Далеко не все удачно складывалось в жизни для Юрия Валентиновича. Помимо «невыезда» были и другие проблемы, личные — тяжелая болезнь жены после рождения дочери, продолжающаяся борьба с пагубным пристрастием к алкоголю. На это накладывались и рабочие казусы. В 60-х годах его трудами воспользовалась группа программистов из Новосибирска, опубликовавшая псевдонаучную книгу по компьютерной дешифровке письменности майя. Этот труд, несмотря на то, что вскоре вышла упомянутая монография «Письменность индейцев майя», сослужил плохую службу ученому, вызвал справедливые сомнения в серьезности показанных им результатов, как в Союзе, так и за рубежом.
Кстати, особенно был раздражен работами советского коллеги Томпсон. В самых резких выражениях американский ученый обвинял других майянистов в том, что они стали «ведьмами, летающими верхом на диких нотах по полночному небу по приказу Юрия», убеждал, что идеи Кнорозова несостоятельны. В своем письме Майклу Ко Томпсон писал: «И потому у меня больше не повышается давление, как это было после прочтения последних откровений Юрия "Я спокойно воспринимаю все это, пока продолжается работа с моим каталогом иероглифов майя, который, я уверен, еще долго будет служить и для Юрия, и для многих других? Хорошо, Майк, ты доживешь до 2000 года… и рассуди потом, был ли я прав"». В 2000 году Ко заявил: «Томпсон был не прав. Прав оказался Кнорозов, и теперь мы все, занимающиеся майя, являемся кнорозовистами».
Юрий Валентинович получил Государственную премию лишь в 1975 году после опубликования второй своей монографии.
Сотрудники Кнорозова вспоминают его как человека в высшей степени неординарного и непростого. За глаза они называли его «шеф», он же вообще половину своих знакомых награждал какими-то прозвищами. Друга Владимира Кузьмищева звал «Кузь». Мексиканку Тиахогу Руге, снявшую о нем великолепный фильм, он именовал не иначе как «Бешеная Дакотка», Майкл Ко был «Мишкой», Ельцин «кот Базилио». Многие считали его нелюдимым человеком, сам же он относился к своим подчиненным с крайней подозрительностью — больше всего не любил, когда между ними завязывались дружеские отношения, поэтому, бывало, специально стравливал людей. Но работать с ним было одно удовольствие. Он садился за стол, клал перед собой лист и лихо заявлял: «Ну, в атаку», мгновенно заражая рабочим азартом всех сотрудников. Об истории самых древних, самых загадочных государств он рассказывал за чашкой кофе и сигаретой, как о событиях, которые видел сам, и рассказывал исключительно занимательно, с какой-то кинематографической точностью. Кнорозов много читал, знал, казалось, всю литературу — от античной до современных детективов, к которым относился особенно хорошо. Наизусть цитировал стихи и прозу, например, любимого им Грэма Грина.
В 1990 году Юрию Валентиновичу наконец разрешили посетить Гватемалу по приглашению президента этой страны. Кнорозов побывал в тех местах, которые так хорошо знал заочно, поднялся пешком на знаменитую пирамиду Тикаля и долго стоял наверху, курил, смотрел на небо. Правительство Гватемалы наградило его Большой золотой медалью. В следующем году Юрий Валентинович уже был в Мексике, и здесь его встречали с большими почестями.
Новые поездки в Мексику состоялись в 1995 году. Кнорозову выдалась возможность пожить некоторое время среди индейцев на берегу Карибского моря, затем его пустили в США, где ученый смог лично посетить те места, откуда, по его мнению, пришли в Юкатан ольмеки. В посольстве Мексики в Москве Кнорозов получил орден серебряного Ацтекского Орла за заслуги перед мексиканским народом.
А на родине ученого попросту забыли. Последние годы жизни он провел в совершенном одиночестве в холодной квартире, в окружении кошек, которых он называл своими соавторами. В марте 1999 года у него случился инсульт, в плохо отапливаемой больнице, где ученого поместили в коридоре, у него начала развиваться пневмония, и 30 марта 1999 года Кнорозов умер. Кунсткамера отказалась предоставить свой зал для похоронной церемонии, так что прощаться с ученым его преемники пришли в морг, а похоронили его на окраине города.
В 2000 году в Мексике был издан трехтомник сочинений Кнорозова об индейцах майя, снят фильм о выдающемся исследователе майя. В России же при содействии этой страны был открыт Центр Мезоамериканских исследований имени Кнорозова при Российском государственном университете. Лишь недавно в северной столице на кладбище появился памятник человеку, который расшифровал письмена майя.
Костомаров Николай Иванович
(род. в 1817 г. — ум. в 1885 г.)