Война застала Шульженко на гастролях в Ереване. Муж был, как всегда, рядом, а вот сын Гоша гостил у маминой подруги в Харькове. Их поезд еле пробился к родному городу, который немцы, не прекращая, бомбили. Коралли видел, как с каждым взрывом жена, как и все, запертая в вагоне, теряет силу духа. К счастью, Гошу передали под опеку Райкину, и тот благополучно доставил мальчика в Ленинград.
Коллектив Шульженко и Коралли был прикреплен к Дому Красной Армии и стал именоваться Ленинградским фронтовым джаз-ансамблем. В блокадном Ленинграде, в госпиталях, на линии фронта и даже на Ладожской трассе звучал ее голос. И те, кому доводилось видеть и слышать Шульженко в годы войны, и через много лет платили ей трогательной любовью. От «плотненькой хохлушки» не осталось и следа. Постоянный голод, смерть отца от дистрофии, волнение за сына, которого она брала на все выступления, истощили Клавдию Ивановну. Но выходя на импровизированную сцену в темном концертном платье с блестками, она пела как никогда. Только за первый год войны Шульженко дала 500 концертов, а в 1942 г. была награждена медалью «За оборону Ленинграда». «Синий платочек», «Вечер на рейде», «Давай закурим»… Этим песням и их исполнительнице не суждено забвение, пока жива память о страшных военных годах. Один из журналистов написал, что если бы Шульженко за весь свой 60-летний путь на эстраде исполнила только один «Синий платочек», она бы уже обессмертила себя. Но во время войны был снят еще фильм «Концерт фронту» (1943 г.) и создана программа «Города-герои».
В 1945 г. Шульженко было присвоено звание заслуженной артистки РСФСР, и она с семьей переехала в Москву. Этот год стал одним из самых тяжелых в ее жизни. В «черный список» опять попало большинство ее песен. Даже «Синий платочек» и «Давай закурим» были обвинены в «кабацких мотивах» и «цыганском надрыве». Вернуться к «идейным» песням юности она уже не могла. Впервые в жизни Клавдия Ивановна написала отчаянное письмо в партком ВГКО, и не столько в свою защиту, сколько в поддержку Коралли. Никогда раньше, да и позже, Шульженко не искала поддержки у высокопоставленных чиновников, она не подписала ни одного «письма-обвинения» в адрес своих коллег.
Нетерпеливость, зависть, стремление «поприжать» другой талант и выслужиться были абсолютно чужды певице. И хотя характер у нее был несдержанный, тяжелый, но она умела признать свою неправоту, знала, как ответить на чужое хамство. Когда позднее Шульженко единственный раз изменила своему принципу ничего не просить в высших кабинетах и обратилась к министру культуры Е. Фурцевой с просьбой помочь ей с жильем, та продержала артистку в приемной больше часа. Клавдия Ивановна, не выдержав, сообщила секретарю (и всем присутствующим): «Передайте вашей начальнице, что она плохо воспитана!»
В 1947 г. певица подготовила камерную сюиту «Возвращение солдата». В ней прозвучала знаменитая песня «Друзья-однополчане». В зале плакали даже мужчины. Год спустя на песенном небосклоне вспыхнула неповторимая сюита «Встреча с поэтом», где Шульженко предстала с неожиданной для своих почитателей стороны, продемонстрировав не только высочайшую технику исполнения, но и редчайшую глубину души.
Ее лирический дар продолжали шельмовать, но Клавдия Ивановна не изменила себе – «Простая девчонка» и «Голубка», «Молчание» (из фильма «Веселые звезды», 1953 г.) стали теми песенными шедеврами Шульженко, где слились прекрасная музыка, хорошие стихи и тончайшее, проникновеннейшее исполнение. А песня «Три вальса», над которой певица работала почти год, потрясла глубокой драматургией исполнения. Шульженко всегда оставалась истинной женщиной (хотя многие песни исполняла от имени мужчины). И в «Трех вальсах» сердце сжималось от тоски и грусти, от мысли, что прощание с жизнью не за горами. Фактически с 1956 г. певица вступила в полосу «третьей молодости». Чувства к мужу давно остыли, его ревность стала раздражать. Супруги, прожив вместе четверть века, развелись. Здесь «джентльменство» Коралли дало сбой, и он начал делить имущество и жилплощадь, в результате чего певица вынуждена была жить в «уплотнении» с чужими людьми. Но с другой стороны, это было счастливое время. Последней любовью Клавдии Ивановны стал один из ведущих операторов-документалистов Георгий Епифанов. Тот самый «Г. Е.». Но теперь пришел черед ей пережить чувство глубокой ревности. Епифанов был моложе на двенадцать лет, а Шульженко, хотя и привыкла к изнурительным тренировкам, начала терять форму. Редкие седеющие волосы она прикрывала париком, а появляющиеся морщины – толстыми слоями пудры. По-настоящему выстраданная сольная программа «Песни о любви» (1965 г.) была пронизана глубокими личными переживаниями. Певица словно раскрывала свой внутренний мир, зрителей окутывала присущая только ей лирическая аура. А Шульженко в ответ постоянно ощущала волны удивительной сопричастности зала.