Таким образом, летом 1704 года И. Мазепа объединил под своей властью Левобережную и Правобережную Украину, причем вассалом Москвы он был лишь как гетман первой из них, тогда как в качестве правителя второй был вполне самостоятельным. Благодаря этим мероприятиям Гетманская Украина фактически была восстановлена в тех границах, в которых она существовала при Б. Хмельницком.
В ходе успешных военных действий 1705 и 1706 годов против польских сторонников Карла XII Мазепа укрепил свои позиции на Волыни и Подолии, не забывая подносить щедрые подарки царю. Однажды он прислал Петру тысячу лошадей, крайне необходимых для продолжения войны со Швецией. Не скупился и царь: И. Мазепа одним из первых в российской державе был удостоен ордена Андрея Первозванного, ему во владение были пожалованы Крупицкая волость и Севский уезд.
В годы своего правления И. Мазепа, человек высокого художественного вкуса, музицировавший и сам слагавший лирические песни, первостепенное внимание уделял развитию образования и украшению городов Украины великолепными, богато декорированными постройками, главным образом храмами, в стиле украинского барокко. Своеобразные эстетические пристрастия позволяют говорить об особом, «мазепинском» стиле в этом направлении.
Особенно интенсивно в период гетманства Ивана Мазепы развивался Киев как церковный и образовательный центр Украины, в полной мере выступая духовной и культурной столицей страны. И. Мазепа, в прошлом ученик Киево-Могилянской коллегии, гораздо больше своих предшественников заботился о состоянии города и его жителей, разбирал жалобы киевлян, проявляя при этом незаурядную находчивость. Как-то во время очередного приезда в Киев гетман рассматривал тяжбу киевлян и монахов Межигорского монастыря по поводу прав на владение горой Юрковицей. Документы, подтверждавшие законность претензий той или другой стороны, исчезли в годы Руины, а надежных свидетелей найти не удавалось. Тогда И. Мазепа поставил вопрос иначе: чей кабак был на горе — монастырский или городской? Все хорошо помнили, что кабак был городской. Следовательно, рассудил гетман, и гора принадлежала городу. И закрепил ее за Киевом.
Таких вопросов приходилось рассматривать сотни, но главное внимание И. Мазепы в Киеве привлекала славная коллегия, в январе 1694 года утвержденная Петром I, при деятельном участии гетмана, в ранге академии — первого высшего учебного заведения Российской державы. На содержание Киево-Могилянской академии было выделено постоянное ежегодное царское жалование в 50 рублей. Но этого было явно недостаточно, и гетман отдельными универсалами приписал Братскому монастырю (под патронатом которого находилась академия) несколько городков и сел. В 1703 году академии по приказу И. Мазепы были переданы некоторые здания на Подоле, а из гетманской казны на ее нужды ежегодно выделялось 200 рублей.
При деятельном участии Ивана Мазепы в последнем десятилетии XVII века в Киеве развернулось монументальное строительство. Одним из первых возведенных на его личные средства храмов города был Богоявленский собор Братского монастыря, освященный в 1695 году. В 1703 году гетман начал строительство нового каменного корпуса Киево-Могилянской академии. Особенно заботился И. Мазепа о пополнении академической библиотеки, передавая ей книги из собственного собрания. Поэтому не удивительно, что тогдашний Киевский митрополит Варлаам Ясинский называл И. Мазепу «обновителем, промысленником и благодетелем Братского монастыря», а Феофан Прокопович в посвящении своей драмы «Владимир» величал гетмана «ктитором» (основателем) «преславной Академии Могило-Мазепианской Киевской».
Мазепинское строительство в Киеве не ограничивалось Братским монастырем и академией на Подоле. На средства гетмана были реконструированы, достроены и украшены древнерусские храмы: Кирилловская церковь и главная святыня города — Софийский собор, при котором тогда же, в 1699–1707 годах, была сооружена большая каменная колокольня, ставшая композиционной доминантой верхней части Киева.
Во времена И. Мазепы изменился и вид Печерска. В 1690–1696 годах здесь был возведен величественный Никольский собор с высокой колокольней (построена в 1750 г.), монастырской трапезной и другими сооружениями.