К концу 1930-х гг. монастырь стал приходить постепенно в упадок, а к началу войны 1939 г. на пустеющем острове стали располагаться финские воинские части. После открытия фронта, совсем поблизости от обители, власти предложили монастырю эвакуироваться. Но монахи категорически отказались, рассудив, что «свои» их не должны тронуть, поэтому им нечего опасаться. Но когда остров начала обстреливать советская артиллерия, стало ясно, что обитель у жестокой истории не отмолить, и началась срочная эвакуация. Святые отцы были уже в достаточно преклонном возрасте, поэтому прощание с родными стенами было для большинства огромной трагедией. Но многие в глубине души еще надеялись на скорое возвращение, однако этому не суждено было сбыться. Из Валаама монастырь эвакуировался лютой зимой 1940 г. по льду на грузовиках, присланных по личному распоряжению Маннергейма. Драгоценные иконы, древнейшие из которых относились к XV в., иконостас, монастырский архив, огромная библиотека, различная церковная утварь — все было погружено на машины, на которых выехали и 205 монахов, послушников и наемных работников.
Валаамцы во главе с игуменом Харитоном брали с собой лишь самое ценное, и в первую очередь — чудотворные святыни: частицу Гроба Господня и гробницу преподобных Сергия и Германа (теперь хранятся в Музее православной церкви Финляндии в г. Куопио, как и другие святыни).
Первоначально монахи были размещены в сельской школе. Время было тяжелое, и не все смогли вынести выпавшие на их долю трудности. За время переселения умерло более десятка человек братии.
Монахи мечтали найти место, которое напоминало бы им родной Валаам своей первозданной природой, покоем и величественностью. И таким оказалось поместье Паппиниеми, в финской Карелии, на берегу тихого озера. На него был указан знак свыше: в лютеранском господском доме нашли икону валаамских чудотворцев Германа и Сергия, не понятно как оказавшуюся там.
Монастырь получил название «Новый Валаам», расположившись вдали от крупных городских центров, в треугольнике между Варкаус — Куопио-Йоэнсуу.
В 1943 г. монастырская братия пополнилась шестью иноками Трифоново-Печенгского монастыря, а в 1954 г. — девятью иноками Коневецкого монастыря, из закрывшихся обителей в СССР. С собой они принесли древнюю чудотворную Коневскую икону Божией Матери, которая теперь пребывает в иконостасе Спасо-Преображенского храма Нового Валаама.
Помещения для проведения службы оборудовали первоначально в сарае, где и теперь иногда в теплое время года идут богослужения. Привезенные с собой валаамские колокола водрузили на вновь построенную звонницу. Купили домашний скот — лошадей, коров — и стали налаживать натуральное хозяйство. Посеяли зерновые культуры.
В 1946 г. монастырь снова перешел под юрисдикцию Русской православной церкви, и службы стали вести по-старому (юлианскому) календарю. Но в 1950-х гг., после восстановления полноценных отношений между Русской и Финской церквами, обитель вновь оказалась в составе Финской православной церкви. Многие старцы тогда вернулись в Россию, окончив свои дни в Псково-Печерском монастыре.
На Новом Валааме почтенный возраст монахов скоро дал себя знать, болезни и нехватка сил все больше затрудняли ведение хозяйства. Скот постепенно пришлось продать, значительно сократилась и обработка полей.
Недалеко от монастыря есть тихое кладбище, где нашли последний приют русские монахи. Ряды одинаковых крестов лишь отмечают места упокоений, да русская деревянная часовня хранит скорбную память о русской общине. К середине 1970-х гг. богослужения здесь проводил уже один только монах, отец Симфариан, скончавшийся в 1981 г. в возрасте девяносто лет. А последний из старцев скончался в 1984 г., в возрасте 111 лет. Обитель быстро приходила в запустение.
Но во второй половине 1970-х гг. в монастырь пришли молодые православные финны, многие из которых оканчивали Ленинградскую духовную академию. Они были полны сил и желания возродить православную обитель. Государство выделило необходимые деньги. В стране также было организовано общество «Друзья Валаама», куда вошли многие известные представители интеллигенции, и не только православной.
В первую очередь решено было возвести в обители новый каменный храм. Он был построен по проекту финского архитектора русского происхождения Ивана Кудрявцева, в средневековом стиле псковско-новгородского зодчества. По утвердившейся валаамской традиции, храм был назван Спасо-Преображенским. Его освятили 5 июня 1977 г., в год празднования 800-летия православия в Финляндии. Звонницу оснастили двенадцатью сохраненными колоколами, вывезенными еще монахами с Валаама. А остальные спасенные колокола разошлись по другим храмам Финляндии. Богослужения стали вестись на финском языке, но когда монахи узнают, что в храме присутствуют россияне, то служат и на церковно-славянском. На богослужениях могут присутствовать все желающие, но к причастию допускаются только православные.