Районы патрулирования подводникам были нарезаны еще до войны, и с ее началом советские субмарины веером вышли на них, готовясь нанести удар из-под воды по боевым и транспортным кораблям противника. Первые две позиции находились на подступах к Севастополю с запада и юго-запада. На них были выведены лодки-«малютки». В 19:35 22 июня подводная лодка М-33 вышла в дозор юго-западнее мыса Тарханкут (позиция № 1). В 20:28 такая же лодка-«малютка» М-34 вышла в дозор юго-западнее мыса Сарыч (позиция № 2). Остальные три позиции, на которые были направлены подлодки Черноморского флота, находились у берегов Румынии. В 18:09 22 июня подлодка Щ-205 вышла на позицию в районе мыса Олинька (позиция № 3). В 18:24 вышла в дозор к мысу Шаблер подлодка Щ-206 (на позицию № 4). В 19:08 подлодка Щ-209 вышла в район м. Эмине (позиция № 5). Меньше всего повезло Щ-206 — из своего первого похода она не вернулась. На лодке погибли 45 человек. Пока нет оснований полагать, что лодка погибла уже в первый день войны. Считается, что Щ-206 была потоплена 9 июля 1941 г. румынским миноносцем и торпедными катерами у маяка Тузла. Причиной ее гибели также мог быть подрыв на мине, отказ техники или ошибка личного состава. Остальные лодки столкновений с противником в первом боевом походе войны не имели.
Среди советских военно-морских баз была одна, находившаяся в непосредственной близости от границы. Это была Лиепая (Либава). Поэтому для прорыва к ней немцам даже не понадобились танковые части и соединения. Утром 22 июня части 291-й пехотной дивизии вермахта генерала Курта Херцога перешли государственную границу СССР. К 9:00 они выбили советских пограничников из Паланги и беспрепятственно продвигались дальше. Погранотряд численностью чуть больше 1 тыс. человек без тяжелого вооружения, разумеется, не мог оказать серьезного сопротивления. Поэтому уже к концу первого дня войны немцы вышли на подступы к Лиепае.
Чем же грозил быстрый прорыв противника? К 22 июня 1941 г. на Лиепаю базировались часть 1-го, 3-й и 4-й дивизионы подводных лодок, 1-й дивизион базовых тральщиков, 5 торпедных катеров и 13 сторожевых «малых охотников». Соответственно подлодки С-1, С-3, С-9 подчинялись 1-му дивизиону, «Калев», «Лембит», «Ронис», «Спидола» и Л-3 — 3-му дивизиону, М-71, М-77, М-78, М-79, М-80, М-81 и М-83 — 4-му дивизиону. Всего в Лиепае находилось 15 подлодок, организационно они были подчинены 1-й бригаде подводных лодок Балтийского флота. Не все вышеперечисленные лодки были боеготовы. Доставшиеся СССР по наследству от ВМФ Латвии лодки «Ронис» и «Спидола» (французской постройки 1920-х гг.) были непригодны для плавания и использовались как зарядные станции. Кроме того, на заводе «Тосмаре» в ремонте стояли подводные лодки С-1 (в среднем ремонте), С-3 (заканчивала средний ремонт в доке завода) и С-9 (должна была пройти докование). Следует отметить, что, несмотря на внушительное количество подводных лодок в Лиепае, большую часть их составляют «малютки» и старые лодки прибалтийских государств. Когда говорят, что Лиепая была забита советскими подводными лодками, «как бочка селедкой», представляются стройные ряды «катюш», «щук» и «эсок», хотя бы соразмерных с лодками противника. В действительности же Лиепая была не «бочкой с селедкой», а в лучшем случае «банкой с килькой».
Строго говоря, Лиепая досталась советскому ВМФ в качестве базы флота еще от Российской империи. В Лиепае (тогда еще Либаве) в 1897–1905 гг. построили порт имени императора Александра III как передовую базу Балтфлота. Нельзя сказать, что командование советского Балтфлота перегрузило эту крупную базу боевыми единицами, чаще используя ее для проведения ремонта. Помимо лодок на заводе «Тосмаре» ремонтировался старый эсминец «Ленин» (в ремонте с разобранными машинами и снятой артиллерией). В ночь на 22 июня, за несколько часов до первой бомбардировки, в Лиепае для ремонта прибыл базовый тральщик Т-204 («Фугас»). Помимо боевых кораблей в Либавском порту находилось 19 транспортов.