В Ост-Индской компании Муркрофт отвечал за конюшни. Врач и ветеринар, он был завербован на эту работу в 1808 г. и сразу занялся поиском лошадей новой породы. Поиски завели его в Тибет. И там, в доме одного чиновника, он заметил двух собак явно европейского вида, а со слов тибетцев узнал, что они были куплены у русских. Хотя тибетцы и утверждали, что то были русские торговцы, Муркрофт решил, что напал на след отряда, готовящего вторжение.
Во время своих экспедиций за лошадьми он неустанно вербовал агентов. К 1812 г. Муркрофт имел целую сеть, наброшенную на многие афганские, персидские и тибетские города. Особенно его тревожил район Ладакха: он полагал, что русские пойдут именно там – из Китайского Туркестана через перевал Каракорум в столицу Ладакха – Лех и сквозь Пенджаб попадут в Британскую Индию. В города Китайского Туркестана (ныне провинция Синьцзян), Яркенд и Кашгар, действительно часто являлись русские караваны. Были и предприимчивые купцы, что забирались южнее. Они оказались первыми европейцами, побывавшими в тех местах.
Агенты Муркрофта, большей частью действовавшие под милым его сердцу прикрытием торговцев лошадьми, возглавляемые мусульманином Мир-Иззетуллой, собирали в Кашмире, Тибете, Яркенде, Кашгаре, Пекине, Коканде, Самарканде, Бухаре, Балхе и Кабуле сведения, которые касались местных правителей, их характеров, армии и настроений в народе.
Конечной целью его третьего и последнего путешествия была сказочная Бухара, где из европейцев побывали лишь иезуиты в 1715 г. Самый прямой путь в Бухару из Индии через Хайберский проход и Афганистан был не безопасен: как раз в это время там разыгралась кровавая борьба за наследство Ахмед-шаха Дурани. Два рода, Баракзаев и Садозаев, оспаривали друг у друга Кабул, Герат и Кандагар. С Муркрофтом вышли его верные помощники, англичанин Джордж Требенк и полуиндус-полуангличанин Джордж Гутрие, а также конвой из горцев-гуркхов. Муркрофт решил пойти через Ладакх.
В сентябре 1820 г. он со своими спутниками прибыл в Лех и начал переговоры с местными властями о переходе через перевал Каракорум в Яркенд. Ладакхские купцы совсем не хотели, чтобы их место заняли англичане. В своем рвении предотвратить опасное начинание Муркрофта они дали знать китайским чиновникам по ту сторону перевала: идут англичане, собирающиеся завоевать Китай! Тем временем Муркрофт ждал и продолжал получать очередные сведения от своих агентов. В это время он и напал на след русского агента, правда, совсем не русского происхождения…Это был Мехти Рафаилов, родившийся в Персии еврей. Настоящее его имя было Ага-Махди. Он выдавал себя за индийского мусульманина и уже не в первый раз водил караваны из Синьцзяна в Лех. Начинал он с мелкой торговли, но вскоре занялся кашмирскими шалями, которые пользовались большим спросом повсюду на Востоке. Торговля пошла так успешно, что его шали дошли до самого Петербурга, где очень понравились императору Александру I. Сам торговец прибыл вместе с товаром, был принят на русскую службу и получил «русское» имя – Мехти Рафаилов. Ему поручалось развивать торговлю между Кашмиром, Ладакхом и Туркестаном, рекламируя и распространяя русские товары. Но также ему доверялись и политические миссии. Одна из таких миссий была – войти в контакт с предводителем сикхов, одноглазым воителем Ранджитом Сингхом.
К тому времени Сингх был очень могуществен. Его армия насчитывала более 100 тысяч человек. До его смерти оставалось еще 20 лет и еще 30 лет – до покорения государства сикхов компанией. С 1809 г. Сингх был союзником Англии, и в 1820 г. этот союз был весьма крепок. Сила сикхов была настолько велика, что англичане, хотя их армия была вдвое большей по числу солдат, и думать боялись вступить с ними в открытое сражение.
Рафаилов вез вождю сикхов письмо от российского императора и министра иностранных дел Нессельроде с предложением торгового союза. Но, как выяснил Муркрофт, у Рафаилова с собой было большое количество рубинов и бриллиантов. В Лехе ходили слухи, что он пытался подкупить кашгарцев, уверяя, что если на трон Кашгара будет посажен полезный России человек, то его поддержит русская армия. С Рафаиловым следовали в качестве конвоя и казаки, что особенно напугало Муркрофта.
Едва он подготовил тревожный отчет в Калькутту для компании, как стало известно, что Рафаилов погиб. Обстоятельства его смерти остались неизвестными. Муркрофт поспешил заключить с правителем Ладакха торговый договор от имени компании и отправил Сингху запальчивое письмо, объявляя, что народ Ладакха независим и желает встать под покровительство Англии. Компания поспешила предупредить вождя сикхов, что никаких договоров с ладакхским правителем она заключать не собирается и Муркрофт действует по своей инициативе.
Мало того, самому Муркрофту было прислано извещение о том, что никакой платы за его услуги по розыску лошадей ему уже не причитается, а вторым письмом приказали возвращаться в Калькутту…