В следующем году Костомаров становится преподавателем русской истории в Киевском университете, его лекции неизменно вызывают большой интерес. Читал он не только историю, но и славянскую мифологию. Как и в Харькове, на новом месте собирается кружок прогрессивно настроенных украинских интеллигентов, лелеющих мечту о развитии самобытной украинской культуры, совмещая эти национальные стремления с некоторыми политическими — освобождением народа от крепостного, национального, религиозного гнета; изменением строя в сторону республиканского, созданием панславянской федерации [41]
, в которой Украине будет отведено одно из первых мест. Кружок получил название «Кирилло-Мефодиевское общество». Костомаров играл в нем одну из первых скрипок. Николай Иванович — главный автор программного произведения общества — «Книги бытия украинского народа». Среди других членов — П. Кулиш, А. Маркевич, Н. Гулак, В. Белозерский, Т. Шевченко. Если последний придерживался довольно радикальных взглядов, то Костомарова обычно называют умеренным, либеральным кирилло-мефодиевцем, он подчеркивал необходимость мирного пути преобразования государства и общества. С возрастом его требования стали еще менее радикальны, ограничивались просветительскими идеями.По доносу студента Петрова «Кирилло-Мефодиевское общество» было разгромлено в 1847 году. Естественно, ни о каком продолжении работы историка в университете и речи быть не могло. Костомарова отправили в Петропавловскую крепость. Там он отсидел год, после чего был направлен в административную ссылку в Саратов, где прожил до 1852 года. В Киеве Костомаров оставил невесту — Алину Крагельскую. Она была выпускницей пансиона госпожи Де Мельян, где Николай Иванович некоторое время преподавал. Крагельская была талантливой пианисткой, ее приглашал в Венскую консерваторию сам Ференц Лист. Несмотря на протесты родителей, которые считали, что Костомаров ей не ровня, Алина твердо решила выйти замуж за историка. Тот снял деревянный особняк возле знаменитой Андреевской церкви. Там-то его и взяла полиция 29 марта 1847 года, накануне свадьбы. (Кстати, Тарас Григорьевич Шевченко тоже в тот момент очутился в Киеве именно по поводу предстоящей свадьбы своего друга — Костомарова.)
В Саратове Костомаров трудился в уголовном столе и статистическом комитете. Он свел тесное знакомство с Пыпиным и Чернышевским. Одновременно не прекращал работать над сочинением исторических произведений, хотя на издание их и существовал запрет, снятый лишь во второй половине 50-х годов.
Любопытно отношение Н. И. Костомарова к задачам историка, к методам его работы. С одной стороны, Николай Иванович подчеркивал, что труды должны иметь целью «строгую, неумолимую истину» и не потакать «застарелым предубеждениям национального чванства». С другой стороны, Костомарова, как мало кого еще, упрекают в недостаточном владении фактическим материалом. Нет, безусловно, он много работал в архивах, обладал потрясающей памятью. Но слишком часто полагался только на память, отчего допускал многочисленные неточности и просто ошибки. Более того, относительно замечаний в его адрес о свободном обращении с источниками и сочинительстве истории, то именно в этом ученый видел призвание историка, ибо «сочинять» историю, по его понятию, значит «уразумевать» смысл событий, давать им разумную связь и стройный вид, не ограничиваясь переписыванием документов. Вот типичное рассуждение Костомарова:
Уже было сказано, что Николай Костомаров особое внимание уделял народной истории в противовес военно-административному направлению в этой науке. Он искал ту «сквозную идею», которая соединяет прошлое, настоящее и будущее, дает событиям «разумную связь и стройный вид». Костомаров углублялся в историческое бытие человека, подчас делая это иррационально, пытался осознать ментальность народа. «Дух народа» мыслился этим ученым как реальная первооснова исторического процесса, глубинный смысл народной жизни. Все это привело к тому, что некоторые исследователи упрекают Николая Ивановича в определенном мистицизме.