Эдуард Вениаминович заявил журналистам, что собирается организовать тренировочный лагерь в Приднестровье, для возможной партизанской войны в Крыму. В конце февраля в Киеве состоялся Координационный совет радикальных националистических партий России, Украины и Белоруссии. От Национал-большевистской партии декларацию по итогам встречи подписал Эдуард Лимонов. Национал-большевики выпускают плакаты, на которых корчатся в их могучих руках обритые бывшие «волосатые тусовщики», «Лимонка» пестрит резкими заявлениями. Лимонов и сам берет в руки оружие. В 1993 году он принимает участие в боях в Югославии — естественно, на стороне сербов. Затем, работая журналистом в Чечне, тоже на время становится солдатом. Члены его партии находятся в рядах вооруженных формирований, обстреливающих пограничников в Таджикистане.
На новых президентских выборах 1996 года НБП вначале активно поддерживает кандидатуру Юрия Власова. Знаменитый штангист воспользовался поддержкой нацболов при сборе подписей, но затем резко прекратил с их лидером какие-либо контакты. Решив, что «национализм Власова слишком консервативен и архаичен», Эдуард Лимонов опять переходит на сторону Ельцина. (Хотя администрация и предвыборный штаб действующего президента в ужасе шарахаются от такого союзника.) В это время происходит разрыв с Егором Летовым, чей кандидат — Зюганов.
Наконец весной 1996 года начинается расследование по делу «Лимонки». Статьи лидера НБП «Лимонка в хорватов» и «Черный список народов», в которых говорилось о коллективной вине таких народов, как чеченцы, хорваты и латыши, признаны разжигающими межнациональную рознь, заведено уголовное дело. В мае 1996 года Лимонову отказано во въездной визе в Эстонию. В ответ он пообещал приехать в Таллинн на «первом же русском танке» и провести там свой литературный вечер. Осенью 1996 года пресса сообщает о том, что Эдуард Лимонов избит неизвестными, затем подвергается нападению один из его сотрудников, кто-то взрывает офис НБП.
В своих обращениях и призывах Лимонов как бы соревнуется со своим бывшим союзником Жириновским по части шокирования публики категоричными и зачастую агрессивными позициями. Он призывает запретить аборты; арестовать журналистов, осуждающих действия российских властей в Чечне; бойкотировать иностранные товары. В своих интервью он предсказывает появление тотального государства от Владивостока до Гибралтара, в котором все народы объединяются вокруг русских.
В личной жизни и внешнем облике Эдуард Вениаминович также старается «соответствовать». Говорит, что его любимый запах — запах казармы, машинного масла и солдатских сапог, что его любимые животные — черви. Долгое время любимой одеждой Лимонова была черная кожаная куртка а-ля большевики в первые годы советской власти.
Лидер нацболов как-то сказал, что в женщинах он больше всего ценит тело, а в мужчинах — глупость, ибо «так с ними легче общаться». Эдуард Лимонов связывал свою жизнь с разными женщинами. Первой (гражданской) его женой была Анна Моисеевна Рубинштейн — художница. Она повесилась на ремне от дамской сумочки в 1990 году. Первой официальной супругой была Елена Щапова, с которой Лимонов обвенчался в 1973 году. Она написала книгу «Это я — Леночка». После развода с Эдуардом вышла замуж за итальянского графа де Карли, а вскоре стала уже его вдовой. Очень долго Лимонов состоял в браке с певицей и писательницей Натальей Георгиевной Медведевой — также довольно эксцентричной женщиной. С ней Эдуард Вениаминович познакомился в США, вместе эмигрировал во Францию. (Здесь он расходился с Натальей в 1985 году, чтобы опять сойтись в 1986.) Медведева печаталась в «Лимонке». С Эдуардом рассталась в 1995 году, а сейчас ее можно увидеть на гастролях с группой «Коррозия металла». Четвертая (опять гражданская) жена Лимонова Елизавета Блезе младше писателя на 30 лет. У Эдуарда Вениаминовича нет законных детей, но он утверждает, что у него их «приблизительно двое» внебрачных.
В 1999 году Эдуарду Лимонову было отказано во въезде в Украину. (В частности, за опасную позицию по отношению к Крыму. Кроме того, он активно выступал за присоединение к России русскоязычных городов — Харькова, Луганска и пр.) А в 2001 году состоялся судебный процесс в Саратове. Лимонова обвиняли в незаконном хранении оружия. До 2003 года Эдуард Лимонов находился в местах лишения свободы. За это время он написал восемь книг.