Во времена Смуты в начале XVII в. вновь утрачиваются связи с Россией, и русская обитель вновь приходит в запустение. Лишь с воцарением Романовых царская милостыня не оставляет без внимания Пантелеймонов монастырь. В 1648 г. в Москву с Афона посылается копия чудотворной Иверской иконы, размещенная в построенной часовне при Воскресенских Китай-городских воротах. А недалеко было организовано подворье Иверского афонского монастыря, где на протяжении многих веков проходила служба на греческом языке и где всегда останавливались святогорцы. Афон имел огромное влияние в то время на церковную жизнь Руси, являясь часто неоскудеваемым источником церковной литературы, различных сказаний и житий святых, привозимых оттуда.
Царствование Петра I, запретившего «русским самоизвольно выходить за границу», и начавшиеся русско-турецкие войны затруднили сношения монастыря с Россией. Если в XVI в. в нем подвизалось почти 150 иноков, то к 1726 г. число насельников сократилось до четырех человек. Полновластными хозяевами опустевшей обители в 1726 г. становятся греки, которые получают значительные финансовые средства от богатых молдавских господарей, бывших под протекторатом Турции. Но в 1770 г. монашествующая братия покидает ставший огромным для нее Нагорный Русик и перебирается в тихое прибрежное место, где находилась принадлежащая ей пристань, с церковью Вознесения Христова. Здесь начнется новая жизнь Свято-Пантелеймонова монастыря, ставшего затем оплотом русского монашества на Афоне. Прежний монастырь стал именоваться Старым Русиком, оставшись в ведении нового, как и бывшая обитель Ксилургу.
В новом монастыре по-прежнему насельниками были греки, но наименование свое он сохранял, называясь русским — Россиконом. Огромные долги вынуждали к продаже имущества и земельных наделов разорившегося монастыря, о чем даже просил афонский Протат (настоятель) Константинопольского патриарха. Но сложившееся укажение к России и усилившееся ее влияние после русско-турецких войн способствовало решительному противодействию патриарха и его мудрому решению о восстановлении общежительного монастыря[43]
. В августе 1803 г. игуменом монастыря назначается семидесятилетний иеромонах Савва, который отправляется за необходимой милостыней в Константинополь. Но за четыре года пребывания там он собирает лишь 9 тыс. рублей, совершенно недостаточных для возрождения обители. Дело казалось уже обреченным, когда вдруг приходит помощь от самого святого Пантелеймона. А дело было так. В Константинополе неожиданно заболевает драгоман Порты (министр иностранных дел) Скарлат Каллимах, по своему происхождению из волошских князей. После бесплодных попыток врачей вылечить больного к старцу Савве обращается семья князя с просьбою помолиться о больном святому Пантелеймону Целителю. А сам князь дает обет, что в случае излечения станет щедрым ктитором обители Великомученика Пантелеймона. Савва отслужил молебен, окропил больного святой водой и напоил отваром целительных афонских трав. И на следующий день случилось чудо, князь совершенно выздоровел. Исполняя обет, он щедро жертвует средства на возрождение монастыря, продолжая и в дальнейшем оказывать ему значительную помощь, став наместником Валахии.