И только с середины 1960-х годов отношения между Ватиканом и Советским Союзом стали налаживаться, постепенно приобретая регулярный характер. Так, в 1960–1980 годы министр иностранных дел СССР Андрей Громыко в ходе визитов в Италию несколько раз встречался с понтификами Павлом VI и Иоанном Павлом II. А в феврале 1971 года для подписания соглашения о присоединения Ватикана к Договору о нераспространении ядерного оружия Москву посетил глава Конгрегации по чрезвычайным церковным делам архиепископ Агостино Казароли.
В этот период в укреплении связей между СССР и Папским престолом активное участие принимали КГБ, ГРУ и журналисты. А этому способствовало некоторое потепление отношений между Ватиканом и СССР. Началом же этого процесса принято считать речь Иоанна XXIII в сентябре 1961 года, после Берлинского кризиса, который был обусловлен строительством бетонной стены между ГДР и ФРГ.
Понтифик выступил с обращением ко всем народам, призвав их к разоружению и решению международных проблем исключительно мирным путем. И руководство Советского Союза увидело в этом обращении фактический отказ Ватикана от декрета 1949 года, который отлучал от церкви коммунистов и людей, близких к ним по взглядам.
А уже 21 сентября 1961 года «Правда» опубликовала интервью с Н. С. Хрущевым, который подчеркнул, что речь Папы Римского считает «добрым знаком» и выражением настроения миллионов католиков во всем мире. Еще два месяца спустя ЦК КПСС решил поздравить понтифика с 80-летием. По этому случаю юбиляру было направлено послание лидера СССР с «искренним пожеланием доброго здоровья и успехов в его благородном стремлении содействовать сохранению мира на земле».
В 1962 году Хрущев, чтобы укрепить положение Советского Союза на Западе, по просьбе Иоанна XXIII отправил представителей РПЦ на Второй Ватиканский собор. На этот форум отпустили и католиков из Литовской ССР.
А в марте 1963 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий I поздравил Папу Римского Иоанна XXIII с присуждением ему Бальцановской премии, которой удостаивались борцы за мир и гуманизм во всем мире. Более того, присуждение этой премии стало поводом для официальной поездки в Ватикан Алексея и Рады Аджубей, которых пригласили на церемонию награждения. Перед отъездом Никита Сергеевич вручил Аджубею личное письмо для понтифика. И в марте 1963 года зять и дочь Хрущева вылетели в Рим…
Аудиенция же главы Ватикана проходила в Тронном зале. А после ее завершения состоялась встреча советских представителей с Папой Римским, во время которой Аджубей и передал понтифику послание советского руководителя.
Во время встречи для советского руководства понтификом был выдвинут ряд требований. Во-первых, Хрущев нанесет визит в Рим первым; во-вторых, в СССР большую свободу получит Русская православная церковь; в-третьих, из заключения необходимо освободить всех грекокатолических священников на Украине. Правда, еще в январе 1963 года, накануне Второго Ватиканского собора, по просьбе Папы Римского и президента США Джона Кеннеди был освобожден из лагеря униатский митрополит Иосиф Слипый. В заключение понтифик заявил, что «когда господин Хрущев посетит Рим, мы оба найдем время, чтобы побеседовать с глазу на глаз. Ведь я уверен, что и Хрущев не побоится такой встречи».
Но, к сожалению, эта встреча не состоялась: 3 июня 1963 года Иоанн XXIII скончался. А в октябре 1964 был свергнут и Никита Сергеевич Хрущев. А это значит, что и не было подписано планировавшееся межгосударственное соглашение между Советским Союзом и Ватиканом.
Еще несколько лет отношения между СССР и Святым престолом оставались сдержанными. И только во времена понтификата Павла VI случился прорыв: 30 января 1967 года в Ватикан с официальным визитом прибыл Председатель Президиума Верховного Совета СССР Николай Подгорный. Но, тем не менее, это не была встреча на высшем уровне.
Первым же советским лидером, которого принял Папа Римский – а это был Иоанн Павел II, – стал Михаил Горбачев. Встреча состоялась 1 декабря 1989 года. А уже в марте 1990 года были установлены дипломатические отношения между Святым престолом и СССР. И после распада СССР, 5 сентября 1991 года, Ватикан признал независимость и суверенитет Российской Федерации.
20 декабря 1991 года с официальным визитом в Ватикан прибыл первый российский президент Борис Ельцин. А 10 февраля 1998 года он был принят вторично Папой Иоанном Павлом II. Также дважды Иоанн Павел II встречался с российским президентом Владимиром Путиным: в июне 2000 года и в ноябре 2003 года. 13 марта 2007 года Владимир Путин встретился в Ватикане с Папой Бенедиктом XVI. И три раза российский президент встречался с Франциском: в 2013, 2015 и 2019 годах.
А 3 декабря 2009 года с рабочим визитом в Ватикан прибыл президент РФ Дмитрий Медведев, где был принят Папой Бенедиктом XVI. В ходе этой встречи было выражено намерение повысить уровень отношений между Россией и Святым престолом. Таким образом, между Россией и Ватиканом установились вполне приемлемые дипломатические и межгосударственные отношения.