Колоссальный удар по Эфесу был нанесен в 262 г. вторгнувшимися в Малую Азию готами. Они разграбили город, подожгли храм Артемиды. Полностью от этого удара город так и не оправился.
В составе Византийской империи город еще играл значимую роль, в нем осуществлялось новое строительство. Но быстрое распространение христианства, ставшего официальной религией Византии, нанесло новый серьезный удар по Эфесу. Примерно в 394–395 гг. храм Артемиды был закрыт и скоро стал использоваться как источник для каменного строительства – как ближнего, так и дальнего.
Упадку города способствовал природный процесс, сходный с тем, который положил конец Милету как экономическому центру. Быстрый рост наносов реки Малый Мендерес, заиливание бухты привели к тому, что к VI в. город оказался в 5 километрах от берега моря. Потеряв гавань, Эфес лишился и выхода к Эгейскому морю, что убило торговлю – главный источник прежнего процветания. Люди стали покидать город, перебираясь на близлежащие холмы. Арабские набеги 654–655, 700 и 716 гг. ещё больше ускорили упадок города. К моменту завоевания этой территории турками-сельджуками в 1090 г. от Эфеса осталась лишь небольшая деревня.
В 1895 г. немецко-австрийский археолог Отто Бенндорф продолжил раскопки, начатые Вудом. В 1898 г. ученый основал Австрийский археологический институт, который сегодня играет ведущую роль в исследовании Эфеса. В ходе своей работы Бенндорф исследовал большую часть обнаруженной на данный момент территории Эфеса. На основе привезенных им с раскопок в Вену экспонатов был создан небольшой, но интересный Эфесский музей. Очень рекомендую посетить тем, кто будет в австрийской столице. После основания Турецкой республики правительство запретило вывоз найденных на территории археологических артефактов за пределы страны. С того времени австрийские археологи вели свою работу в Эфесе непрерывно, за исключением периодов двух мировых войн. А в 1960‐х гг. к ним присоединились турецкие археологи, а найденные экспонаты составили основу Эфесского музея в городке Сельчук, расположенном в 3–4 километрах от руин Эфеса. Рекомендую этот музей к посещению всем, кто приезжает на экскурсию в Эфес.