Отважный и амбициозный атаман Запорожской Сечи Иван Сирко, не подчинявшийся ни Москве, ни Польше, не собирался признавать П. Дорошенко гетманом всей Украины. В прямую военную конфронтацию он с ним не вступал, однако, воспользовавшись тем, что татарское войско ушло на запад, неожиданно напал на Крым. Хан был вынужден увести свои войска, а П. Дорошенко пришлось заключить перемирие.
Вернувшись осенью 1667 года в Чигирин, П. Дорошенко прекрасно понимал, что польский король со свежими силами очень скоро двинется на истощенное и опустошенное двадцатилетними войнами Правобережье. Собрать войско, способное противостоять королевской армии, здесь было уже невозможно. В свою очередь, московские послы убеждали гетмана подчиниться Речи Посполитой и «находиться в верном подданстве польского короля». На помощь царя надеяться, таким образом, не приходилось, а подчиняться Яну Собескому гетман не собирался. Не примирился он и с разделом Украины между Польшей и Россией.
Важные события происходили и на Левобережье. В то время, когда Дорошенко еще только боролся за право на булаву и правобережное гетманство, на «черной раде» гетманом Левобережной Украины был избран Иван Брюховецкий. Он проводил откровенно промосковскую политику, подписав в 1665 году «московские статьи», по которым налоги в Украине должны были поступать в царскую казну, а во все крупные города назначались царские воеводы с военными гарнизонами. Московская протекция оказалась недолгой, вызвав волну народного гнева. Видя это, Брюховецкий решил диаметральным образом изменить политический курс, возглавив на этот раз антимосковское движение, заручившись на созванной им в Гадяче раде старшинской поддержкой. Но Брюховецкий уже настолько скомпрометировал себя, что, когда П. Дорошенко начал наступление на Левобережье, взбунтовавшиеся казаки сами расправились с гетманом Брюховецким. Убив его, они 8 июня 1668 года провозгласили своим гетманом Петра Дорошенко.
Тогда же началась смута на Запорожье. Сечь раскололась, причем одна часть казаков поддерживала И. Сирко, другая — П. Суховея. Избранный атаманом запорожцев, Суховей договорился с татарами и привел их на Левобережье, однако Иван Сирко неожиданно примирился со своим старым соперником П. Дорошенко, признав его гетманом всей Украины. К концу лета силы П. Суховея и союзных ему татар удалось разбить. Таким образом, летом 1668 года под булавой Петра Дорошенко единство казацкой Украины — от Запорожья до Стародуба, от Винницы до Полтавы — было восстановлено.
Однако осенью 1668 года ситуация приняла неблагоприятный для П. Дорошенко оборот. Польский король открыто готовился к большому походу на Чигирин. В Новгороде-Северском местные казаки в противовес П. Дорошенко в присутствии царских послов избрали на гетманство промосковски настроенного черниговского полковника Демьяна Многогрешного, которого Дорошенко оставил на Левобережье наказным гетманом. Царское правительство потребовало от П. Дорошенко очистить Левобережье, в случае неповиновения угрожая войной. К тому же отступивший в Крым П. Суховей совместно с татарами готовился к новому вторжению в Украину.
Зажатый в тисках с трех сторон между Польшей, Москвой и Крымским ханством и прочно удерживая лишь юг Правобережной Украины в районе Чигирина, П. Дорошенко с верными ему казацкими старшинами был вынужден пойти на соглашение с турецким султаном. Оговорив автономные права Украины, он признал зависимость от Османской империи на тех же условиях, что и православные Молдавия и Валахия. Казалось, это был единственный выход из создавшегося положения. Крымские татары как вассалы султана нейтрализовывались, тогда как против Польши (а в случае выступления царских войск — и против Москвы) Турция могла оказать достаточную поддержку.
В начале 1669 года Петр Дорошенко и Иван Сирко сумели разбить вторгшихся в Украину крымских татар, которых привел Суховей. Но 3 марта в Глухове левобережная казацкая старшина, не желавшая рисковать вместе с П. Дорошенко, во главе с гетманом Демьяном Многогрешным в присутствии московских послов подписала новое соглашение, существенно ограничивавшее права казацкой Украины и вошедшее в историю как «Глуховские статьи». Договор этот начинался с того, что подтверждались «права и вольности», подписанные еще Богданом Хмельницким. Царские воеводы оставались в Киеве, Чернигове, Нежине, Переяславе и Остре, но они не имели права вмешиваться в местное самоуправление. Сбор налогов в царскую казну брала на себя гетманская администрация. Устанавливался фиксированный реестр в 30 тысяч казаков; помимо реестровых казаков, учреждался особый полк из тысячи казаков для несения охранной службы, получивший название «компанийский». Отдельная статья запрещала гетману самостоятельные сношения с иностранными государствами.
Между двумя гетманами завязалась длительная борьба. Поддерживаемый Москвой, Д. Многогрешный постепенно распространял свою власть на большую часть Левобережья. Однако Переяславский и Лубенский полки долгое время признавали своим гетманом П. Дорошенко.