Гермоген не проклинал повстанцев, пока была надежда обойтись без этой крайней душегубительной меры. Лишь когда восставшие разгромили полки Шуйского, сняли осаду Калуги и приняли в свои ряды толпы перебежчиков из «христолюбивого воинства», патриарх решился. Он предал проклятию Болотникова и главных его соратников, оставив остальным повстанцам церковный путь спасения. Патриарх призвал всех подняться на врагов веры, велел монастырям открыть кладовые и высылать в армию всех людей, способных носить оружие, «даже чтобы самые иноки готовились сражаться за веру, когда потребует необходимость».
Вдохновлённые Гермогеном бояре потребовали, чтобы царь Василий сам повел войско. Или — уходил в монастырь, чтобы они могли выбрать государя, способного защитить их имущество и семьи. Под давлением патриарха и бояр Шуйский согласился возглавить армию, собиравшуюся в поход под Тулу, где сосредоточились главные силы болотниковцев.
Ядром новой армии стало войско, спасенное Скопиным-Шуйским под Калугой. Его пополнили полки, которые спешно и крутыми мерами мобилизовали по всей стране. Немалую часть войск составили татары, мордва, чуваши, «даточные люди» монастырей и служащие Государева двора. Ударной силой были дворянские полки и стрельцы.
Скопина-Шуйского царь поставил первым воеводой Большого полка. На 21-м году жизни воевода стал командующим армией, с которой шел в поход сам государь. Патриарх Гермоген надеялся, что Скопин-Шуйский, которого он лично благословил в поход, несмотря на трусость царя, сохранит армию и сумеет одолеть бунтовщиков.
Войско выступило из Москвы под звон всех колоколов 21 мая 1607 г. Однако «царь, будучи в походе, — писал современник, — все время страшась измены, не решался выступить со всем войском и не удалялся от Москвы». Патриарх разослал по стране богомольные грамоты о царском походе полторы недели спустя, убедившись, что царь не сбежал от опасности.
Армия Скопина была воодушевлена благословением святейшего патриарха. И ещё больше сознанием, что идет на последний и решительный бой за кровные интересы землевладельцев: дворян, монастырей, мурз… А у повстанцев уже не оставалось прежнего ядра холопов и крестьян. Оно растворилось в разношерстном воинстве буйных казаков и просто разбойников. Многие из них уже не мечтали о победе. Им довольно было продолжать вольную жизнь на войне.
У восставших отсутствовала система снабжения. Это не позволяло им стоять на одном месте. Сочувствующие им города и села могли кормить войско лишь недолгий срок. Царская армия была намного сильнее. Болотников мог победить только быстрым и смелым ударом.
Болотников и князь Телятевский выступили против главных сил Шуйского, стоявших в Серпухове. А в пути внезапно свернули на Каширу, намереваясь прорваться к Москве. Со сравнительно небольшими силами Иван Исаевич азартно пытался выиграть качество, захватив столицу в отсутствие больших полков. Но его цели были раскрыты перебежчиками.
В битве на реке Восме, в 13 км от Каширы, повстанцы были разгромлены полками князя Андрея Васильевича Голицына. Скопин-Шуйский вовремя прислал ему подкрепления. Участников сражения было много. Но его исход решали отборные отряды. Победу Голицына обеспечили дворяне Ляпунова, а Болотников опирался на казаков.
Пять часов армии налили друг в друга из пушек и ручного оружия. Неожиданно 1700 спешенных казаков Болотникова «с огненным боем» форсировали Восму. Укрепившись в «буераке», они открыли огонь во фланг и тыл воинства Голицына. Царские ратники уже видели «над собою победу от врагов». Но рязанские дворяне Прокопия Ляпунова, оказавшись под обстрелом, ушли от него вперёд, а не назад.
Переправившись через Восму, бывшие болотниковцы атаковали восставших. «И воры не устояли, побежали, а боярские полки, видя, что воры побежали, полками напустили же и воров в погоне бесчисленно побили и живых поймали, а гоняли за ними тридцать верст».
Казаки, укрепившиеся за Восмой, показали, что Болотников не зря на них надеялся. Им обещали полное прощение, но казаки заявили, «что им помереть, а не сдаться». Трое суток они «бились насмерть» против всех полков, «конных и пеших». Казаки были перебиты, лишь когда у них кончился порох. Пленных было очень много. Царские воеводы их безжалостно казнили.
Патриарх велел молебствовать в честь победы царских войск на реке Восме во всех храмах. Гермоген призвал прихожан не обольщаться положением в стране. «Грех ради наших и всего православного христианства, — писал он, — от восстающих на церковь Божию врагов и крестопреступников междоусобная брань не прекращается. Бояр, дворян, детей боярских и всяких служилых людей беспрестанно побивают и отцов, матерей, жен и детей их всяким злым поруганием бесчестят. И православных христиан кровь как вода проливается, и вотчины и поместья разоряются, и земля от воров чинится пуста».