Филиппинцы хотели видеть Х. Рисаля во главе своей революционной борьбы, да и сам он горел желанием окунуться в практическую работу. Он созывает первый митинг, на котором призывает всех к единению, горячо говорит о патриотизме и политической независимости родины. В 1892 году Х. Рисаль создает «Филиппинскую Лигу», учредителями которой были 18 человек: половина их были видными членами масонских организаций, остальные принадлежали к различным кругам буржуазной интеллигенции Филиппин. Однако были в этой организации и представители мелкой разночинной интеллигенции, а также народных низов. Всех их связывало общее стремление к национальной независимости Филиппин, хотя они и по-разному представляли пути к достижению этой цели.
Охваченный небывалым подъемом и окрыленный первыми успехами, Х. Рисаль едет в провинциальные центры, чтобы привлечь в организацию новых членов. Но вскоре его вызвали к генерал-губернатору Деспухолу, который обрушился на поэта с громовыми обвинениями, размахивая брошюрой «Бедные братья», якобы найденной в чемодане его сестры. Под усиленным конвоем Х. Рисаля отправили в старинный форт Манилы и заключили в одиночную камеру, за которой установили неусыпный надзор. Поэта стерегли, как опасного государственного преступника, не допуская никаких сношений его с внешним миром. Однако заключение Х. Рисаля в одиночной камере длилось недолго. Вскоре его без следствия и суда отправили на пароходе «Себу» в Дапитан – отдаленный городок, располагавшийся на северо-восточном побережье острова Минданао. Х. Рисалю отвели помещение в доме командира небольшого военного отряда, но во время своего изгнания поэт пользовался относительной свободой. За четыре года ссылки он не написал ни одного крупного произведения и все свое время посвятил этнографическим исследованиям: изучал обычаи и самобытную культуру местного народа, обучал население грамоте и лечил его… Свои личные потребности Х. Рисаль ограничил до минимума, а весь медицинский гонорар отдавал на нужды Дапитана: на средства поэта в городке были проведены водопровод и уличное освещение.
Несмотря на строгий контроль за перепиской и посетителями, до Х. Рисаля доходили слухи о готовящемся в народе взрыве, неизбежность которого он уже давно предчувствовал. В «Филиппинской Лиге» после его ссылки отчетливо наметились два лагеря: буржуазных членов организации охватили страх и растерянность, реформаторы колебались и старались ограничить все действия сбором средств на нужды своего союза и на издание газеты. Противоречия возрастали день ото дня, и в 1893 году «Филиппинская Лига» была распущена, а вместо нее создана организация широких народных масс «Катипунан». Х. Рисаль, изолированный в Дапитане, тем не менее продолжал владеть умами соотечественников. Но в начале ноября 1896 года тяжелые решетки форта Сантьяго закрылись за ним во второй раз.
Под строжайшей охраной Х. Рисаля препроводили в ту самую камеру, где он находился в 1892 году. Связь поэта с внешним миром была полностью прервана, на первых порах даже родственникам не разрешали видеться с ним. Однако колониальные власти понимали, что перед лицом всего мира Х. Рисаля нельзя казнить без суда и улик – пусть даже и вымышленных. Правительственные агенты пытались выудить у знакомых поэта признания, что тот является членом «Катипунана» и участвовал в подготовке восстания. Долгие дни подвергался изощренным пыткам Пасьяно – брат Х. Рисаля. Пальцы его левой руки зажимали в тиски, а в правую руку вкладывали перо, чтобы он подписал лжесвидетельство. Несколько раз Пасьяно терял сознание от нечеловеческой боли, но палачи не смогли вырвать у него ни одного признания и выпустили только после того, как довели почти до полного сумасшедствия. Другие филиппинские патриоты тоже мужественно перенесли все допросы и пытки, так что следователям ничего не удалось добиться от них. Не получив ни одной улики, которая бы доказывала участие Х. Рисаля в подготовке восстания, колониальные власти обвинили поэта в создании «Филиппинской Лиги», которая якобы явилась прототипом «Катипунана». Искусно подобрав цитаты из его произведений, враги быстро подготовили обвинительный акт и передали поэта военно-полевому суду. С самого начала следователи и судьи были уверены в виновности Х. Рисаля, поэтому исход дела был предрешен заранее.
В тревожном ожидании поэт провел 17 томительных дней, потом его вызвали на первый допрос, где сообщили о предъявляемых ему обвинениях: создании незаконной организации «Филиппинская Лига» и ряде уголовно наказуемых деяний, которые привели к мятежу. Главный следователь Ф. Оливе был доволен: у него есть почти 30 доказательств «вины» Х. Рисаля – письма, документы, стихи «подрывного» содержания и показания лжесвидетелей. Его не смущает, что некоторые стихи принадлежат не Х. Рисалю, главное – в них присутствует «мятежный дух», а в литературные тонкости он вдаваться не намерен. Так что поэту не спастись: следствие ведут военные, судить поэта будет военный суд, обвинитель тоже будет военным, а для них неважно, виновен поэт или нет.