Двор эндерун был сконструирован так, что личные покои султана располагались выше остальных строений, при этом покои правителя находились в самом центре, их окружали помещения, которые использовали ученики школы.
Другие важные здания третьего двора: Палата сокровищ, где хранились все драгоценности правителя; сокровищница Эндерун с дворцовыми сокровищами; Тайный павильон – личный особняк турецких султанов с оригинальным дизайном плитки XVI в.; самая крупная дворцовая мечеть Агалар, где молились султаны, их жёны, оруженосцы.
Сокровищница Эндерун, или павильон Мехмеда II, также известный как Киоск завоевателя, – одно из старейших зданий Топкапы. Оно было построено в 60‐х гг. XV века. Остальные строения дворцового комплекса проектировали, отталкиваясь именно от этого павильона. Каменное строение императорской архитектуры имеет просторные террасы и галереи, широкие окна, массивные колонны и камин.
В четвёртом дворе расположился султанский сад, где правители в своё время могли побыть в одиночестве: павильоны Реван, Софа и Багдад, мечеть Софа, башня Башлала, павильон для обрезаний, гардеробная и другие помещения.
Зал обрезаний изначально задумывался как летний павильон, но вскоре начал использоваться для проведения церемонии обрезания принцев. Фасад здания покрыт голубой и белой плиткой. Из этого павильона открывается вид на район Стамбула Галату.
Самое современное здание во всём Топкапы – Павильон медицины, построенный в 1859 г. Примечательно, что проектировал его Саркис Балаян – архитектор дворца Долмабахче, куда вскоре перешли все государственные дела.
Одежда султанов хранилась в отдельном здании – Гардеробной. Это единственное строение в дворцовом комплексе Топкапы, которое не меняло своего названия за всё время существования.
Жена Сулеймана I Великолепного – важнейшая персона в истории дворца, которая настояла на переносе гарема в Топкапы. По легенде, девушку из взяли в плен крымские татары, затем её продали в рабство и подарили будущему султану в качестве наложницы. Анастасия Лисовская, на Западе прозванная Роксоланой, в гареме получила имя Хюррем, что значит «весёлая». Сулейман влюбился в Хюррем, она отодвинула на второй план главную жену султана и вопреки турецким традициям получила официальный статус жены. Впоследствии стала фактически основным советником Сулеймана.
Каждые три месяца во втором дворе проходила церемония распределения жалованья – Победное заседание. Солдаты становились стройными рядами и получали щедрые порции еды и зарплату. Обычно церемонию совмещали с приёмом иностранных послов, чтобы показать им богатство Османской империи.
На заседаниях дивана султан не присутствовал, но следил за ними из комнаты в Башне правосудия. Когда он не соглашался с решением визирей, закрывал окно, и собрание прерывалось. После этого министры должны были продолжать обсуждение вопроса с правителем в Тронном зале.
Дворцовые служащие zülüflü выполняли самые разные обязанности, от уборки в гареме до ведения конфиденциальных переписок султана. Zülüflü в переводе с турецкого означает «плетёный»: работники носили свисающие косы, которые мешали видеть то, что происходило в гареме.
Пажи Продовольственной палаты, которая находилась рядом с сокровищницей, готовили лекарства для дворцового лазарета, а в апреле собирали дождевую воду и преподносили её турецкому правителю, веря в целебные свойства такой воды.