Посадка на подводные лодки командования Приморской армии и Севастопольского оборонительного района проходила на глазах у сотен людей. Поэтому, естественно, не обошлась без эксцессов. Из толпы прозвучали не только ругательства в адрес командования, но и автоматная очередь, попавшая в шедшего перед генерал-майором И.Е. Петровым начальника отдела укомплектования Приморской армии. Подводная лодка Щ-209 приняла на борт 63 человека из состава Военного совета Приморской армии и штаба армии. Экипаж, боясь перегруза, сталкивал обратно в воду пытавшихся взобраться на палубу красноармейцев и матросов, достигших лодку вплавь в надежде эвакуироваться. Ночью подлодка вышла в Новороссийск. Утром за ней последовала подводная лодка Л-23, увозя на своем борту 117 человек руководящего состава Севастопольского оборонительного района и города. Однако многие командиры остались со своими бойцами. Начальник штаба береговой обороны подполковник И.Ф. Кобалюк вернулся назад и передал, что погибнет вместе с батареей, военный комиссар 3-й особой авиационной группы ВВС Черноморского флота полковник Б.Е. Михайлов добровольно сошел с последнего самолета и погиб 1 июля в Херсонесе. Остался в Севастополе командир пограничного отряда войск НКВД подполковник Г.А. Рубцов. Позднее, чтобы избежать плена, он застрелился. Находясь на борту подводной лодки, попытался застрелиться генерал-майор Петров, но его удержали сослуживцы.
Выгрузка боеприпасов с борта лидера эсминцев «Ташкент» в Севастополе. 1942 год
Расчет зенитного 12,7-мм пулемета ДШК лидера эскадренных миноносцев «Ташкент» отражает налет авиации Люфтваффе. 27 июня 1942 г. На воде фонтаны от разрывов вражеских бомб
Помимо самолетов и подводных лодок, вывозом людей занимались тральщики, сторожевые корабли и торпедные катера. Попытка эвакуировать на них 2 тысячи человек командного состава армии и флота в ночь на 2 июля провалилась: на подошедшие к берегу корабли попали те, кто смог до них добраться. На Кавказ в итоге прибыли 559 человек комсостава и 1116 человек младшего начсостава и рядовых.