После допросов М.С. Бейдемана отправили в Санкт-Петербург, и дело его было передано в руки графа П.А. Шувалова – управляющего III Отделением. На первом допросе узник отказался давать показания, то же повторилось и во второй раз: арестованный ничего не говорил и о причинах, побудивших его бежать за границу. 29 августа М.С. Бейдемана поместили в одну из камер Алексеевского равелина, где его обыскали и на дне папиросной коробки нашли изорванный в клочья рукописный документ. Обрывки отправили в III Отделение, там их склеили и прочитали, после чего содержание документа произвело настоящий переполох. Это оказался проект манифеста от имени «императора Константина I», в котором сообщалось, что царский престол незаконно захвачен императором Николаем I, следовательно, и правление императора Александра II является незаконным. Поэтому царя нужно свергнуть, так как он «грабит народ и русскую казну». Народ «должен подняться на весь окаянный род его» и истребить всех от мала до велика, после чего народу обещались раздача земли, созыв Земского собора и уничтожение рекрутчины.
11 сентября М.С. Бейдеман захотел дать письменные показания, ему принесли бумагу и чернила, и через два дня смотритель равелина отправил в III Отделение запечатанный пакет. О причинах своего бегства за границу узник и на этот раз ничего не сказал, зато сообщил, что в Россию вернулся, чтобы «высказать всю меру своей ненависти и своего презрения к существующему правительству и к этому порядку вещей, который господствовал и господствует»: «Я воротился на родину, чтобы отомстить за все страдания, которые она переносит и перенесла: за глубокое мерзкое рабство, в котором погрязли и несчастный русский народ, и русское общество, которое поддерживается развратными, грабящими и убивающими в самом зародыше все благородные начатки народного развития; за пролитую и проливаемую кровь бедных крестьян, кругом ограбленных и обворованных гнуснейшим правительственным произволом; за подлейшим образом пролитую кровь поляков… одним словом за все те мерзкие, нелепые и дико произвольные подвиги той разбойничьей шайки, которая начинается звездоносными тупыми негодяями и кончается несметной толпой рабского чиновничества, грабящего вдоль и поперек.
Я хотел начать дело с вершины этого правительственного кабака в том убеждении, что, разрушив ее, я бы поднял коснеющий в невежестве и рабстве народ на завоевание своих прав – человеческих и гражданских».
Дальше М.С. Бейдеман давал резкую критику всего уклада тогдашней жизни России и заканчивал свои показания так: «У меня остается только чувство досады к самому себе за то, что я не исполнил того, что задумал. Раскаяние в чем бы то ни было далеко от меня; я всегда буду презирать тот омут разврата, грабежа, застоя и всяких гадостей, который губит Россию». Так царская охранка совершенно неожиданно для себя обнаружила, что М.С. Бейдеман готовил цареубийство.
Князь В.А. Долгоруков, шеф жандармов, увидев свою фамилию в общем списке сволочи и гнили, прочитал и о том, что именно на нем следует покончить с телесными наказаниями в России. А как должен был отнестись к заявлению М.С. Бейдемана император Александр II, прочитав такие яркие нападения на свою личность и свою политику? И кто это пишет? Какой-то ничтожный поручик-арестант, осмелившийся возвысить свой голос из темницы? К тому же он решился не только мечтать, но даже готовился покончить с ним – царем-освободителем. Он, монарх, именовался вершиной правительственного кабака! Это было так невероятно, что у многих мелькнула мысль, а не с умалишенным ли они имеют дело…
В середине сентября 1861 года граф П.А. Шувалов посетил М.С. Бейдемана в тюрьме, а потом отправил отчет в Ливадию, где в то время находился император. Граф трактовал дело М.С. Бейдемана как неудавшееся покушение на цареубийство и благодарил провидение, удержавшее руку преступника.
Сначала правительство предполагало предать М.С. Бейдемана военному суду, но побоялось, что процесс может вылиться в демонстрацию, и судьбу заключенного определили «до особого распоряжения». И потянулись томительные дни, недели и месяцы заточения… Узник оставался в своей прежней непримиримости и непреклонности, а между тем к делу приобщились и его литературные произведения: статьи «Славянофильство как принцип» и «Об учреждении ярмарки в м. Довское» и довольно большая поэма «Ванюша» – подражание древнерусской повести «Горе-Злосчастие».
После трех лет одиночества и сурового режима содержания стало заметно, что тяжелое заключение и безвыходность положения подействовали на М.С. Бейдемана морально и физически. Он потерял все волосы на голове, выглядел безжизненным. В новых записках он стал уже благонамеренно излагать свои мысли об устройстве Государственного совета, в верноподданническом письме на имя императора раскаивался в своих замыслах и давал новые показания: он, мол, намеревался отправиться к Гарибальди, но не имел на это средств, а заявленное ранее признание о цареубийстве сделано было им по легкомыслию и самообольщению…