Конец конфликта между Персией и Турцией не принес облегчения армянскому народу, который как при османском, так и при сефевидском иге пережил голод, эпидемии, массовую резню, депортации. Обе империи разделили приобретенные армянские территории на небольшие провинции, управляемые пашами (в Турции) или ханами (в Персии).
Во время войн османов-суннитов и сефевидов-шиитов религиозный конфликт между ними в известной мере отвлекал внимание враждующих сторон от христиан: пока мусульмане самозабвенно сжигали друг у друга мечети, им, в общем-то, было не до Армянской церкви. Однако все меняется после того, как происходит раздел Армении между персами и турками. Теперь армянские христиане в обоих исламских государствах в полной мере почувствуют, что значит быть подданными второго сорта.
В Турции армянам запрещено селиться в центре городов; из-за этого армянские ремесленники, рабочие и купцы днем работают в центре, а вечером, когда ворота закрываются и в городе остаются одни турки, возвращаются в свои жилища, расположенные в окрестностях города. Так возникают места компактного проживания армян в ближайших окрестностях больших турецких городов. Армяне обязаны носить одежду сине-белых тонов, чтобы их можно было внешне отличать от турецкого населения; как и всем христианам, им отказано в праве свидетельствовать в суде против граждан исламского вероисповедания, а также ездить верхом на лошади.
Что касается положения армян в Персии, вначале шах Аббас демонстрировал большую терпимость к тем, кого повелел переселить из родных мест. Он разрешил им заложить рядом со столицей город Новая Джульфа (Нор-Джуга), где могли жить одни армяне. Однако его преемники поведут менее либеральную политику по отношению к армянам и к христианам вообще. Согласно сефевидскому декрету XVII века, в случае, если христианин принимает ислам, он приобретает право унаследовать все имущество семьи, включая ту его часть, которая причитается родственникам, оставшимся христианами.
Османская империя своей прочностью была обязана сильной централизованной власти султана и унаследованной от Византии административной системе. Однако в основе режима лежала эксплуатация подвластных христианских народов, которые постепенно организовывались в
Сложный бюрократический аппарат, перенятый у византийцев, породил повсеместную коррупцию, так что любое разрешение и право для армянского населения и Церкви нужно было за большие деньги выторговывать у турецких чиновников. Османы отдали юг Армении курдским кочевникам, которые продолжали грабежи и злоупотребления, совершаемые ими и раньше.
Хотя Османская империя была несравненно более цивилизованной, чем туркменские или сельджукские орды, тем не менее турецкое владычество этих веков вновь несло армянам всякого рода унижения и страдания.
Армянам, проживавшим в Персии, также довелось испытать дискриминацию и лишения, но в целом иранское владычество было более гуманным, чем турецкое. Памятуя о зверствах сельджуков и туркмен, армяне явно предпочитали сефевидов очередным тюркским поработителям; в некоторых случаях они даже обращались к персидским властям с просьбой об освобождении провинций Армении от власти османов.
Так, даже во время похода Аббаса в 1603-1605 годах, который стал причиной ужасающей бедности в Армении, некоторые города встречали персидского шаха как освободителя. Жители процветающего города Джульфа (Джуга) воздали ему тогда великие почести и одарили богатыми дарами. Именно там, заметив трудолюбие и предприимчивость армян, шах задумал с их помощью построить новую столицу Исфаган, а также оживить торговлю по всей Персии. Однако для этого он совершил страшное деяние — предпринял массовое насильственное переселение армян, стоившее жизни тысячам людей и превратившее в пустыню целую область.
В период персидского и турецкого ига экономика Армении не только никак не развивалась, но находилась в катастрофическом состоянии. Вплоть до XVIII века отсталость будет очень серьезной: примитивные методы ведения сельского хозяйства, почти плачевное состояние торговли... Демографическое обескровливание Армении продолжалось — тысячи персидских и турецких армян покидали историческую родину.
С запустением деревень теряли власть (а впоследствии и вовсе исчезли)