Под руководством Сталина Ставка начала работать круглосуточно. Сам ее председатель не вставал из-за стола по 12–16 часов. Одним из первых решений, которые пришлось принимать Сталину, стала организация запасного пункта управления Ставкой, работа которой должна была осуществляться непрерывно. Из-за угрозы бомбардировок пункт управления было рискованно оставлять в Кремле, потому Ставку перенесли в центр стратегического управления вооруженными силами. Здесь были кабинеты Сталина и Шапошникова, комнаты для размещений сотрудников оперативной группы Генерального штаба и управлений Наркомата обороны. Здесь же проходили встречи Сталина с членами ГКО, Ставки и руководителями промышленности.
Постановлением ГКО № 83сс от 10 июля 1941 года было создано три главных направления: Северо-Западное во главе с Ворошиловым, Западное во главе с Тимошенко и Юго-Западное во главе с Буденным. Однако опыт показал, что эти направления охватывали слишком большое пространство театра военных действий и проконтролировать их в условиях отступления было невозможно. К тому же многие командующие направлениями не справлялись со своими обязанностями, поскольку их знания о войне устарели.
В августе Жуков был отправлен в отставку, поскольку предложил Сталину отвести за Днепр войска, обороняющие Киевский укрепрайон, во избежание их полного окружения. Место Жукова занял маршал Шапошников, правой рукой которого был его заместитель Василевский. Однако события на фронтах все же заставляли Сталина учиться и менять собственные решения. В конце концов он решился отвести войска за Днепр во избежание их полного окружения. Но Сталин опоздал — большинство войск Юго-Западного фронта оказалось в окружении, погибло или попало в плен.
Лишь формально Ставка была коллегиальным органом, в действительности она в целом никогда и не собиралась. Сталин предпочитал вызывать членов Ставки поодиночке, когда хотел выслушать мнение кого-нибудь из них.
Таким образом, к концу осени 1941 года сформировался стиль руководства Сталина как Верховного главнокомандующего. Одной из основных особенностей руководства Сталина войсками стало его отсутствие на фронтах. В Ставку непрерывным потоком стекалась разнообразная информация. Имевшаяся в то время инфраструктура руководства вооруженными силами и страной позволяла Верховному главнокомандующему владеть обширной информацией о ходе военных действий каждый день, а иногда и каждый час.
Наиболее характерным моментом в деятельности Сталина-полководца стала битва за Москву.
Как известно, разведка не смогла вовремя раскрыть подготовку командованием вермахта операции «Тайфун», и приказ о переходе к жесткой обороне был отдан лишь за 3–5 дней до начала гитлеровского наступления. Уже ко 2 октября танковые группировки немцев стали окружать главные силы войск Западного фронта в районе Вязьмы. В результате войска Конева оказались в окружении, а армии вермахта — близко от Москвы.
Сталин предложил Жукову возглавить защиту Москвы, приняв командование войсками фронта. Но вскоре оказалось, что этих войск попросту нет, и образовавшуюся брешь огромного размера нужно закрывать кем угодно — ополчением из рабочих, курсантов военных училищ, милицейских частей. Сталин и Жуков пытались выиграть время для прибытия войск из Сибири и с Дальнего Востока.
Сталин решил пойти на крайние меры: последовал приказ в случае приближения немецких войск к окраинам Москвы взорвать все предприятия, склады и электрооборудование метро. Развернулась эвакуация всех центральных учреждений и части правительства из столицы. Сталин должен был решить: оставаться ли ему самому в Москве? К эвакуации вождя все было готово.
Но Сталин понимал: если об его эвакуации станет известно народу, его авторитет как Верховного главнокомандующего будет подорван и тогда Москву не удержать никакими чрезвычайными мерами.
Потому Сталин решил остаться в столице. Мало того, во время бомбардировок Москвы он находился на командном пункте 1-го корпуса ПВО, где наблюдал за отражением вражеских налетов. 6 ноября 1941 года вождь выступил на торжественном заседании на станции метро «Маяковская», а на следующий день — на параде на Красной площади перед войсками, отправляющимися на фронт.
Выбор Сталиным Жукова в качестве командующего войсками главного направления оказался верным. Жуков обладал блестящими оперативно-тактическими способностями — умением организовать удар в нужный момент. 2 декабря Жуков повел войска в контрнаступление. Противник на некоторых направлениях был отброшен на 100 километров. Жуков хотел продолжить наступление, но неожиданно получил приказ передать ударные армии в состав других фронтов. Наступление остановилось.
Битва за Москву произвела неизгладимое впечатление на Сталина. Ржевско-Вяземский выступ с направлением на Москву приковывал его внимание до зимы 1943 года. На западное направление по-прежнему поступали все главные резервы, поскольку Сталин опасался возобновления похода немецких войск на столицу.