Подробности работы комиссии Ромодановского, Минина и Поздеева приводит «Столяров хронограф». Они «будучи в Казани, по государеву указу, про татарскую измену и про воровство сыскивали, а татар и черемису на пытках пытали, а иных за воровство и за измену казнили. Да по челобитью татар, что они били челом на казанцов на Саву Тимофеева сына Аристова в его налогах и в продаже, и Саву пытали ж». То есть на основании жалоб казанцев было установлено, что местный чиновник Савва Аристов разорял население штрафами и налогами, за что был подвергнут пытке, невзирая на дворянское происхождение. После чего, «сыскав про измену и про воровство», члены комиссии получили распоряжение «ехать к Москве». Летописец зафиксировал, что «Кузьмы Минина едучи к Москве, на дороге не стало».
Выборный человек всей земли русской появился из исторической неизвестности, яркой звездой пронесся через один из самых драматичных моментов в судьбе России, своим подвигам отстоял страну и вновь надолго исчез из истории, чтобы потом вернуться в нее легендой.
Причина смерти народного героя неизвестна. Точная дата его кончины тоже неизвестна — между мартом и июнем 1616 года. Полуофициальная дата, которую можно найти и в справочных изданиях, — 21 мая.
Место его смерти тоже неизвестно. Источники молчат, историки называют самые разные места, расположенные между Казанью и Нижним Новгородом.
Более того, источники XVII века ничего не говорят и о месте погребения Минина. «При царском дворе вести о кончине Минина никто не придал значения, — замечал Скрынников. — Великие заслуги земского старосты были забыты. В столичных верхах Минину так и не простили его „низкого“ происхождения. Власти не удостоили героя торжественных похорон».
Согласно классической версии Минин либо скончался в Нижнем Новгороде, либо был доставлен туда в домовине. Местом его первого захоронения историки называют погост Верхнепосадской церкви Похвалы Пресвятой Богородицы или погост за оградой Архангельского собора. В 1672 году прах был перенесен в нижний храм Спасо-Преображенского кафедрального собора Нижнего Новгорода и положен в каменную гробницу. Это произошло по повелению царя Алексея Михайловича при митрополите Нижегородском Филарете.
В 1834 году почти на том же месте был построен и освящен новый кафедральный собор, а прах Минина был помещен в подцерковье. В 1913 году в связи с ожиданием прибытия в Нижний Новгород Николая II надгробные памятники обновили, покрасив столбы и арки гробницы в соответствии с общим фоном стенной живописи собора. После разрушения Спасо-Преображенского собора советской властью в 1929 году останки оказались в запаснике музея, а в 1962 году были перенесены в Михайло-Архангельский собор.
Споры о месте погребения Минина, о перемещении его останков не утихают до сих пор. Эти споры хорошо отражены в фундированной биографии прославленного нижегородца, вышедшей из-под пера Морохина и Кузнецова. Разобрав все мыслимые версии, они приходят к пессимистическому заключению, что «у нижегородских краеведов не было (как и сейчас не имеется в распоряжении историков — sic!) источника о захоронении Минина в Нижнем Новгороде».
Но это никак не умаляет святости для каждого россиянина гробницы Кузьмы Минина в Михайло-Архангельском соборе Нижегородского кремля.
После смерти Кузьмы Минина Поместный приказ 5 июля 1616 года направил нижегородским воеводам грамоту о пожаловании вдовы Минина Татьяны Семеновны с сыном Нефедом вотчиной ее мужа: «Пожаловали есмя думного нашего дворянина Кузьмину жену Минина, вдову Татьяну, с сыном с Нефедьем, мужа ее вотчиною в Нижегородском уезде селом Богородицким с деревнями, на тысячу на шестьсот на десять четьи… Послали кого пригоже, да ту вотчину, село Богородицкое с деревнями, на тысячу на шестьсот на десять четьи, велели отказать думного нашего дворянина Кузьмине жене Минина, вдове Татьяне, с сыном с Нефедьем, и велели ей тою вотчиною владети».
31 октября 1616 года был повторен приказ о неподсудности местным органам Нефеда Минина, его дядюшек и крестьян: «…нам бы его пожаловати, дядей его и людей и крестьян в Нижнем Новегороде судити не велети, а велети их судити на Москве. И мы Нефеда Минина пожаловали: дядей его и людей и крестьян в Нижнем судити не велели… В Нижнем никому судити не велели, опроче розбоя и татьбы с поличным».
После введения в права наследства Нефед с матерью некоторое время занимались устройством этой огромной вотчины. Но, похоже, хозяйственные дела не сильно влекли младшего Минина, он вернулся в Москву.
Не так давно обнаруженная челобитная Нефеда Минина свидетельствует о его участии в обороне Москвы в 1618 году. Он получил два огнестрельных ранения в битве с запорожцами у стен Донского монастыря, где были сорваны планы поляков прорваться в Москву в районе Калужских и Серпуховских ворот.