотя уже с 1712 года в монастыре жили иноки по общежительному уставу и началось строительство обители. Летом 1712 года сформировался штат «монастырских слуг и всякого чина служителей» и на левом берегу Чёрной речки началось возведение келий и другие работы, для которых была проложена дорога, соединившая место постройки с Санкт-Петербургом (ныне Невский проспект).
Александро-Невский монастырь стал одним из первых крупных архитектурных ансамблей северной столицы. За период строительства сменилось несколько архитекторов, однако основная идея была заложена в «Генеральном плане строения» архитектора Доменико Трезини, по проекту которого в 1717 году началось строительство из кирпича всего комплекса монастыря. К 1727 году монастырь имел 4 храма, колокольню с 5 колоколами, 5 каменных корпусов, деревянные кельи, сад. В 1756–1765 годах по проекту М. Д. Расторгуева были возведены южные, в 1760–1773 годах — северные линии лаврских построек с угловыми башнями (Семинарский и Просфорный корпуса).
В 1780 году архитектор И. Е. Старов, устроив главный въезд со стороны города, включил в ансамбль монастыря левобережье Монастырки, охватив её низкими каменными стенами.
Одной из основных целей создания монастыря, по замыслу Петра I, была подготовка кандидатов в архиереи, поэтому штат обители формировался из наиболее образованных пострижеников других обителей, вызывавшихся в Петербург по царским указам.
В 1797 г. именным указом императора Павла I монастырь получил статус лавры со следующим штатом: наместник, благочинный, эконом, духовник, ризничий, уставщик, 30 иеромонахов, 18 иеродиаконов, 24 монаха, 20 больничных.
К середине XVIII века Александро-Невский монастырь стал центром духовного просвещения епархии. 31 декабря 1724 года вышел указ Петра I «Объявление о монашестве», в котором император требовал от монашества социально активного и «полезного» для общества служения. Одной из реализаций этого указа стало создание в монастыре духовного учебного заведения для формирования «учёного братства» — русского учёного монашества. Особым послушанием учёных монахов в обители было произнесение проповедей, перевод и составление собственных богословских сочинений.
25 октября 1721 года здесь была основана Славянская школа, ставшая основой всех учебных заведений столицы. В 1726 году она была преобразована в Славяно-греко-латинскую семинарию, а в 1788 году — в Главную семинарию. Её преподаватели занимались научной и издательской деятельностью.
Перед Октябрьской революцией 1917 года земельные владения лавры насчитывали 13 090 десятин, капитал исчислялся 3 млн. рублей, значительная его часть тратилась на благотворительность. С 1714 года в лавре существовала богадельня, куда определялись отставные военные. Лавра содержала дом призрения и Исидоровское женское епархиальное училище. В годы Первой мировой войны насельники лавры оборудовали и отправили на фронт передвижной лазарет, в самой обители также был открыт лазарет. Число братии в начале XX века составляло от 130 до 150 человек. Лавре принадлежал открытый в 1908 году Серафимо-Антониевский скит в местечке Зареченье Лужского уезда.
В 1923 году городские власти изъяли у братии все помещения, кроме храмов. В мае 1920 года были вскрыты мощи святого Александра Невского и опечатана рака; с 1922 года мощи находились в фондах Музея истории религии и атеизма, рака — в музее Эрмитажа. С сентября 1922 по октябрь 1923 года лавра принадлежала обновленцам, с 1923 по 1926 год часть храмов принадлежала Русской церкви, часть — обновленцам, в 1928–1931 годах часть храмов принадлежала РПЦ, часть — иосифлянам.
В 1931 г. все действующие храмы отошли Патриаршей церкви. С 1920 года лаврский ансамбль находится под охраной государства, получив статус памятника культуры.