27 августа в Петрограде было объявлено военное положение, а Савинков был назначен военным губернатором столицы. Через некоторое время стало ясно, что Корнилов не может и не хочет договариваться о разделении власти с Керенским и другими членами Временного правительства. Поэтому Савинков резко выступает против недавнего союзника. Выступление Корнилова провалилось. А через некоторое время был отстранен от должности и Савинков. В октябре 1917 года Савинков отказался давать объяснения по «корниловскому делу» в ЦК партии социалистов-революционеров, сказав: «ЦК ПСР не имеет в моих глазах ни морального, ни политического авторитета». В связи с этим бывший главный эсеровский боевик был исключен из ПСР. Теперь Савинков нашел союзников в лице казаков. На Демократическом совещании в октябре 1917 года он был избран в Предпарламент в качестве депутатов от Кубанской области.
Октябрьскую революцию Савинков встретил враждебно. Приходится встречать довольно интересные объяснения того, почему Борис Викторович плохо относился к большевикам. Во-первых, Савинков был русским националистом, поэтому большевистский интернационализм был ему чужд. Во-вторых, как эсер (хоть и бывший) Борис Савинков считал первоочередной задачей освобождение крестьянства и не мог принять доктрину о диктатуре пролетариата; в-третьих, онвсегда подчеркивал роль русского Сверхчеловека, а большевики больше интересовались массами, чем индивидуумом. Так или иначе, Борис Савинков сотрудничал с противниками большевиков, более того, весь межреволюционный период активно боролся с большевистским влиянием в стране в целом и в армии в частности. Как только в Петрограде происходит переворот, Савинков пытается подбить казаков на штурм и освобождение Зимнего, но те отказываются участвовать в вооруженной атаке, и Борис Викторович бежит в Гатчину к стоящим там войскам Краснова, где уже находится и Керенский. После провала наступления Краснова на Петроград Савинков бежит на Дон и присоединяется к формирующейся здесь Добровольческой армии.
В феврале 1918 года бывший террорист и опытный заговорщик Савинков организует в Москве подпольный «Союз защиты Родины и Свободы», членами которого являются бывшие гвардейские офицеры. Заговор был раскрыт в мае того же года, многие члены Союза были арестованы, но руководителю удалось скрыться. Затем он участвует в организации антисоветских выступлений в Муроме, Ярославле, Рыбинске, готовит покушения на Ленина и Троцкого.
Некоторое время Савинков находился в белом отряде Каппеля, затем подался в Уфу. Глава Директории Авксентьев направил его с военной миссией во Францию. Там Савинков возглавил колчаковское бюро печати «Унион», пытался добиться от французов оказания материальной помощи сначала Колчаку, а затем и Деникину. В это время Борис Савинков встречается с главными противниками Советской России в западной политике.
Во время советско-польской войны Савинков является председателем «Русского политического комитета», участвует в подготовке на территории Польши антисоветских военных отрядов под командованием С. Н. Булак-Блаховича. Эти отряды совершали рейды на советскую территорию. Савинков издает газету «За Свободу». Чем дальше, тем меньше верил Борис Викторович в успех белого движения, в антисоветской эмиграции Савинков был разочарован. Он писал: «Всякая борьба против советской власти сейчас не только бесплодна, но и вредна». Но сам продолжает заниматься организацией контрреволюционных заговоров, шпионской сети в России. Теперь он ориентируется не на белое, а на крестьянское «зеленое» движение. Материальную поддержку Савинков получает от российского посла в США Бахметева.
В 1921 году по требованию Советской России польские власти предложили Савинкову уехать из страны. Он опять живет во Франции. В августе 1924 года сотрудники российского ОГПУ проводят операцию под кодовым названием «Синдикат-2». В России организуется подставная антисоветская организация, для руководства которой из-за границы приглашается Савинков. Он клюнул на удочку, и в августе 1924 года был арестован в Минске. На суде Борис Савинков полностью признал свои ошибки по отношению к советской власти: «После тяжкой и долгой кровавой борьбы с вами, борьбы, в которой я сделал, может быть, больше, чем многие другие, я вам говорю: я прихожу сюда и заявляю без принуждения, свободно, не потому, что стоят с винтовкой за спиной: я признаю безоговорочно советскую власть и никакой другой».
Ввиду раскаяния смертный приговор для Бориса Викторовича был изменен на 10 лет тюрьмы. Для выдающегося террориста был организован довольно мягкий режим. В камере лежал ковер, разрешались постоянные свидания с женой. Однако в следующем 1925 году 7 мая Борис Савинков покончил с собой — он выбросился из окна. По другой версии, активным сторонником которой является, например, Александр Солженицын, Савинкова вытолкнули сами чекисты.