Следующее десятилетие было временем постепенного роста В. Ющенко – он стал экономистом областного уровня. Летом 1985 года его назначают заместителем начальника управления кредитования и финансирования колхозов, агропромышленных объединений Сумской области.
В декабре 1987 г. по приглашению Вадима Гетьмана В. Ющенко перешел в Киевское отделение Агропромбанка СССР. Вскоре он проявил себя как один из талантливых учеников и последовательных соратников Вадима Гетьмана. В декабре 1989 года Виктор Андреевич становится заместителем председателя правления Агропромбанка, который в 1990 г. был переименован в банк «Украина».
26 января 1993 г. по предложению Вадима Гетьмана Виктор Ющенко был выдвинут на должность главы Национального банка Украины и стал, таким образом, третьим за время независимости Украины главой Нацбанка.
Под его руководством в Украине успешно провели денежную реформу, создали Государственную казну, начали строительство Банкнотно-монетного двора.
По рейтингу, проводимому журналом «Global Finance», Виктор Ющенко в 1997 г. вошел в шестерку лучших финансистов мира.
На счету у него как у руководителя Национального банка – стабилизация финансового рынка Украины; создание предпосылок для введения национальной валюты – гривны; проведение твердой монетарной политики (за что его подвергал критике Л. Кучма), которая со временем оправдала себя; удержание украинской экономики «на плаву» и сохранение национальной валюты от катастрофического обвала во время мирового финансового кризиса в августе 1998 г.
В декабре 1999 г. Виктор Андреевич был назначен на должность премьер-министра Украины. Реализация правительственной программы «Реформы для благосостояния» разрешила Кабинету Министров В. Ющенко добиться определенной положительной динамики в экономике. Удалось изменить механизм расчетов и платежей в центральный и местные бюджеты, отказаться от бартера и заимствований, оздоровить ситуацию на энергорынке, увеличить поступления в бюджет, затраты на социальные цели.
26 апреля 2001 г. В. Ющенко был отправлен в отставку. Тогда с парламентской трибуны он заявил, что не оставляет публичной политики. В июле 2001 г. Ющенко объявил о создании широкого патриотического избирательного блока «Наша Украина», основой которого стали партии правоцентристского и национально-демократического направления. В блок вошли 10 партий: Народный Рух Украины (НРУ), Украинский Народный Рух (УНР), «Реформы и порядок», «Солидарность», Конгресс украинских националистов, «Вперед, Украина!», Христианский народный союз, Либеральная партия Украины, Республиканская христианская и Молодежная партии.
Создание блока «Наша Украина» было провозглашено Виктором Ющенко 15 июля после посвященного 11-годовщине Декларации о государственном суверенитете Украины восхождения на гору Говерла в Карпатах. Тогда он заявил, что завершил консультации по вопросам формирования блока, и сообщил его название и цель: «Построить государство, которое действительно принадлежит народу, выполняет его волю, защищает его интересы».
На парламентских выборах в марте 2002 года в многомандатном округе блок «Наша Украина» получил 24,7% голосов избирателей. В парламенте 2002 г. В. Ющенко входил в Комитет по вопросам прав человека, национальных меньшинств и межнациональных отношений.
В 2001-2002 гг. он был директором Украинско-российского института менеджмента и бизнеса им. Б. Ельцина при Межрегиональной академии управления персоналом (МАУП).
Возглавляемой В. Ющенко наибольшей парламентской фракции «Наша Украина» принадлежит много законодательных инициатив. Кроме того, именно благодаря «Нашей Украине» и всей парламентской оппозиции не прошло предложение об отказе от всенародного избрания президента страны.
4 июля 2004 г. на Певческом поле в Киеве во время многотысячного митинга Виктор Ющенко сказал: «Я иду в президенты!» Он стал кандидатом на должность Президента Украины.
Предвыборная президентская кампания 2004 г. была, наверное, самой драматичной в истории страны, о чем еще много будет написано и сказано политологами, историками и обычными гражданами – свидетелями всех этих событий. Тем не менее невозможно не сказать о еще до конца не раскрытом преступлении тех дней – отравлении кандидата в президенты В.А. Ющенко диоксином. Тогда, в сентябре 2004 г., были моменты, когда он находился на грани между жизнью и смертью. Врачи в венской частной клинике «Рудольфинерхаус» старались сделать все возможное и невозможное для спасения жизни Виктора Андреевича.
Превозмогая боль, 18 сентября Ющенко выступил на Европейской площади в Киеве: «Вы нас не отравите! У вас не хватит пуль и КАМАЗов. Нас вам не сломать! Всегда будут появляться новые Гии Гонгадзе, Чорноволы, Гетьманы. Мы заявляем: нас миллионы и нас не остановить! Мы победим!»