Основная идея Костомарова насчет украинского народа заключается в подчеркивании его отличий от народности русской [42]
. Историк полагал, что украинскому народу присущ демократизм, он сохраняет и тяготеет к удельно-вечевому началу, которое в ходе истории было на Руси побеждено началом «единодержавия», выразителем которых является народ русский. Сам Костомаров, естественно, больше симпатизирует удельно-вечевому укладу. Его продолжение он видит в казацкой республике, период гетманата в Украине представляется ему наиболее светлым, величественным в истории Украины. В то же время к постоянному стремлению Москвы объединить, подчинить воле одного человека огромные территории и массы людей Николай Костомаров относится крайне негативно, описывает таких деятелей, как Иван Грозный, в самых мрачных тонах, осуждает действия Екатерины Великой по ликвидации запорожской вольницы. Помимо Юго-Западной Руси, долго хранившей традиции федеративности, другим идеалом Костомарова являются вечевые республики Новгород и Псков [43].Явно переоценивая политическое влияние народа в обоих городах, Николай Иванович выводит историю этих политических образований из Юго-Западной Руси. Якобы выходцы именно с юга Руси внедрили в северных купеческих республиках свои демократические порядки — теория, которая никак не подтверждается современными данными истории и археологии Новгорода и Пскова. Свои воззрения по данному поводу Костомаров подробно изложил в работах «Новгород», «Псков», «Северорусские народоуправства».
Костомаров в Саратове продолжал писать своего «Богдана Хмельницкого», начал новую работу о внутреннем быте Московского государства XVI–XVII веков, совершал этнографические экскурсии, собирал песни и предания, знакомился с раскольниками и сектантами, писал историю саратовского края (краеведение — один из коньков историка. Где бы он ни находился — в Харькове, на Волыни, на Волге, — он неизменно самым внимательным образом изучал историю и обычаи местного населения). В 1855 году ученому дозволен был отпуск в Петербург, которым он воспользовался для окончания своего труда о Хмельницком. В 1856 году был отменен запрет на публикацию его сочинений и снят с него полицейский надзор. Совершив поездку за границу, Костомаров опять поселился в Саратове, где написал «Бунт Стеньки Разина» и принимал участие в качестве делопроизводителя губернского комитета по улучшению быта крестьян, в подготовке крестьянской реформы. Весной 1859 года он был приглашен Петербургским университетом на кафедру русской истории. Запрет на педагогическую деятельность был снят по ходатайству министра Е. П. Ковалевского, и в ноябре 1859 года Костомаров приступил к чтению лекций в университете. Это было время наиболее интенсивной работы в жизни Костомарова и наибольшей его популярности.
Лекции Николая Костомарова (курс назывался «История Южной, Западной, Северной и Восточной Руси в удельный период»), как всегда, прекрасно воспринимались прогрессивно настроенной молодежью. Историю Московского государства в допетровское время он характеризовал гораздо резче, нежели его коллеги, что объективно способствовало большей правдивости в оценках. Костомаров в полном соответствии со своим научным кредо представлял историю в виде жизни простых людей, истории настроений, стремлений, культуры отдельных народов огромного Российского государства, уделяя особое внимание Малороссии. Вскоре после начала работы в университете Николай Иванович был избран членом археографической комиссии, редактировал многотомное издание «Актов, относящихся к истории Южной и Западной России». Найденными документами он пользовался при написании новых монографий, с помощью которых хотел дать новую полную историю Украины со времен Хмельницкого. В «Русском слове» и «Современнике» постоянно появлялись отрывки лекций Костомарова, его исторические статьи. С 1865 года вместе с М. Стасюлевичем он издавал литературно-исторический журнал «Вестник Европы».
Костомаров стал одним из организаторов и авторов основанного в Петербурге украинского журнала «Основа». В журнале работы историка занимали одно из центральных мест. В них Николай Иванович отстаивал самостоятельное значение малорусского племени, полемизировал с отрицавшими это польскими и русскими авторами. Он даже лично беседовал с министром Валуевым после того, как последний издал свой знаменитый циркуляр о запрещении издания книг на украинском языке. Убедить высокопоставленного сановника в необходимости смягчения правил не удалось. Впрочем, Костомаров уже растерял значительную долю своего былого радикализма, экономические вопросы — столь интересные другим демократам — его волновали крайне слабо. Он вообще, к неудовольствию революционеров, доказывал «бесклассовость» и «безбуржуазность» украинского народа. К любым резким протестам Костомаров относился отрицательно.