Понимая, что предприятие потребует колоссальных капиталовложений, а царское правительство сможет выделить лишь незначительную сумму, Каразин решил привлечь широкую общественность к пожертвованию денег и сбору других средств для открытия университета. 1 сентября 1802 г. ученый выступил на общем собрании харьковских дворян со знаменитой речью, в которой доказывал, какую пользу принесет Харьковский университет. В ней, в частности, говорилось, «что просвещенные купцы, желающие отличиться в промысле своем и быть достойными союзниками иностранных, придут почерпать у нас познания, что от нас изийдут витии, стихотворцы… что мы умножим число врачей… что ученые, измеряющие течение светил небесных и силы природы, у нас будут образовываться». Василий Назарович подчеркивал, что с помощью университета «Харьков процветет в самое короткое время и будет иметь честь доставлять просвещеннейших сынов отечеству». Мнения слушателей разделились: одни с энтузиазмом приняли идею Каразина и внесли деньги на строительство университета, другие выступали против и отказались помочь в решении проблемы. Несмотря на трудности, в распоряжение университета поступило из разных источников около 500 тыс. рублей, а харьковские крестьяне – бывшие казаки – выделили из своих земель для нужд университета 125 десятин вдоль Сумской дороги (территория нынешнего городского сада им. Т.Г. Шевченко).
При открытии университета Каразин столкнулся с огромным количеством трудностей. Приходилось не только искать новые средства, но и хлопотать об устройстве ботанического сада, библиотеки, принимать на работу многих ученых, проживавших в Петербурге, Москве или за границей, и обустраивать их на новом месте.
Все хлопоты Каразина были вознаграждены – 17 января 1805 г. открылся Харьковский университет. Однако самого ученого на торжестве не было: за несколько месяцев до этого он написал прошение об отставке и вернулся в родовое поместье Кручик. Причиной послужило резкое похолодание отношений с царем, который даже не хотел видеть ученого. Не привыкший унижаться, Каразин предпочел уехать домой. Впрочем, депрессия, связанная с обидой на неблагодарность властей, недолго владела Василием Назаровичем. Деятельная натура требовала новых преобразований и реализации замыслов. Каразин основал в Кручике школу для крестьянских детей, а выпускников устраивал в училище. Самым одаренным он давал возможность распрощаться с судьбой крепостного на льготных условиях. Кроме того, Каразин предпринял попытку осуществить в своем поместье хотя бы некоторые социальные преобразования. Он организовал сельское самоуправление, которое представляло собой своеобразный совет. Таким образом, крестьянам были дарованы определенные гражданские права и обязанности.
Во время долголетнего пребывания в селе Василий Назарович на личном примере показал, какие неисчерпаемые возможности таит сельское хозяйство и каких успехов может достичь человек, вооруженный знаниями. Он выращивал и осваивал лучшие сорта ржи, пшеницы, ячменя, проводил опытные посевы риса, советовал шире культивировать картофель и многие другие овощи. Большую заботу проявил ученый об улучшении садоводства и виноградарства в Крыму.
Научная деятельность Василия Назаровича выходила далеко за рамки одного только земледелия. В 1908 г. он разработал новый эффективный способ добывания селитры, благодаря которому время ее получения сократилось до трех месяцев.
Каразин выдвинул предположение об огромном скоплении электричества в верхних слоях атмосферы. Спустя некоторое время за границей появился проект установки аэростата для извлечения атмосферной электроэнергии, по сути, повторяющий проект Василия Назаровича. Ученый полагал, что человек, овладев атмосферным электричеством, посредством этой колоссальной силы сможет регулировать погоду по своему желанию. Надо сказать, Каразин считал чрезвычайно важным предвидение погоды и был первым в мире, кто поставил вопрос об организации разветвленной сети метеорологических станций, которые могли бы давать сведения, необходимые для удовлетворения практических запросов хозяйства. В качестве примера он устроил в собственном поместье первую метеорологическую станцию в Украине. К сожалению, идея создания широкой сети метеорологических станций воплотилась в жизнь уже после смерти ученого.
В своих научных исследованиях Василий Назарович много внимания уделял проблеме расширения продовольственной базы страны и разработке методов хранения запасов продуктов. Ему мы обязаны прекрасными рецептами консервирования и хранения овощей и фруктов. Каразин разработал и описал способ очистки конопляного масла, которое после этого не уступало оливковому, усовершенствовал производство крахмала, предложил новый способ сушки говядины и копчения мяса.
В 1807 – 1808 гг. Каразин исследовал исландский мох, один из видов лишайников, растущих в сосновых лесах, и установил, что в нем содержится 33 % превосходного желатина для питания, а в 1830 г. разработал механизм его извлечения.