Значительная часть русско-персидской войны 1804-1813 годов проходит на территории исторической Армении. Русские еще в XVIII веке завоевали Крым, и Екатерина Великая около 1780 года переселила армянские общины из Феодосии (Каффы) на берег Дона, в южную Россию. Здесь возник город Нор-Нахичеван (то есть Новый Нахичеван), который значительно позднее, уже в XX веке, слился с Ростовом-на-Дону. В 1801 году русские войска аннексировали часть Грузии и водворились в Тифлисе, где находилась одна из самых многочисленных армянских колоний. Итак, русско-персидская война начинается с того, что персы совершают попытку отвоевать Грузию. В 1804 году царские войска берут армянские города Гюмри (впоследствии переименованный русскими в Александрополь, а в советское время — в Ленинакан) и Гандзак (Елизаветполь); на следующий год русские овладевают городом Шуши, и весь Арцах переходит под их контроль.
Наконец, в октябре 1812 года русские как будто окончательно разбивают войска Аббас-Мирзы на реке Араке. В итоге, по мирному Гюлистанскому договору (1813) Персия отказывается от всяких прав на Грузию и уступает России также карабахское ханство. Таким образом, Россия получает часть территорий древней Армении, то есть области Лори и Дилижан, помимо Арцаха. С освобождением от персов и с вхождением в состав Российской империи армянские мелики Карабаха постепенно теряют полунезависимость, которая у них была при шахе: Россия даже и не думает предоставлять краю какую бы то ни было автономию. После русских побед и Гюлистанского мира в руках у Персии все же остаются Ереван и Нахичеван.
Однако летом 1826 года персы возобновляют военные действия против России, и Аббас-Мирза во главе огромной армии входит в Карабах. В это же время персидский хан Еревана пытается вернуть армянские области, перешедшие к русским. Эта очередная, четвертая русско-персидская война продлится два года (1826-1828). Вначале персы отвоевывают Гюмри и Гандзак, что, казалось бы, свидетельствует об их намерении продвигаться дальше на Тифлис, чтобы впоследствии возвратить себе грузинские и армянские территории, освобожденные русскими.
Но вновь Армянская церковь встает на защиту народа. С благословения и при поддержке высшего духовенства многие армяне записываются добровольцами в русские войска. В 1827 году армянский епископ Тифлиса Нерсес из Аштарака (или Аштаракеци), который через некоторое время станет католикосом, пишет
И вот, несмотря на жестокую, сорокавосьмидневную осаду, персам так и не удается взять крепость города Шуши, в героической обороне которой, бок о бок с малочисленным гарнизоном из 350 солдат принимали участие даже женщины и дети. 3 сентября 1826 года русско-армянское двухтысячное подразделение побеждает персидский передовой отряд из 10 000 человек и освобождает город Гандзак.
В апреле 1827 года русские войска под командованием генерала Паскевича и армянские добровольцы во главе с архиепископом Нерсесом входят в Эчмиадзин; в июне они завоевывают Нахичеван, а 1 октября 1827 года, после трехмесячной осады, освобождают, наконец, и Ереван. Паскевич готов идти дальше на Тегеран, но тут шах объявляет о готовности уступить России свои армянские территории, и на этом война заканчивается.
По Туркменчайскому договору (февраль 1828), подписанному благодаря посредничеству русского писателя А.С. Грибоедова, который в ту пору был послом в Персии, Россия официально получила от шаха Ереванскую, Нахичеванскую и Вагаршапатскую области, а также весомую контрибуцию в двадцать миллионов рублей. Таким образом, вся Восточная Армения была освобождена от персов и вошла в состав Российской империи.
Но в апреле 1828 года, через два месяца после заключения мира с персами, Россия объявляет войну туркам, поддерживая греков, поднявших восстание против султана. Русско-турецкая война 1828-1829 годов проходит на Балканах и на Кавказе. Россия занимает почти все армянские территории Турции, за исключением Вана и юго-запада древней Армении. Однако в конце конфликта, согласно условиям Адрианопольского мира (1829), по которому Турция признала независимость Греции, царским войскам приходится покинуть завоеванные армянские земли на территории Турции. Дело в том, что западные державы поддерживали Османскую империю и, главное, с большим неудовольствием наблюдали за постоянным усилением международного влияния русских царей. Тем не менее, России удается поставить перед турками условие, чтобы армяне из Османской империи в течение восемнадцати месяцев могли переселяться в Восточную Армению или в другие части Российской империи.