В отделе, посвященном археологии, выставлены многочисленные исторические памятники, рассказывающие о Древней Греции и Древнем Риме (одни экспонаты сохранились полноценно, другие – лишь фрагментарно). В число хорошо сохранившихся реликвий входят бюсты Марка Аврелия, Октавиана Августа (основателя Римской империи), поэтессы Сапфо и Александра Македонского. Здесь же можно полюбоваться изваяниями главных богов Древней Греции – Зевса и Нептуна. Также сохранились часть скульптуры Афродиты, которая когда-то служила украшением храма Зевса в Пергаме, и изваяние льва – единственная ценность, дошедшая до наших дней в память о мавзолее в Галикарнасе. Посетители музея могут увидеть военную атрибутику, старинные колесницы, наградные знаки, монеты и многое другое.
В древневосточном отделе музея демонстрируется большое количество крупных экспонатов, которые не защищены куполами из стекла. Среди них есть очень старые гробницы – один из саркофагов датируется V в.! Большой интерес представляют саркофаг под названием «Скорбящая женщина», украшенная изысканным резным изображением плачущей женщины, а также гробница Александра Македонского. К слову, в честь последнего завоевателя названо сразу несколько саркофагов. На каждом из них демонстрируются сцены сражений, происходивших когда-то в жизни великого воина и мудрого правителя. Интересно, что многие саркофаги представлены с первоначальной краской!
Еще в секции, посвященной Древнему Востоку, выставлены артефакты Месопотамии, мумии правителей Египта, обелиски, драгоценные украшения, клинопись из различных стран. Один из самых ценных экспонатов – это элементы ворот Иштар. Эти врата, возведенные некогда в Древнем Вавилоне, были украшены рисунками мифических существ.
Третий отдел музея уже интересен тем, что размещен в здании XV в., к котором когда-то отдыхали падишахи. В изразцовом павильоне выставлены глиняные изделия: львиная доля из них – это посуда и предметы интерьерного декора, расписанные вручную. Здесь есть возможность вдоволь насладиться красотой изникской керамики – эту плитку когда-то применяли для украшения таких известных святынь, как мечеть султана Ахмеда, и мечеть Рустем-паши. В этой секции экспонируется керамика, изготовленная османскими и сельджукскими ремесленниками, а также работы анатолийских мастеров.