Неприятности начались у него в конце третьего года, когда он обнаружил нарыв в груди тяжелобольной девочки. Приглашенный для консультации авторитетный врач не согласился с диагнозом Джонса. Но когда на глазах Джонса лопнул нарыв и больная стала задыхаться от гноя, он решил больше не мешкать с операцией. Появившийся незамедлительно консультант заявил, что Джонсу придется нести ответственность за свою инициативу.
Другая история также повредила его репутации. Его невесте требовалась срочная операция по поводу аппендицита. Он захотел присутствовать при этом, но как дежурный врач не мог оставить госпиталь. Договорившись с коллегой, что на некоторое время покинет свой пост, он отправился на помощь невесте. На следующий день руководство было поставлено в известность младшим медицинским персоналом о его самоуправстве, и его бесцеремонно уволили. С этого времени все пошло наперекосяк.
Весь следующий месяц он посвятил подготовке к завершающим экзаменам и успешно их сдал, получив вторую золотую медаль. Эрнест надеялся, что сможет убедить руководство Национального госпиталя восстановить его в должности. Эта уверенность основывалась на том, что не было в госпитале невролога, равного ему по квалификации. Однако все решилось не в его пользу, и к этому приложил руку консультант, ошибочность диагностики которого дорого обошлась Джонсу. Слухи распространялись в Лондоне быстро, и куда бы он ни обратился, включая университет, всюду слышал вежливый отказ. Делать было нечего, и ему пришлось основать частную контору на улице Харли вместе с более известным врачом. Отец Джонса арендовал офис и оплатил за него счет. Однако Эрнест не терял надежду и в течение двух лет планомерно обходил лондонские больницы, учебный госпиталь на улице Чаринг-кросс, больницу для нервнобольных в Вест-Энде, даже малоизвестные больницы для детей и для нервнобольных. Наконец, удача ему улыбнулась, и он получил назначение в Фарингтонский диспансер, а позднее в морской госпиталь, где читал лекции по неврологии. Нужда в деньгах побудила его стать репортером медицинской прессы. Помещая отчеты о факультативных занятиях, он смог несколько поправить свое материальное положение.
Как-то раз один приятель пригласил его посетить Фабианское общество, где читали лекции Бернард Шоу, Герберт Уэллс и Сидней Вебба. Там же, в обществе, он познакомился с молодой голландкой по имени Лоу и влюбился до беспамятства. Она была бесшабашной женщиной невротического склада. Молодые провели несколько лет вместе, живя то у него, то у нее. Лоу называла себя миссис Джонс, несмотря на то, что формально брак не был оформлен. Впоследствии Лоу заболела психически и пристрастилась к морфию. Эрнест привезет ее в Вену, где Фрейд с помощью психоанализа медленно сократит потребление морфия наполовину, а затем до четверти.
Занимаясь исследованием афазии, Джонсу пришлось некоторые проверки проводить в школе умственно отсталых подростков. Две девицы обвинили его в недостойном поведении, и Джонса арестовали. Он просидел три дня в камере, затем был отпущен под залог. Следствие и суд длились долго, пока не была установлена абсурдность обвинения. Его коллеги собрали пожертвования, чтобы облегчить Эрнесту бремя судебных издержек.
В 1906 году он заинтересовался конвульсиями без видимых органических нарушений, а также случаями анестезии и паралича. Он начал практиковать психотерапию до того, как прочитал работы Фрейда. И снова у него возникли неприятности. В больнице Вест-Эндадля нервнобольных находилась десятилетняя девочка с истерическим параличом левой руки. Доктор Савиль, лечивший девочку, опубликовал книгу о неврастении; согласно его диагнозу, причиной ее болезни было «недостаточное кровоснабжение части мозга». Джонс выяснил у девочки, что она приходила в школу задолго до начала занятий, играть с мальчиком чуть старше себя, попытавшимся ее соблазнить. Девочка отбивала его поползновения левой рукой, которая сначала онемела, затем была парализована. Джонс заявил, что происшедшее с девочкой вызвано ее сексуальностью. Англия — страна ханжеская. Разразился скандал. Родители девочки, узнав о случившемся, пожаловались в госпитальный комитет, а тот посоветовал Джонсу немедля подать в отставку за нелепые подозрения.
В это время профессор психиатрии в университете Торонто доктор Кларк совершал поездку по Европе. Попутно он изучал деятельность психиатрических клиник и подыскивал директора для основанного им в Канаде института. Отчаявшийся Эрнест Джонс ухватился за предложение доктора Кларка как за возможность начать новую научную жизнь. Он только попросил благодетеля дать ему шесть месяцев для того, чтобы пройти подготовку в Швейцарии в известном своими научными традициями психиатрическом госпитале Бургхёльцли под руководством О. Блейлера и К. Юнга. Здесь он «заразился» психоанализом, верность которому хранил до конца своих дней.