А.Л. Потапов, сменивший графа П.А. Шувалова на посту управляющего III Отделением, после посещения узника составил такой отчет: «Он объяснил мне следующее относительно своей жизни, которое частью скрывал из тщеславия быть только интересным политическим лицом. Любя одну девицу, он встретил соперника, вызвал его на дуэль и для сего отправился в Финляндию. При виде убитого врага он понял всю тяжесть совершенного им преступления, и чтобы избежать кары закона… решил скрыться в Швеции и оттуда отправиться в Италию. Неимение средств остановило это предприятие, тогда он переехал в Англию, где содержал себя работой у Герцена. Безвыходность положения ожесточила его сердце, и тогда в уме его зародилась мысль сделаться государственным возмутителем. Первым шагом его на этом поприще было написание вышеизложенного манифеста, с которым он и прибыл обратно в Финляндию, поставив себе задачею пробраться в Архангельскую губернию и начать свою пропаганду среди тамошних раскольников. Но намерения посягнуть на цареубийство решительно у него не было никогда, и показание об этом вымышлено им уже в крепости».
С момента своего заключения М.С. Бейдеман в течение полутора месяцев оставался единственным узником равелина, а потом тюрьма наполнилась другими заключенными. До 1866 года здесь побывали лица, отделавшиеся легко и вышедшие на волю, и через одного из них он сумел передать своим родным, что «умоляет их хлопотать об его освобождении, для избавления его от сумасшествия. Пусть лучше отошлют его в солдаты или даже в каторжную работу, лишь бы выпустили на свет Божий». Это было в 1864 году, но еще за год мать М.С. Бейдемана ездила в Крым к царю просить о помиловании сына, но по дороге умерла от горя. Через влиятельных знакомых сестра узника пыталась добиться разрешения хотя бы повидаться с братом, но ответ получила такой: «Нет возможности сказать что-либо о ее брате», и предлагалось принять это «за правило и на будущее время».
Душа М.С. Бейдемана, умирая в стенах равелина, билась в предсмертных муках. Когда там были заключенные, он мог хотя бы вступать с ними в немое общение, ведь даже стук в стену давал какое-то облегчение его измученной душе. Через много лет полного одиночества, без свиданий и переписки с родными и друзьями, М.С. Бейдеман обратился к царю с прошением, в котором уже не было ни проклятий, ни обвинений: несчастный человек молил о пощаде, но ответа не было. Царь прочел прошение и приложил его к делу, а М.С. Бейдеман остался в равелине еще на шесть с половиной лет. По ночам стража слышала, как узник рыдал, а потом из камеры стали раздаваться вопли человека, за 18 лет заточения потерявшего рассудок.
Когда новому императору Александру III доложили о М.С. Бейдемане, он распорядился отвезти узника на жительство в далекие и малолюдные места Сибири. Однако министр внутренних дел Н.П. Игнатьев царское распоряжение не выполнил и распорядился отправить узника в сумасшедший дом в Казань. Он писал казанскому губернатору «принять все меры к тому, чтобы названный арестант во все время пребывания в лечебнице находился в совершенно отдельном помещении, из коего отнюдь ни под каким предлогом выпускаем не был, при полном разобщении с окружающими лицами». Таким образом, по распоряжению графа Н.П. Игнатьева для М.С. Бейдемана создали условия, которые мало чем отличались от равелина. В архиве Казанского дома для умалишенных сохранился «скорбный лист» – история душевной болезни М.С. Бейдемана, в котором об узнике сообщалось: «Ходит по комнате вокруг постели или ложится по временам на нее, но чаще все-таки ходит, подходя и присматриваясь к окошку. Выражал постоянно отказ от предложения ему чтения, письма или рисования… Говорит, что постоянно занят собственными планами и соображениями, для которых карандаш и бумага совершенно лишни. Речь произносит невнятно, скороговоркой одно и то же, как бы заучивая фразу или афоризм, который он выдумал или к которому пришел…
Говорит, что он турецкого происхождения: Бейдеман или Деманбей: “ман” – по-турецки значит “топор”, “де” – два, деман – значит “двойной топор”. По производстве своем в офицеры уехал за границу… открыть параллель, проходящую через Стокгольм, Гетеборг и Лондон, чтобы определить угол. Чтобы уменьшить поверхность планеты, надо вступить в борьбу с центром, который охраняет целостность планеты. Но в другой раз о причине своей поездки говорит иначе или объявляет, что это – глубокая тайна…
Говорит, что «скуки совсем не знает, надо заниматься своим делом – и все пройдет», и переходит к разговору о том, что «повышение и понижение почвы зависит от осевого движения Земли…
Больному не скучно, так как, окончив один проект, он занимается другим (например, проектом всеобщего отопления). Написать о своем проекте не хочет, так как… всякое улучшение быта людей только приносит вред человечеству, потому что оно вследствие этого начинает лениться и ничего не делает для мировой пользы…