Патриарх Никон, в миру Никита Минин, родился в 1605 г. в простой крестьянской семье под Нижним Новгородом. С ранних лет он тянулся к Слову Божьему и, повзрослев, стал сельским священником. Знакомые купцы выхлопотали ему приход в Москве, куда Никита переехал с семьей и тремя детьми. Но неожиданная смерть всех детей, в чем он увидел знак свыше, подвигла его вступить на путь монашества. В 1636 г. он удаляется на Соловки, где постригается под именем Никон. Через десять лет он по монастырским делам приезжает в Москву, где знакомится с царем Алексеем Михайловичем, который под впечатлением от северного подвижника назначает его настоятелем Новоспасского монастыря. В 1649 г. Никон хиротонисан в митрополита Новгородского, а через три года он возвращается в Москву, возведенный на патриаршую кафедру.
Все свои усилия новый патриарх направил на воцерковление всех сторон жизни народа, упорядоточение богослужений, повышение авторитета главы церкви, украшение храмов, укрепление материальной базы церкви, исправление богослужебных книг. Он создавал училища с преподаванием древних языков, заводил типографии, собирал библиотеки, пытаясь сделать Москву подлинным центром мирового православия. Желая сохранить симфонию светской и духовной власти, он во многом посягал на сложившийся приоритет царской власти, что скоро привело к конфликту с государем. В 1658 г. Никон демонстративно удаляется из Москвы и поселяется в строящемся Воскресенском монастыре, именуемом Новым Иерусалимом.
Строительство монастыря началось в 1656 г., еще во времена его дружбы с царем, когда была заложена малая деревянная церковь во имя Воскресения Христова. На освящение церкви был приглашен государь, которому так полюбилась местность, что он написал патриарху: «Господь Бог издревле предуготовал место сие на создание монастыря, ибо оно понеже прекрасно подобно Иерусалиму». Прочитав послание, Никон повелел положить его под святым престолом, а Воскресенский монастырь впредь именовать Новым Иерусалимом.
В обителе задумывалось повторение монументального храма Воскресения Господня в Иерусалиме, а в ее окрестностях — воплощение особо почитаемых евангельских святынь. Посланный в Палестину старец Троице-Сергиевой лавры Арсений Суханов скоро привозит чертежи и планы святого храма, и тогда приступают к возведению каменного строения. Личная политическая катастрофа Никона замедлила грандиозное строительство, но не изменила идей, вложенных им в свою подмосковную резиденцию. При его добровольном восьмилетием заключении в сей обители грандиозное сооружение было возведено почти под самые своды. Строилось оно под руководством каменных дел подмастерьем Аверкием Мокеевым. Но когда по решению Собора в 1666 г. Никон был лишен патриаршего сана и отправлен в ссылку, сначала в Ферапонтов, а затем в Кирилло-Белозерский монастырь, строительство приостановилось почти на 14 лет. Лишь усердием царя Федора Алексеевича и стараниям его тетки царевны Татьяны Михайловны оно возобновилось в 1679 г. А через два года Никону позволяют вернуться в Новый Иерусалим, но в пути последовала его блаженная кончина. Погребение опального патриарха состоялось в Ново-Иерусалимском монастыре при участии государя, в приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи. Его белокаменное надгробие со стихотворной эпитафией сохранилось, но мощи были изъяты большевиками и бесследно исчезли.
Строительство соборного храма Воскресения продолжилось и при царях Иоанне и Петре Алексеевичах, в регентство Софьи, когда законченный в 1685 г. собор был освящен. Тогда же обитель получила жалованную грамоту на все ее вотчины и угодья. Возведенный собор во имя Воскресения Христова полностью повторил планировку и ярусную композицию иерусалимского храма, но его декоративное оформление и многоглавие получили самостоятельную разработку. Невиданное изобилие разноцветного изразцового декора позволило создать глубоко самобытный национальный памятник. Причем основной частью здания явился грандиозный шатер над часовней Гроба Господня, который даже противоречил проводимой политике Никона, восстававшего против шатрового зодчества и стоявшего за «освященное пятиглавие». Но в данном случае он сам запроектировал наиболее грандиозный во всем древнерусском зодчестве шатер диаметром 20 м и высотой 18 м. В 1694 г. деревянные стены монастыря заменили каменной оградой с круглыми башнями на углах и рядами бойниц.