Русские власти обещали за поимку разбойников щедрое вознаграждение. Так, выборгский комендант Г. П. Чернышев распространил среди местного населения свой указ от 16 августа 1710 г.: «Объявляю сим Выборгского уезду мызникам и всяким обывателям: ежели кто услышит про неприятельских или про воров кивиковой станицы людей, чтоб в Выорхе или которые будут отправлены в партию, тотчас объявили; за что ко оным будет государева милость, а именно денежное жалованье». За недонесение грозило наказание. В борьбе с партизанами у русских были и победы, и поражения. Все закончилось после подписания Ништадтского мира в 1721 г.
Петропавловский собор
Стремясь усилить главенствующее положение Петербурга среди городов России, государь задумал построить новый храм, высота которого превышала бы высотные постройки Москвы, такие как колокольня Ивана Великого и Меншикова башня. 8 мая 1712 г. в крепости на Заячьем острове состоялась закладка каменного собора во имя Святых первоверховных апостолов Петра и Павла. После этого сразу же начали копать траншею и бутить фундамент вокруг уже существовавшего деревянного храма.
Существует легенда, что первая деревянная церковь в крепости заложена в день ее основания, то есть 16 мая 1703 г. Легенда гласит о том, как в этот день царь Петр под шум крыльев парящего над Заячьим островом орла, «взяв у солдата багинет и вырезав два дерна, положил дерн на дерн крестообразно и, сделав крест из дерева», водрузил его в дерны, сказав при этом: «Во имя Иисус Христово на сем месте будет церковь во имя верховных апостолов Петра и Павла». На самом деле деревянная церковь действительно была заложена в центре крепости в 1703 г., только 29 июня – в день празднования памяти святых апостолов Петра и Павла. В этот же день крепость официально получила название Санкт-Питербурх. Предположительно крепость строилась по проекту государя. Освящение храма, которое провел митрополит Новгородский Иов, состоялось при пушечном салюте 1 апреля 1704 г., во время этого торжества храм поименован собором.
По описанию современника, деревянная церковь была «видом крестообразная и о трех шпицах, на которых по воскресным и праздничным дням подымали вымпелы, расписана была под каменный вид желтым мрамором». Она имела высокую башню, увенчанную шпилем в голландском стиле. На площадке под шпилем расположили несколько колоколов и часы-куранты, изготовленные московским мастером Никифором Архиповым. Впрочем, часы простояли недолго, так как в описании храма, относящемся к 1710–1711 гг., о курантах уже не говорится, а упоминается только о ручном звоне колоколов, на которых несколько человек разыгрывали некую мелодию.
Через полтора месяца после освящения в крепостном соборе состоялось первое крупное богослужение. 14 мая здесь провели благодарственный молебен в честь победы генерал-фельдмаршала Б. П. Шереметева над шведскими судами при впадении реки Амовши в Чудское озеро. После молебна произвели артиллерийский салют.
Другой торжественный молебен по поводу победы над шведами произвели в крепостном соборе 23 июня 1710 г. в связи со взятием русскими войсками крепости Выборг. В этот день в собор внесли 58 шведских трофейных знамен, оставленных здесь на вечное хранение. Этим было положено начало новой традиции, существовавшей в России до самой революции.
В 1704 г. рядом с православным крепостным собором, с его северной стороны, построили лютеранскую кирху, освященную во имя Святой Анны. Это связано с тем, что среди первых петербуржцев было много лютеран – пленные шведы, иност ранные специалисты разных профессий, приезжие купцы и прочий иностранный люд лютеранского вероисповедания. В 1710 г. кирху перенесли к Мытному двору на Городовом острове. В 1720-х гг. ее опять перенесли, на сей раз к 5-й линии Литейной части (ныне Кирочная улица), а в 1735 г. окончательно разобрали из-за ветхого состояния и построили на этом месте новый храм по проекту архитектора Петра Еропкина. В 1779 г. кирху перестроили по проекту архитектора Юрия Фельтена, и почти в таком виде она сохранилась до наших дней.
После начала строительства каменного Петропавловского собора деревянный храм оказался в центре новой стройки. Он продолжал действовать до 1719 г. Затем деревянное здание разобрали и перенесли в Солдатскую слободу, на место нынешнего садика на пересечении нынешних Большой Пушкарской и Ленина (Широкой) улиц. Здесь храм освятили во имя святого апостола Матфия. В 1732 г. при ней открыли кладбище, просуществовавшее более 30 лет. В конце XVIII столетия здание церкви пришло в ветхое состояние, и ее перестроили в камне по проекту ученика Баженова архитектора Л. И. Миллера. Освящение состоялось 1 октября 1800 г. Летом 1932 г. ее взорвали, и на месте взрыва осталось возвышение от обломков здания.