«Львовский университет отнюдь не был тогда светильником в царстве Духа; самое большее, его можно было бы сравнить с заведением для культуры бесплодия… Я страстно стремился к знанию, но получил только мертвый товар, а его нужно было проглотить, если было желание получить цесарско-королевскую должность. Учеба ради хлеба, а не науки — это был лозунг Львовского университета тех лет». Для крестьянского сына попасть в один из лучших в стране университетов — невероятная удача. Только потрясающая одаренность и трудолюбие Франко (он и в школе, и в гимназии считался лучшим учеником) позволили ему продолжить обучение. Но Франко не хотел учиться ради «корочек», ради того, чтобы потом получить «теплую» должность. И потому он был недоволен, и потому, помимо учебы, с головой окунулся в общественную жизнь. Вместе с такими же, как и он, неравнодушными молодыми людьми Франко основал литературный журнал «Друг», издававшийся студенческим товариществом «Академический кружок». Им хотелось свободы и демократии, хотелось, чтобы Украина была свободной, а украинцы могли говорить и писать на родном языке. Естественно, что юношеские порывы молодых литераторов вступили в конфликт с интересами имперской власти. И власть решила поставить на место вольнодумцев. В 1877 году все члены редакции «Друга» были арестованы. Девять месяцев Франко провел в тюрьме, а когда вышел на свободу, то к нему, естественно, прочно приклеился ярлык «неблагонадежного». От Франко отвернулось львовское литературное общество, в том числе и те, кто до ареста называл его своим другом. Пришлось оставить и учебу в университете (завершить обучение он смог только спустя 15 лет). Но молодой писатель не опустил руки.
В тот период Франко очень активно писал, а для того чтобы иметь возможность печататься, вместе со своим другом Михаилом Павлыком основал журнал «Громадський друг». Но Франко и Павлыку удалось выпустить всего два номера журнала, после чего по распоряжению властей он был закрыт. Франко уже считался подающим надежды молодым писателем, его, по крайней мере, хорошо знали в литературных кругах. Но как же трудно было пробиться к читателю. После закрытия «Громадського друга» Франко и Павлык выпустили два сборника — «Дзвін» и «Молот». А затем последовал новый арест. Франко обвиняли в подстрекательстве селян «против законного порядка». Три месяца он провел в коломыйской тюрьме.
После выхода на свободу Франко два года жил в родных Нагуевичах. Это время было очень плодотворным для писателя. Он много переводит, в частности Гете и Гейне, пишет критические работы и статьи, посвященные творчеству Тараса Шевченко. Здесь же, в Нагуевичах, Франко закончил свою историческую повесть «Захар Беркут». Интересно, что эта повесть получила премию на конкурсе, организованном национально-буржуазным журналом «Заря». Этот факт, кстати, «псевдопатриоты» нередко ставили ему в упрек, как и то, что и в дальнейшем Франко много сотрудничал с «Зарей».
В 1885–1886 годах Франко путешествовал по России, точнее по российской части Украины. В мае 1886 года в Киеве он женился на молодой курсистке Ольге Хоружинской. В это же время Франко обращается к поэзии, вышедший в 1887 году сборник «З вершин і низин» нашел живой отклик в литературных кругах.
В начале 1890-х годов Франко наконец-то удалось воплотить в жизнь свою, как он сам признавался, сокровенную мечту — он смог завершить университетский курс, а вскоре и защитить докторскую диссертацию. В 1906 году Харьковский университет присвоил ему степень доктора российской словесности, а спустя год его кандидатура была выдвинута в члены Российской академии наук. Однако реакционные круги сделали все, чтобы «этот бунтарь» не стал академиком.
Это был не первый и далеко не последний случай, когда Франко страдал из-за своей репутации «неблагонадежного». В 1895 году он прочитал несколько лекций во Львовском университете. Его выступления были столь блестящи, что профессорский сенат рекомендовал Франко на пост руководителя кафедры малороссийской и старорусской литературы. Узнав об этом, Иван Яковлевич радовался как ребенок. «Наконец-то я скину с себя ярмо барщины», — сказал он, имея в виду ненавистную, но необходимую для обеспечения семьи работу в польских газетах. Но радость, к сожалению, была преждевременной. Галицкий наместник граф Казимир Бадени не утвердил кандидатуру Франко, заявив, что не позволит «отдать кафедру человеку, который трижды сидел в тюрьме» (в 1889 году Франко был арестован в третий раз, будучи обвинен в связях с радикальными киевскими студентами).