Далее служба проходила тоже неплохо. Зотов трудился в комиссии по расследованию Стрелецкого бунта 1698 г., исполнял службу думского дворянина и печатника. В 1703 г. Петр поручил ему возведение одного из бастионов Петропавловской крепости, получившего название Зотова бастиона. К этому времени он владел уже 446 крестьянскими дворами, а в Петербурге приступил к строительству собственного дома на Городском острове, при слиянии Невы и Большой Невки. Впоследствии он построил дом на острове Котлин.
Живя в Петербурге, Зотов получал письма на имя Петра, а затем переправлял их адресату в особой сумке со своей печатью. После Полтавской битвы царь пожаловал ему свой портрет, а в следующем году произвел в графское достоинство, правда, без передачи титула потомкам, которые получили его только в царствование государя Александра Павловича. В 1711 г. одним из царских указов было повелено считать Никиту Моисеевича Зотова одним из «верховных господ» в государстве, наравне с А. Д. Меншиковым, Ф. М. Апраксиным, Г. И. Головкиным и П. П. Шафировым. В том же году князь Зотов был назначен государственным фискалом с чином тайного советника.
И этот государственный человек играл важную роль в деятельности «Всешутейшего, Всепьянейшего и Сумасброднейшего собора». Здесь он с 1 января 1692 г. носил титулы «князя-папы», «архиепископа прешпурского, всея Яузы и Кокуя патриарха», а также «святейшего и всешутейшего Иоаникиты».
В 1714 г. царь решил женить Зотова (тот был вдовцом и имел от первого брака троих сыновей) на вдове Анне Еремеевне Стремоуховой, урожденной Пашковой. Потешную свадьбу назначили в доме Г. И. Головкина 16 января 1715 г.
В день свадьбы, после трех пушечных выстрелов, мужчины съехались в дом графа Головкина, а женщины с императрицей и другими царственными особами – в дом «князь-игуменьи» Дарьи Гавриловны Ржевской, находившийся по соседству с домом жениха. Оттуда шествие направится в церковь. Знатные особы поехали в санных экипажах, обрученная чета шла пешком, поддерживаемая четырьмя старцами. Впереди, в качестве «скороходов», выступали четыре тучных и неповоротливых мужика.
Жених был в кардинальском одеянии, гости обряжены в одеяния лютеранских пасторов, католических епископов, рыцарей, рудокопов, китоловов, рыбаков, скороходов и пр. Также были представлены одеяния китайцев, американцев, японцев, армян, лопарей, турок и т. д. Сам царь шел в матросском платье. Вся эта публика играла на барабанах, дудочках, медных тарелках, флейтах, свирелях, трещотках и разных подручных инструментах. Весь этот шум сливался с колокольным звоном. Для венчания выписали из Москвы 90-летнего священника Архангельского собора.
Из церкви тем же порядком шествие направилось в дом новобрачного князя-папы, который усердно потчевал присутствующих спиртным. На улицах выставили для народа бадьи с вином и пивом.
Историк С. М. Соловьев так оценил эту свадьбу:
«Свадьба Зотова заслужила особенное внимание: одни вооружаются против неприличия этого торжества, другие стараются оправдать его и вообще хотят видеть здесь насмешку над патриаршеством, желание унизить сан, который хотелось уничтожить. Но мы знаем, что это была просто игра в короли, папы и патриархи, игра, понятная при тогдашнем состоянии юного общества. Зотов назывался Кокуйским патриархом еще тогда, когда настоящий патриарх был в Москве, когда, по всем вероятностям, не западала еще мысль об уничтожении патриаршества; теперь этот Кокуйский, шутовской патриарх вздумал жениться и свадьбу его отпраздновали приличным его званию образом. Если предположить, что Петр хотел насмеяться над патриаршеством, то надобно предположить, что он хотел насмеяться и над своею собственною царскою властию, потому что у него был и шутовской Пресбургский король, впоследствии кесарь; со смертию старика Зотова шутовское патриаршество упразднилось, но остался князь-папа в соответствие князю-кесарю».
Через два года «князь-папа» граф Никита Моисеевич Зотов скончался. В память о нем сохранились московские палаты (Кремлевская наб., 1 / 9).