У историков нет единого взгляда на дату основания Валаамской обители. Одни связывают её со временем крещения Руси, другие относят к более позднему периоду. Церковное и монастырское предание утверждают, что древность обители восходит ко временам распространения христианства на Руси. Уже тогда основанный преподобными Сергием и Германом монастырь стал духовным центром приладожских земель.
Считается, что в древности на Валааме располагалось главное капище Велеса (или же Волоса) и Перуна, которым поклонялись и приносили жертвы живущие в окрестностях язычники. Таким застал его век апостольский. Этимологический разбор финского названия острова «Валамо» подтверждает вероятность предания: Вал, Ваал, Волос или Велес — однокоренные слова, а «мо» по-ижорски — «земля». Таким образом, Валамо — земля Велеса, т. е. место, посвящённое Велесу.
Монастырское предание гласит, что святой апостол Андрей Первозванный, просветитель скифов и славян, прибыв из Киева в Новгород, по реке Волхов достиг Ладожского озера, а затем Валаама, где благословил горы острова крестом. Житие святого Авраамия Ростовского свидетельствует, что уже в X веке на острове существовало монастырское братство, управляемое игуменом. Основателями монашества на Валааме почитаются преподобные Сергий и Герман, пришедшие «от восточных стран», греческие священноиноки. В службе говорится, что их «любовь к Богу была неразлучна, союз братолюбия истинен, молитва — непрестанна, нрав — кроток, слёз струи — приснотекущи, пост, бдение и труды предел естества превосходящие». В письменных памятниках говорится также, что святые Сергий и Герман законом установили общежительный быт в основанном ими монастыре.
Кто продолжил на Валааме монашескую жизнь непосредственно после преподобных Сергия и Германа — неизвестно. Бесспорно, в монастыре были игумен и братия. В обществе иноков существовали послушания или степени для искуса желающих ангельского образа. Для совершения богослужения был храм во имя Святой Троицы. Братия обители проводили богоугодное житие и были добрым примером для других, особенно новокрещёных. О Валаамском монастыре знали уже в Новгороде, Пскове и по другим местам. К числу замечательных лиц этого времени принадлежит постриженик Валаамской обители преподобный Авраамий — основатель ростовского Богоявленского монастыря. В источниках упоминаются игумены Иоаким и Феогност, возглавлявшие обитель в период Крещения Руси, но достоверных сведений о них не сохранилось.
Имеются две основные концепции возникновения монастыря. Первая из них относит основание монастыря к XII–XIV веков. Эту датировку в своих исследованиях поддерживали церковные историки XIX века: епископ Амвросий (Орнатский), епископ Филарет (Гумилевский), Е. Е. Голубинский. В настоящее время этой версии придерживается ряд современных учёных: Н. А. Охотина-Линд, Дж. Линд, А. Накадзава. Свою концепцию эти исследователи основывают на рукописи XVI века «Сказание о Валаамском монастыре».
Вторая концепция относит основание монастыря к X–XI векам. Она опирается на одну из редакций жития преподобного Авраамия Ростовского, содержащую упоминание о пребывании преподобного на Валааме в X веке, а также на ряд летописных упоминаний о переносе мощей преподобных Сергия и Германа с Валаама в Новгород в 1163 году. Следует отметить, что историкам XIX века была известна лишь одна запись из Уваровской летописи о переносе мощей. Архивные изыскания последних лет позволили обнаружить и другие подобные упоминания: в собрании Российской национальной библиотеки и в Институте истории материальных культур. Таких записей в общей сложности насчитывается восемь. Наибольший интерес, как самая информативная, представляет запись из собрания Лихачёва «О святых велико-новгородских епископах и архиепископах, и преподобных чудотворцах» XVIII века. В рукописи отмечена память преподобных Сергия и Германа, указано на современное (XVII в.) разорение обители, дана ссылка на древний соборный Летописец, где указаны даты обретения (1163) и возвращения (1182) мощей на Валаам.
Церковная и монастырская традиции придерживаются последней концепции, утверждающей, что основание обители произошло в эпоху Крещения Руси.
Представляется возможным совместить два взгляда на время возникновения обители: древняя монашеская жизнь на Валааме после XI века могла прекратиться, а затем возобновиться на рубеже XIV–XV веков. Возможно, в дальнейшем учёными будут открыты новые исторические источники, более полно освещающие древнюю историю Валаамской обители.
XI век стал веком первых тяжелейших испытаний для монастыря. Потерпев поражение от русских, шведы, плавая на судах по Ладожскому озеру, в досаде нападали на беззащитных монахов, грабили и сжигали мирные обители.